3kz1

Crystal Structure of the Complex of PDZ-RhoGEF DH/PH domains with GTP-gamma-S Activated RhoA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rho guanine nucleotide exchange factor 11

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Transforming protein RhoA × 1 （P61586） MAGNESIUM ION × 1 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Transforming protein RhoA × 1 （P61586） MAGNESIUM ION × 1 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARHGB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–377； UniProt 710–1085 作者链 B； PDB构建体 2–377； UniProt 710–1085

Transforming protein RhoA

Homo sapiens

UniProt P61586

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Rho guanine nucleotide exchange factor 11 × 1 （O15085） MAGNESIUM ION × 1 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Rho guanine nucleotide exchange factor 11 × 1 （O15085） MAGNESIUM ION × 1 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RHOA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 2–182； UniProt 1–181 作者链 F； PDB构建体 2–182； UniProt 1–181

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kz1
沉积日期 deposition_date	2009-12-07
结构标题 title	Crystal Structure of the Complex of PDZ-RhoGEF DH/PH domains with GTP-gamma-S Activated RhoA
关键词 keywords	;regulation of RhoA GTPase, RhoGEF, DH, PH, Rho, GTPase activation, Guanine-nucleotide releasing factor, Membrane, Cytoskeleton, GTP-binding, Magnesium, Nucleotide-binding, Prenylation, Proto-oncogene, signaling protein ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3kz1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3kz1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3kz1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.68 Å
Rg（电子密度）	34.22 Å
总 Rg	34.60 Å
原子数	4398
残基数	539
排除体积	78591 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3kz1__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3kz1__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Rho guanine nucleotide exchange factor 11
分子量 formula_weight	44568.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8846

GEPDAQNWQHTVGKDVVAGLTQREIDRQEVINELFVTEASHLRTLRVLDLIFYQRMKKENLMPREELARLFPNLPELIEIHNSWCEAMKKLREEGPIIKEISDLMLARFDGPAREELQQVAAQFCSYQSIALELIKTKQRKESRFQLFMQEAESHPQCRRLQLRDLIISEMQRLTKYPLLLESIIKHTEGGTSEHEKLCRARDQCREILKYVNEAVKQTENRHRLEGYQKRLDATALERASNPLAAEFKSLDLTTRKMIHEGPLTWRISKDKTLDLHVLLLEDLLVLLQKQDEKLLLKCHSKTAVGSSDSKQTFSPVLKLNAVLIRSVATDKRAFFIICTSKLGPPQIYELVALTSSDKNTWMELLEEAVRNATRHPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Transforming protein RhoA
分子量 formula_weight	20524.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

GMAAIRKKLVIVGDGACGKTCLLIVFSKDQFPEVYVPTVFENYVADIEVDGKQVELALWDTAGQEDYDRLRPLSYPDTDVILMCFSIDSPDSLENIPEKWTPEVKHFCPNVPIILVGNKKDLRNDEHTRRELAKMKQEPVKPEEGRDMANRIGAFGYMECSAKTKDGVREVFEMATRAALQA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	539.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	75

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d3kz1a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.87 — DBL homology domain (DH-domain)
超家族 Superfamily superfamily	a.87.1 — DBL homology domain (DH-domain)
家族 Family family	a.87.1.1 — DBL homology domain (DH-domain)

结构域编号 domain_id	d3kz1a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.1 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)

结构域编号 domain_id	d3kz1b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.87 — DBL homology domain (DH-domain)
超家族 Superfamily superfamily	a.87.1 — DBL homology domain (DH-domain)
家族 Family family	a.87.1.1 — DBL homology domain (DH-domain)

结构域编号 domain_id	d3kz1b2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.1 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)

结构域编号 domain_id	d3kz1e_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d3kz1f_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3kz1A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	900 — Dbl Homology Domain; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dbl homology (DH) domain

结构域编号 domain_id	3kz1A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	3kz1B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	900 — Dbl Homology Domain; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dbl homology (DH) domain

结构域编号 domain_id	3kz1B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	3kz1E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3kz1F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	98.166 Å
晶胞边长 b length_b	111.836 Å
晶胞边长 c length_c	138.390 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	33.450 Å
R 因子 r_factor	0.2360
R_work r_work	0.2335
R_free r_free	0.2833

Crystal Structure of the Complex of PDZ-RhoGEF DH/PH domains with GTP-gamma-S Activated RhoA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rho guanine nucleotide exchange factor 11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transforming protein RhoA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3kz1__assembly_1__model_1

3kz1__assembly_1__model_1 | I(q)

3kz1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the Complex of PDZ-RhoGEF DH/PH domains with GTP-gamma-S Activated RhoA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rho guanine nucleotide exchange factor 11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transforming protein RhoA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3kz1__assembly_1__model_1

3kz1__assembly_1__model_1 | I(q)

3kz1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)