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3kzy

Crystal structure of SNAP-tag

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 72.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

Homo sapiens

UniProt E5BBQ0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–182 未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；34% PEG 3350, 100mM BisTris pH 5.5, 500mM NaCl , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 1.90 Å R-free 0.261
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–182 未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；34% PEG 3350, 100mM BisTris pH 5.5, 500mM NaCl , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 1.90 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3KZY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6RLA Structure of the dynein-2 complex; motor domains 提交 2019-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 5–181（177 aa）
链 B 5–181（177 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6RLB Structure of the dynein-2 complex; tail domain 提交 2019-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 A 5–181（177 aa）
链 B 5–181（177 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6SC2 Structure of the dynein-2 complex; IFT-train bound model 提交 2019-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 A 5–181（177 aa）
链 B 5–181（177 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6Y8P Crystal structure of SNAP-tag labeled with a benzyl-tetramethylrhodamine fluorophore 提交 2020-03-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–182（176 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 OGQ [9-[2-carboxy-5-[(4-methylphenyl)methylcarbamoyl]phenyl]-6-(dimethylamino)xanthen-3-ylidene]-dimethyl-azanium × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；100 mM Na HEPES pH 7.5 25% PEG 8000 10 mg/mL protein 100 nl:100 nL
分辨率 2.30 Å R-free 0.277
8DD7 The Cryo-EM structure of Drosophila Cryptochrome in complex with Timeless 提交 2022-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–181（181 aa）
链 B 5–181（177 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.30 Å
8TK7 Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric
链 D 1–182（182 aa）
链 E 1–182（182 aa）
链 F 1–182（182 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.53 Å
8TK7 Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–182（182 aa）
链 E 1–182（182 aa）
链 F 1–182（182 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.53 Å
8TK7 Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 D 1–182（182 aa）
链 E 1–182（182 aa）
链 F 1–182（182 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.53 Å
8TK7 Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 D 1–182（182 aa）
链 E 1–182（182 aa）
链 F 1–182（182 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.53 Å
8TK7 Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–182（182 aa）
链 E 1–182（182 aa）
链 F 1–182（182 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.53 Å
9DI0 Cryo-EM structure of Kif18A bound to a microtubule 提交 2024-09-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 5–181（177 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 TA1 TAXOL × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å

共 7 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 E5BBQ0_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 B； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3kzy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3kzy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3kzy
沉积日期 deposition_date2009-12-09
结构标题 titleCrystal structure of SNAP-tag
关键词 keywordsprotein tag, protein engineering, benzylguanine, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.30 Å
零角强度 I(0) i020456500.00
分子量 molecular_weight35279.0 kDa
排除体积 excluded_volume44563 ų
包络体积 envelope_volume53641 ų
水化壳体积 shell_volume21161 ų
包络直径 envelope_diameter74.6 Å
壳层 Rg shell_rg27.88 Å
包络 Rg envelope_rg21.33 Å
形状 Rg shape_rg21.31 Å
总 Rg total_rg22.20 Å
总原子数 total_atoms2484
残基数 n_residues324
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.1 Å
Rg (实空间) rg_real22.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real2.0460e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20460000.0000
解质量估计 total_estimate0.7153
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.2 Å
偏度 Skewness skewness0.261
峰度 Kurtosis kurtosis-0.414
角度范围 angular_range— – 0.3550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3453000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.189; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.989
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3kzya1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.7 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain
家族 Family familyc.55.7.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3kzya2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.2 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, C-terminal domain
家族 Family familya.4.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3kzyb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.7 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain
家族 Family familyc.55.7.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3kzyb2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.2 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, C-terminal domain
家族 Family familya.4.2.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3kzyA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain
结构域编号 domain_id3kzyA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id3kzyB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain
结构域编号 domain_id3kzyB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)