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3lb6

The structure of IL-13 in complex with IL-13Ralpha2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-13

Homo sapiens

UniProt P35225

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 15–146 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Interleukin-13 receptor subunit alpha-2 × 1 （A8K7E2） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；100 mM MES, pH 6.0, 200 mM CaCl2, 20% PEG-6000, and 4% v/v polypropylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.05 Å R-free 0.269
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 15–146 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Interleukin-13 receptor subunit alpha-2 × 1 （A8K7E2） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；100 mM MES, pH 6.0, 200 mM CaCl2, 20% PEG-6000, and 4% v/v polypropylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.05 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3LB6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1GA3 NMR STRUCTURE OF INTERLEUKIN-13 提交 2000-11-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 35–146（112 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] IL-13, 25 mM phosphate buffer, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
1IJZ Solution Structure of Human IL-13 提交 2001-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–132（112 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM sodium phosphate, 2 mM NaN3, 40 mM NaCl；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM sodium phosphate, 2 mM NaN3, 40 mM NaCl；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM sodium phosphate, 2 mM NaN3, 40 mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 1mM interleukin-13 U-15N; 40mM phosphate buffer; 2mM NaN3; 40 mM NaCl 90% H2O, 10% D2O; pH 6.0 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM interleukin-13 U-15N,U-13C; 40mM phosphate buffer; 2mM NaN3; 40 mM NaCl 90% H2O, 10% D2O; pH 6.0 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM interleukin-13 U-15N,U-13C; 40mM phosphate buffer; 2mM NaN3; 40 mM NaCl; 100% D2O; pH 6.0 | 100% D2O
分辨率未提供
1IK0 Solution Structure of Human IL-13 提交 2001-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–132（112 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM sodium phosphate, 2 mM NaN3, 40 mM NaCl；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM sodium phosphate, 2 mM NaN3, 40 mM NaCl；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM sodium phosphate, 2 mM NaN3, 40 mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 1mM interleukin-13 U-15N; 40mM phosphate buffer; 2mM NaN3; 40 mM NaCl 90% H2O, 10% D2O; pH 6.0 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM interleukin-13 U-15N,U-13C; 40mM phosphate buffer; 2mM NaN3; 40 mM NaCl 90% H2O, 10% D2O; pH 6.0 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM interleukin-13 U-15N,U-13C; 40mM phosphate buffer; 2mM NaN3; 40 mM NaCl; 100% D2O; pH 6.0 | 100% D2O
分辨率未提供
3G6D Crystal structure of the complex between CNTO607 Fab and IL-13 提交 2009-02-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 21–132（112 aa） 片段：UNP residues 21-132
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；293 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.5, 4.9 M Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.263
3G6D Crystal structure of the complex between CNTO607 Fab and IL-13 提交 2009-02-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 21–132（112 aa） 片段：UNP residues 21-132
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；293 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.5, 4.9 M Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.263
3L5W Crystal structure of the complex between IL-13 and C836 FAB 提交 2009-12-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 35–146（112 aa） 片段：UNP residues 35-146
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES PH 7.5, 20% PEG 3350, 0.2 M SODIUM TARTRATE; CRYO CONDITIONS: MOTHER LIQUOR + 18% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.253
3L5W Crystal structure of the complex between IL-13 and C836 FAB 提交 2009-12-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 35–146（112 aa） 片段：UNP residues 35-146
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES PH 7.5, 20% PEG 3350, 0.2 M SODIUM TARTRATE; CRYO CONDITIONS: MOTHER LIQUOR + 18% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.253
3L5X Crystal structure of the complex between IL-13 and H2L6 FAB 提交 2009-12-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 35–146（112 aa） 片段：UNP residues 35-146
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES PH 6.5, 14% PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM TARTRATE. CRYO CONDITIONS: 0.1 M MES PH 6.5, 20% PEG 3K, 0.2 M AMM TARTRATE, 15% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.247
4I77 Lebrikizumab Fab bound to IL-13 提交 2012-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Z 35–146（112 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；15% w/v PEG1000, 0.05 M sodium malonate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 1.90 Å R-free 0.219
4PS4 Crystal structure of the complex between IL-13 and M1295 FAB 提交 2014-03-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 35–146（112 aa） 片段：UNP RESIDUES 35-146
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, 25% PEG 8K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
5E4E Engineered Interleukin-13 bound to receptor 提交 2015-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 34–146（113 aa） 片段：UNP residues 34-146
突变：L10V, V18I, L39R, D87S, T88S, L101F, K104R, K105T SO4 SULFATE ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293 K；lithium sulfate, phosphate/citrate pH 4.2, PEG 1000
分辨率 3.00 Å R-free 0.288
5L6Y il13 in complex with tralokinumab 提交 2016-06-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 35–146（112 aa）
未记录 FMT FORMIC ACID × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；sodium formate
分辨率 1.99 Å R-free 0.211

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL13_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1, 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–132； UniProt 15–146 作者链 B； PDB构建体 1–132； UniProt 15–146

Interleukin-13 receptor subunit alpha-2

Homo sapiens

UniProt A8K7E2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–380 突变：R151Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Interleukin-13 × 1 （P35225） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；100 mM MES, pH 6.0, 200 mM CaCl2, 20% PEG-6000, and 4% v/v polypropylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.05 Å R-free 0.269
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–380 突变：R151Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Interleukin-13 × 1 （P35225） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；100 mM MES, pH 6.0, 200 mM CaCl2, 20% PEG-6000, and 4% v/v polypropylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.05 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A8K7E2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2, 4
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–380； UniProt 1–380 作者链 D； PDB构建体 1–380； UniProt 1–380

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3lb6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3lb6
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3lb6
沉积日期 deposition_date2010-01-07
结构标题 titleThe structure of IL-13 in complex with IL-13Ralpha2
关键词 keywordscytokine, receptor, decoy, decoy receptor, Glycoprotein, Secreted, signaling protein-signaling protein complex; signaling protein/signaling protein
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.44 Å
零角强度 I(0) i0111712000.00
分子量 molecular_weight85864.0 kDa
排除体积 excluded_volume108180 ų
包络体积 envelope_volume145390 ų
水化壳体积 shell_volume39070 ų
包络直径 envelope_diameter116.1 Å
壳层 Rg shell_rg37.92 Å
包络 Rg envelope_rg30.85 Å
形状 Rg shape_rg31.46 Å
总 Rg total_rg32.00 Å
总原子数 total_atoms6057
残基数 n_residues751
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.9 Å
Rg (实空间) rg_real32.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.01 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal111700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8617
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.7 Å
偏度 Skewness skewness0.331
峰度 Kurtosis kurtosis-0.089
角度范围 angular_range— – 0.2450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10860000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.742; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.972
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3lb6a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.2 — Short-chain cytokines
结构域编号 domain_idd3lb6b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.2 — Short-chain cytokines

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3lb6A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id3lb6B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id3lb6C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3lb6C02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3lb6D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3lb6D02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)