SAXSdb — 3m0d

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TNF receptor-associated factor 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 266–329 链 B； UniProt 266–329	片段：Residues 266-329	TNF receptor-associated factor 1 × 1 （Q13077） Baculoviral IAP repeat-containing protein 3 × 1 （Q13489） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.15M AmSO4, 0.1M MES, 15% PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.247
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 266–329 链 B； UniProt 266–329	片段：Residues 266-329	TNF receptor-associated factor 1 × 1 （Q13077） Baculoviral IAP repeat-containing protein 3 × 1 （Q13489） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.15M AmSO4, 0.1M MES, 15% PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3M0D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CA4 STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 (TRAF2) 提交 1999-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 B 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 C 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.251
1CA4 STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 (TRAF2) 提交 1999-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 E 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 F 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.251
1CA9 STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 IN COMPLEX WITH A PEPTIDE FROM TNF-R2 提交 1999-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 310–501（192 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 B 310–501（192 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 C 310–501（192 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.30 Å R-free 0.289
1CA9 STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 IN COMPLEX WITH A PEPTIDE FROM TNF-R2 提交 1999-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 310–501（192 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 E 310–501（192 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 F 310–501（192 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.30 Å R-free 0.289
1CA9 STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 IN COMPLEX WITH A PEPTIDE FROM TNF-R2 提交 1999-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 310–501（192 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 B 310–501（192 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 C 310–501（192 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 D 310–501（192 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 E 310–501（192 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 F 310–501（192 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.30 Å R-free 0.289
1CZY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN THE TRAF DOMAIN OF HUMAN TRAF2 AND AN LMP1 BINDING PEPTIDE 提交 1999-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 B 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 C 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；PEG4K, MES BUFFER, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 20K	分辨率 2.00 Å R-free 0.245
1CZZ STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 IN COMPLEX WITH A 17-RESIDUE CD40 PEPTIDE 提交 1999-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 315–501（187 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 B 315–501（187 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 C 315–501（187 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；293 K；PEG4K, MES, PH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.267
1D01 STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 IN COMPLEX WITH A HUMAN CD30 PEPTIDE 提交 1999-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 B 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 C 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；PEG4K, MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 20K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244
1D01 STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 IN COMPLEX WITH A HUMAN CD30 PEPTIDE 提交 1999-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 E 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 F 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；PEG4K, MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 20K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244
1D0A STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 (TRAF2) IN COMPLEX WITH A HUMAN OX40 PEPTIDE 提交 1999-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 B 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 C 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；PEG4K, MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
1D0A STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 (TRAF2) IN COMPLEX WITH A HUMAN OX40 PEPTIDE 提交 1999-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 E 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 F 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；PEG4K, MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
1D0A STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 (TRAF2) IN COMPLEX WITH A HUMAN OX40 PEPTIDE 提交 1999-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 B 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 C 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 D 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 E 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 F 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；PEG4K, MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
1D0A STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 (TRAF2) IN COMPLEX WITH A HUMAN OX40 PEPTIDE 提交 1999-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 B 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 C 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 D 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 E 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 F 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；PEG4K, MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
1D0J STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 IN COMPLEX WITH A M4-1BB PEPTIDE 提交 1999-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 B 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 C 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；PEG4K, MES PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
1D0J STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 IN COMPLEX WITH A M4-1BB PEPTIDE 提交 1999-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 E 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 F 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；PEG4K, MES PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
1D0J STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 IN COMPLEX WITH A M4-1BB PEPTIDE 提交 1999-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 B 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 C 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 D 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 E 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 F 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；PEG4K, MES PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
1D0J STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 IN COMPLEX WITH A M4-1BB PEPTIDE 提交 1999-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 B 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 C 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 D 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 E 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 F 334–501（168 aa）片段：TRAF DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；PEG4K, MES PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
1F3V Crystal structure of the complex between the N-terminal domain of TRADD and the TRAF domain of TRAF2 提交 2000-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 331–501（171 aa）片段：TRAF DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
1QSC CRYSTAL STRUCTURE OF THE TRAF DOMAIN OF TRAF2 IN A COMPLEX WITH A PEPTIDE FROM THE CD40 RECEPTOR 提交 1999-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 311–501（191 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 B 311–501（191 aa）片段：TRAF DOMAIN 链 C 311–501（191 aa）片段：TRAF DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；MME-PEG 2000, MAGNESIUM CHLORIDE, BISTRIS PROPANE, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.00K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
3KNV Crystal structure of the RING and first zinc finger domains of TRAF2 提交 2009-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–133（133 aa）片段：RING and the first zinc finger domains: UNP residues 1-133	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 8000, 0.1 M HEPES pH 7.5, 8% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
3M06 Crystal Structure of TRAF2 提交 2010-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 266–329（64 aa）片段：Residues 266-329 链 B 266–329（64 aa）片段：Residues 266-329 链 C 266–329（64 aa）片段：Residues 266-329	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；8% PEG3350, 6% Tacsimate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.67 Å R-free 0.233
3M06 Crystal Structure of TRAF2 提交 2010-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 266–329（64 aa）片段：Residues 266-329 链 E 266–329（64 aa）片段：Residues 266-329 链 F 266–329（64 aa）片段：Residues 266-329	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；8% PEG3350, 6% Tacsimate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.67 Å R-free 0.233
3M0A Crystal structure of TRAF2:cIAP2 complex 提交 2010-03-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 266–329（64 aa）片段：Residues 266-329 链 B 266–329（64 aa）片段：Residues 266-329 链 C 266–329（64 aa）片段：Residues 266-329	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；8% PEG 3350, 6% Tacsimate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.61 Å R-free 0.268
8T5Q SARS-CoV-2 ORF3a peptide in complex with TRAF2 TRAF domain 提交 2023-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 315–501（187 aa）片段：TRAF domain (UNP residues 315-501) 链 B 315–501（187 aa）片段：TRAF domain (UNP residues 315-501) 链 C 315–501（187 aa）片段：TRAF domain (UNP residues 315-501)	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277.15 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.0, 20% w/v PEG8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
8T5Q SARS-CoV-2 ORF3a peptide in complex with TRAF2 TRAF domain 提交 2023-06-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 315–501（187 aa）片段：TRAF domain (UNP residues 315-501) 链 E 315–501（187 aa）片段：TRAF domain (UNP residues 315-501) 链 F 315–501（187 aa）片段：TRAF domain (UNP residues 315-501)	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277.15 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.0, 20% w/v PEG8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.240

共 13 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRAF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–64； UniProt 266–329 作者链 B； PDB构建体 1–64； UniProt 266–329

TNF receptor-associated factor 1

Homo sapiens

UniProt Q13077

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 181–244	片段：Residues 266-329	TNF receptor-associated factor 2 × 2 （Q12933） Baculoviral IAP repeat-containing protein 3 × 1 （Q13489） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.15M AmSO4, 0.1M MES, 15% PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.247
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 181–244	片段：Residues 266-329	TNF receptor-associated factor 2 × 2 （Q12933） Baculoviral IAP repeat-containing protein 3 × 1 （Q13489） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.15M AmSO4, 0.1M MES, 15% PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3M0D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5E1T Crystal structure of TRAF1 TRAF domain 提交 2015-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 220–416（197 aa）片段：UNP residues 220-416 链 B 220–416（197 aa）片段：UNP residues 220-416 链 C 220–416（197 aa）片段：UNP residues 220-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；(NH4)2SO4, NaCl	分辨率 2.80 Å R-free 0.262
5H10 TRAF1-TANk complex 提交 2016-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 220–416（197 aa）链 B 220–416（197 aa）链 C 220–416（197 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.38M Ammonium sulfate, 0.1M CHES pH 9.3, 200mM NaCl	分辨率 3.21 Å R-free 0.270

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRAF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–65； UniProt 181–244

Baculoviral IAP repeat-containing protein 3

Homo sapiens

UniProt Q13489

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 26–99	片段：Residues 26-99	TNF receptor-associated factor 2 × 2 （Q12933） TNF receptor-associated factor 1 × 1 （Q13077） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.15M AmSO4, 0.1M MES, 15% PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.247
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 26–99	片段：Residues 26-99	TNF receptor-associated factor 2 × 2 （Q12933） TNF receptor-associated factor 1 × 1 （Q13077） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.15M AmSO4, 0.1M MES, 15% PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3M0D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2UVL Human BIR3 domain of Baculoviral Inhibitor of Apoptosis Repeat- Containing 3 (BIRC3) 提交 2007-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 244–337（94 aa）片段：BIR3 DOMAIN, RESIDUES 244-337 链 B 244–337（94 aa）片段：BIR3 DOMAIN, RESIDUES 244-337	未记录	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 16% PEG 8000 40MM KPO4 20% GLYCEROL	分辨率 1.91 Å R-free 0.240
3EB5 Structure of the cIAP2 RING domain 提交 2008-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 536–604（69 aa）片段：RING domain (UNP residues 536 to 604)	未记录	ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；0.4 M NH4(SO4)2, 1 M LiSO4, 0.1 M Na Citrate, pH 6.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.275
3EB6 Structure of the cIAP2 RING domain bound to UbcH5b 提交 2008-08-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 536–604（69 aa）片段：RING domain (RESIDUES 536 TO 604)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；291 K；3.3 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 3.40 Å R-free 0.320
3M0A Crystal structure of TRAF2:cIAP2 complex 提交 2010-03-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 26–99（74 aa）片段：Residues 26-99	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；8% PEG 3350, 6% Tacsimate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.61 Å R-free 0.268
7NK0 Structure of the BIR1 domain of cIAP2 提交 2021-02-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 26–102（77 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12 % w/v Polyethylene glycol 8,000, 10 % w/v Glycerol, 500 mM Potassium chloride	分辨率 3.30 Å R-free 0.356
7NK0 Structure of the BIR1 domain of cIAP2 提交 2021-02-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 26–102（77 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12 % w/v Polyethylene glycol 8,000, 10 % w/v Glycerol, 500 mM Potassium chloride	分辨率 3.30 Å R-free 0.356

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BIRC3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–75； UniProt 26–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3m0d
沉积日期 deposition_date	2010-03-02
结构标题 title	Crystal structure of the TRAF1:TRAF2:cIAP2 complex
关键词 keywords	;trimeric helix coiled coiled, acetylation, alternative splicing, apoptosis, coiled coil, cytoplasm, metal-binding, ubl conjugation, polymorphism, chromosomal rearrangement, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.51 Å
零角强度 I(0) i0	15618200.00
分子量 molecular_weight	29359.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36522 Å³
包络体积 envelope_volume	47212 Å³
水化壳体积 shell_volume	17204 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.5 Å
壳层 Rg shell_rg	29.25 Å
包络 Rg envelope_rg	27.13 Å
形状 Rg shape_rg	26.48 Å
总 Rg total_rg	26.94 Å
总原子数 total_atoms	2047
残基数 n_residues	264
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.3 Å
Rg (实空间) rg_real	26.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7811
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.622
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.081
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2376000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.624; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.384; Smooth: 0.894

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TNF receptor-associated factor 2
分子量 formula_weight	7572.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2089

SELLQRCESLEKKTATFENIVCVLNREVERVAMTAEACSRQHRLDQDKIEALSSKVQQLERSIGLE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TNF receptor-associated factor 1
分子量 formula_weight	7468.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MFMKEKLLAELEGKLRVFENIVAVLNKEVEASHLALATSIHQSQLDRERILSLEQRVVELQQTLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Baculoviral IAP repeat-containing protein 3
分子量 formula_weight	8582.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MLSCELYRMSTYSTFPAGVPVSERSLARAGFYYTGVNDKVKCFCCGLMLDNWKRGDSPTEKHKKLYPSCRFVQSL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	42

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3m0dA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3m0dB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3m0dC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3m0dD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	91.867 Å
晶胞边长 b length_b	91.867 Å
晶胞边长 c length_c	88.702 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41
空间群编号 int_tables_number	80
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	32.500 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.1970
R_free r_free	0.2470

fit	/app/data/saxs_computation/m0/3m0d/3m0d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m0/3m0d/3m0d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m0/3m0d/3m0d.dat

Crystal structure of the TRAF1:TRAF2:cIAP2 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TNF receptor-associated factor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TNF receptor-associated factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Baculoviral IAP repeat-containing protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)