3m0u

Crystal Structure of the R21D mutant of alpha-spectrin SH3 domain. Hexagonal crystal obtained in sodium formate at pH 6.5.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 37.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spectrin alpha chain, brain

Gallus gallus

UniProt P07751

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 965–1025 片段:UNP residues 965 to 1025 突变:R21D FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:batch, under oil;pH 6.5;298 K;2 M sodium formate, 0.1 M MES pH 6.5, batch, under oil, temperature 298K 分辨率 1.10 Å R-free 0.168

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 60 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPTA2_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–62; UniProt 965–1025

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3m0u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3m0u
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3m0u
沉积日期 deposition_date2010-03-03
结构标题 titleCrystal Structure of the R21D mutant of alpha-spectrin SH3 domain. Hexagonal crystal obtained in sodium formate at pH 6.5.
关键词 keywordsSH3-like barrel, Actin capping, Actin-binding, Calmodulin-binding, Cytoskeleton, Phosphoprotein, SH3 domain, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.02
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.51
零角强度 I(0) i01004900.00
分子量 molecular_weight6747.0 kDa
排除体积 excluded_volume8553 ų
包络体积 envelope_volume9362 ų
水化壳体积 shell_volume7791 ų
包络直径 envelope_diameter35.1
壳层 Rg shell_rg15.89
包络 Rg envelope_rg10.92
形状 Rg shape_rg10.47
总 Rg total_rg12.19
总原子数 total_atoms476
残基数 n_residues58
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax37.9
Rg (实空间) rg_real11.94
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.21
I(0) (实空间) i0_real1.0050e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.3120e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1005000.0000
解质量估计 total_estimate0.7144
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.8
偏度 Skewness skewness0.129
峰度 Kurtosis kurtosis-0.268
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha196100.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.855; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.256; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.956

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3m0ua_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.1 — SH3-domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3m0uA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)