3m79

A tetrameric Zn-bound cytochrome cb562 complex with covalently and non-covalently stabilized interfaces crystallized in the presence of Cu(II) and Zn(II)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562

Escherichia coli

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–128 链 B; UniProt 23–128 链 C; UniProt 23–128 链 D; UniProt 23–128 突变:R34A, L38A, Q41W, K42S, K59H, D66W, V69I, D73H, K77H, T96C, R98C, Y101C HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.10 Å R-free 0.271
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 23–128 链 F; UniProt 23–128 链 G; UniProt 23–128 链 H; UniProt 23–128 突变:R34A, L38A, Q41W, K42S, K59H, D66W, V69I, D73H, K77H, T96C, R98C, Y101C HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.10 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、821 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–106; UniProt 23–128 作者链 B; PDB构建体 1–106; UniProt 23–128 作者链 C; PDB构建体 1–106; UniProt 23–128 作者链 D; PDB构建体 1–106; UniProt 23–128 作者链 E; PDB构建体 1–106; UniProt 23–128 作者链 F; PDB构建体 1–106; UniProt 23–128 作者链 G; PDB构建体 1–106; UniProt 23–128 作者链 H; PDB构建体 1–106; UniProt 23–128

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3m79

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3m79
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3m79
沉积日期 deposition_date2010-03-16
结构标题 titleA tetrameric Zn-bound cytochrome cb562 complex with covalently and non-covalently stabilized interfaces crystallized in the presence of Cu(II) and Zn(II)
关键词 keywordsTetramer of Four Helix Bundles, Electron transport, Heme, Iron, Metal-binding, Transport, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.55
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.09
零角强度 I(0) i0166929000.00
分子量 molecular_weight98407.0 kDa
排除体积 excluded_volume120810 ų
包络体积 envelope_volume152920 ų
水化壳体积 shell_volume39909 ų
包络直径 envelope_diameter110.8
壳层 Rg shell_rg38.80
包络 Rg envelope_rg31.86
形状 Rg shape_rg32.09
总 Rg total_rg32.58
总原子数 total_atoms6860
残基数 n_residues847
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.0
Rg (实空间) rg_real32.62
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85
I(0) (实空间) i0_real1.6690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.60
I(0) (倒空间) i0_reciprocal166900000.0000
解质量估计 total_estimate0.6351
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.3
偏度 Skewness skewness0.365
峰度 Kurtosis kurtosis-0.564
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha71860000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd3m79a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.3 — Cytochromes
家族 Family familya.24.3.1 — Cytochrome b562
结构域编号 domain_idd3m79b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.3 — Cytochromes
家族 Family familya.24.3.1 — Cytochrome b562
结构域编号 domain_idd3m79c_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.3 — Cytochromes
家族 Family familya.24.3.1 — Cytochrome b562
结构域编号 domain_idd3m79d_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.3 — Cytochromes
家族 Family familya.24.3.1 — Cytochrome b562
结构域编号 domain_idd3m79e_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.3 — Cytochromes
家族 Family familya.24.3.1 — Cytochrome b562
结构域编号 domain_idd3m79f_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.3 — Cytochromes
家族 Family familya.24.3.1 — Cytochrome b562
结构域编号 domain_idd3m79g_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.3 — Cytochromes
家族 Family familya.24.3.1 — Cytochrome b562
结构域编号 domain_idd3m79h_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.3 — Cytochromes
家族 Family familya.24.3.1 — Cytochrome b562

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id3m79A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562
结构域编号 domain_id3m79B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562
结构域编号 domain_id3m79C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562
结构域编号 domain_id3m79D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562
结构域编号 domain_id3m79E00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562
结构域编号 domain_id3m79F00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562
结构域编号 domain_id3m79G00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562
结构域编号 domain_id3m79H00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)