SAXSdb — 3m99

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	SAGA-associated factor 11 × 1 （Q03067） Protein SUS1 × 1 （Q6WNK7） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） ZINC ION × 7 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBP8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471

SAGA-associated factor 11

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q03067

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 × 1 （P50102） Protein SUS1 × 1 （Q6WNK7） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） ZINC ION × 7 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SGF11_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

Protein SUS1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q6WNK7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 × 1 （P50102） SAGA-associated factor 11 × 1 （Q03067） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） ZINC ION × 7 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUS1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96

SAGA-associated factor 73

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P53165

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 × 1 （P50102） SAGA-associated factor 11 × 1 （Q03067） Protein SUS1 × 1 （Q6WNK7） ZINC ION × 7 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SGF73_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3m99
沉积日期 deposition_date	2010-03-21
结构标题 title	Structure of the Ubp8-Sgf11-Sgf73-Sus1 SAGA DUB module
关键词 keywords	;Zinc Finger, Activator, Chromatin regulator, Metal-binding, Nucleus, Transcription, Transcription regulation, Zinc-finger, mRNA transport, ubiquitination, deubiquitination, Nuclear pore complex, Protein modification ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3m99__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3m99__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3m99__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.64 Å
Rg（电子密度）	27.45 Å
总 Rg	28.37 Å
原子数	5516
残基数	686
排除体积	98389 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3m99__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
分子量 formula_weight	53692.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.2.15
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5557

MSICPHIQQVFQNEKSKDGVLKTCNAARYILNHSVPKEKFLNTMKCGTCHEINSGATFMCLQCGFCGCWNHSHFLSHSKQIGHIFGINSNNGLLFCFKCEDYIGNIDLINDAILAKYWDDVCTKTMVPSMERRDGLSGLINMGSTCFMSSILQCLIHNPYFIRHSMSQIHSNNCKVRSPDKCFSCALDKIVHELYGALNTKQASSSSTSTNRQTGFIYLLTCAWKINQNLAGYSQQDAHEFWQFIINQIHQSYVLDLPNAKEVSRANNKQCECIVHTVFEGSLESSIVCPGCQNNSKTTIDPFLDLSLDIKDKKKLYECLDSFHKKEQLKDFNYHCGECNSTQDAIKQLGIHKLPSVLVLQLKRFEHLLNGSNRKLDDFIEFPTYLNMKNYCSTKEKDKHSENGKVPDIIYELIGIVSHKGTVNEGHYIAFCKISGGQWFKFNDSMVSSISQEEVLKEQAYLLFYTIRQVN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast,lager beer yeast,yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SAGA-associated factor 11
分子量 formula_weight	11297.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTEETITIDSISNGILNNLLTTLIQDIVARETTQQQLLKTRYPDLRSYYFDPNGSLDINGLQKQQESSQYIHCENCGRDVSANRLAAHLQRCLSRGARR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein SUS1
分子量 formula_weight	11094.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MTMDTAQLKSQIQQYLVESGNYELISNELKARLLQEGWVDKVKDLTKSEMNINESTNFTQILSTVEPKALEMVSDSTRETVLKQIREFLEEIVDTQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	SAGA-associated factor 73
分子量 formula_weight	11538.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MRSGDAEIKGIKPKVIEEYSLSQGSGPSNDSWKSLMSSAKDTPLQYDHMNRESLKKYFNPNAQLIEDPLDKPIQYRVCEKCGKPLALTAIVDHLENHCAGASGK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	41

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3m99c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamily	a.301.1 — Sus1-like
家族 Family family	a.301.1.1 — Sus1-like

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	3m99A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	3m99A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	3m99B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

结构域编号 domain_id	3m99B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	3m99C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — ENY2/SUS1

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晶胞边长 a length_a	64.424 Å
晶胞边长 b length_b	103.519 Å
晶胞边长 c length_c	70.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.09 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	48.116 Å
R 因子 r_factor	0.2370
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.3000

Structure of the Ubp8-Sgf11-Sgf73-Sus1 SAGA DUB module

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SAGA-associated factor 11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein SUS1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SAGA-associated factor 73

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3m99__assembly_1__model_1

3m99__assembly_1__model_1 | I(q)

3m99__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)