SAXSdb — 3ma2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Matrix metalloproteinase-14

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 112–292	片段：Residues 112-292	Metalloproteinase inhibitor 1 × 1 （P01033） CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；100 mM Bis-Tris pH 5.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.05 Å R-free 0.247
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 112–292	片段：Residues 112-292	Metalloproteinase inhibitor 1 × 1 （P01033） CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；100 mM Bis-Tris pH 5.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.05 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3MA2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BQQ CRYSTAL STRUCTURE OF THE MT1-MMP--TIMP-2 COMPLEX 提交 1998-08-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 114–287（174 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.60	分辨率 2.75 Å R-free 0.248
1BUV CRYSTAL STRUCTURE OF THE MT1-MMP-TIMP-2 COMPLEX 提交 1998-09-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 114–287（174 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.75 Å R-free 0.248
2MQS Transient Collagen Triple Helix Binding to a Key Metalloproteinase in Invasion and Development: Spin Labels to Structure 提交 2014-06-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 316–511（196 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；310 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient NMR测量条件 pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM；压力 ambient NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N; U-2H] Hemopexin-like (HPX) of MT1-MMP, 10 mM Sodium acetate, 1 mM EDTA, 1 mM Sodium azide, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.85 mM THP, 10 mM Sodium acetate, 1 mM EDTA, 1 mM Sodium azide, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
3C7X Hemopexin-like domain of matrix metalloproteinase 14 提交 2008-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 316–511（196 aa）片段：UNP residues 316-511	未记录	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；2.1M malic acid, 0.1M HCl, 40% acetone, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.207
3C7X Hemopexin-like domain of matrix metalloproteinase 14 提交 2008-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 316–511（196 aa）片段：UNP residues 316-511	未记录	NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；2.1M malic acid, 0.1M HCl, 40% acetone, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.207
3C7X Hemopexin-like domain of matrix metalloproteinase 14 提交 2008-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 316–511（196 aa）片段：UNP residues 316-511	未记录	NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；2.1M malic acid, 0.1M HCl, 40% acetone, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.207
3X23 Radixin complex 提交 2014-12-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 563–582（20 aa）片段：cytoplasmic tail, UNP residues 563-582	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；297 K；12% polyethylene glycol 4000, 100mM MOPS (pH 7.0), 100mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.40 Å R-free 0.237
4P3C MT1-MMP:Fab complex (Form I) 提交 2014-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 M 215–227（13 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 ACT ACETATE ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2M MgCl.hexahydrate, 0.1M Hepes	分辨率 1.94 Å R-free 0.200
4P3D MT1-MMP:Fab complex (Form II) 提交 2014-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 215–227（13 aa）片段：MT1-MMP V-B loop 链 M 215–227（13 aa）片段：MT1-MMP V-B loop	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2M MgCl.hexahydrate, 0.1M Hepes	分辨率 1.95 Å R-free 0.210
4QXU Novel Inhibition Mechanism of Membrane Metalloprotease by an Exosite-Swiveling Conformational antibody 提交 2014-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 218–228（11 aa）片段：peptide (unp residues 218-228)	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.1M (NH4)2SO4, 0.01M MgCl2 0.05M MES, 16% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.293
5H0U Crystal structure of the catalytic domain of membrane type 1 matrix metalloproteinase 提交 2016-10-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 116–285（170 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；Ammonium nitrate, PEG3350	分辨率 2.24 Å R-free 0.254
6CLZ MT1-MMP HPX domain with Blade 4 Loop Bound to Nanodiscs 提交 2018-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 316–511（196 aa）片段：residues 316-511	未记录	PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 218 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；303 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 1 NMR样品组成 20 mM Tris-HCl, 300 mM NaCl, 0.02 % sodium azide, 93 % H2O, 7 % [U-100% 2H] D2O, 90 uM 2H, 13C, 15N MT1-MMP hemopexin-like domain, 180 uM MSP1D1, 14.4 mM PX4, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
6CM1 MT1-MMP HPX Domain with Blade 2 Loop Bound to Nanodiscs 提交 2018-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 316–511（196 aa）片段：residues 316-511	未记录	PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 218 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；303 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 1 NMR样品组成 20 mM Tri-HCl, 300 mM NaCl, 0.02 % sodium azide, 93 % H2O, 7 % [U-100% 2H] D2O, 90 uM 2H, 13C, 15N MT1-MMP hemopexin-like domain, 180 uM MSP1D1, 14.4 mM PX4, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供

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UniProt名称	MMP14_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–181； UniProt 112–292 作者链 D； PDB构建体 1–181； UniProt 112–292

Metalloproteinase inhibitor 1

Homo sapiens

UniProt P01033

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 24–148	片段：Residues 24-148 突变：V27A,P29V,T121L	Matrix metalloproteinase-14 × 1 （P50281） CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；100 mM Bis-Tris pH 5.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.05 Å R-free 0.247
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 24–148	片段：Residues 24-148 突变：V27A,P29V,T121L	Matrix metalloproteinase-14 × 1 （P50281） CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；100 mM Bis-Tris pH 5.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.05 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3MA2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D2B THE MMP-INHIBITORY, N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN TISSUE INHIBITOR OF METALLOPROTEINASES-1 (N-TIMP-1), SOLUTION NMR, 29 STRUCTURES 提交 1999-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–149（126 aa）片段：NTR domain, residues 24-149	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.171；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.5 MM N-TIMP-1 U-15N NMR样品组成 0.9 MM N-TIMP-1 U-15N,13C NMR样品组成 0.7 MM N-TIMP-1 U-15N,13C NMR样品组成 0.4 MM N-TIMP-1 16% 13C NMR样品组成 0.4 MM N-TIMP-1 U-15N,13C	分辨率未提供
1OO9 Orientation in Solution of MMP-3 Catalytic Domain and N-TIMP-1 from Residual Dipolar Couplings 提交 2003-03-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–149（126 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；310 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Tris-d11; 100 mM NaCl; 15 mM CaCl2; 3uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.7；307 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2;1mM Sodium Azide；压力 ambient NMR样品组成 0.8mM MMP-3 U-15N, 13C; 0.8mM N-TIMP-1; 20mM Tris-d11; 100 mM NaCl; 15 mM CaCl2; 3uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O, 7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.5mM MMP-3 U-2H, 15N; 0.5mM N-TIMP-1; 20mM Tris-d11; 100 mM NaCl; 15 mM CaCl2; 3uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O, 7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.66mM N-TIMP-1 U-15N, 13C; 0.66mM MMP-3(E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.3mM 98% 2H/15N N-TIMP-1; 0.3mM MMP-3 (E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.3mM 98% 2H/15N N-TIMP-1; 0.3mM (15N-IV, 15N, 13C-L)MMP-3(E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.3mM 98% 2H/15N N-TIMP-1; 0.3mM (15N-IV, 15N, 13C-L)MMP-3(E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O 5% PEG(C12E6)/1-hexanol \| 93% H2O; 7% D2O 5% PEG(C12E6)/1-hexanol	分辨率未提供
1UEA MMP-3/TIMP-1 COMPLEX 提交 1997-06-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–207（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1UEA MMP-3/TIMP-1 COMPLEX 提交 1997-06-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 24–207（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
2J0T Crystal Structure of the Catalytic Domain of MMP-1 in Complex with the Inhibitory Domain of TIMP-1 提交 2006-08-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 24–149（126 aa）片段：N-TERMINAL INHIBITORY DOMAIN, RESIDUES 24-149	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).	分辨率 2.54 Å R-free 0.275
2J0T Crystal Structure of the Catalytic Domain of MMP-1 in Complex with the Inhibitory Domain of TIMP-1 提交 2006-08-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 24–149（126 aa）片段：N-TERMINAL INHIBITORY DOMAIN, RESIDUES 24-149	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).	分辨率 2.54 Å R-free 0.275
2J0T Crystal Structure of the Catalytic Domain of MMP-1 in Complex with the Inhibitory Domain of TIMP-1 提交 2006-08-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 24–149（126 aa）片段：N-TERMINAL INHIBITORY DOMAIN, RESIDUES 24-149	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).	分辨率 2.54 Å R-free 0.275
3V96 Complex of matrix metalloproteinase-10 catalytic domain (MMP-10cd) with tissue inhibitor of metalloproteinases-1 (TIMP-1) 提交 2011-12-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–207（184 aa）片段：unp residues 24-207	突变：N30A	PO4 PHOSPHATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；0.1 M sodium dihydrogen phosphate solution, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.266
6MAV Complex of tissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1) mutant L34G with matrix metalloproteinase-3 catalytic domain (MMP-3cd) 提交 2018-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–207（184 aa）	突变：L34G	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 M Ammonium Acetate 0.1 M Bis-Tris: HCl, pH 5.5, 17 % (w/v) PEG 10,000	分辨率 2.37 Å R-free 0.298
6N9D Complex of tissue inhibitor of metalloproteinases-1 (TIMP-1) mutant (L34G/L133P/L151C/G154A) with matrix metalloproteinase-3 catalytic domain (MMP-3cd) 提交 2018-12-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–207（184 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M Sodium Cacodylate: HCl, pH 6.5 18 % (w/v) PEG 8000	分辨率 2.67 Å R-free 0.258
7S7L Complex of tissue inhibitor of metalloproteinases-1 (TIMP-1) mutant (L34G/M66S/E67Y/L133N/S155L) with matrix metalloproteinase-3 catalytic domain (MMP-3cd) 提交 2021-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–207（184 aa）	突变：L34G, M66S, E67Y, L133N, S155L	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；310 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v PEG 3350 Anatrace-Microlytic Top96 #65	分辨率 2.34 Å R-free 0.239
7S7M Complex of tissue inhibitor of metalloproteinases-1 (TIMP-1) mutant (L34G/M66D/T98G/P131S/Q153N) with matrix metalloproteinase-3 catalytic domain (MMP-3cd) 提交 2021-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–207（184 aa）	突变：L34G, M66D, T98G, P131S, Q153N	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；310 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris-HCl, pH 5.5, 17% w/v PEG10000	分辨率 3.00 Å R-free 0.248
9SOP Tissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1) 提交 2025-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–203（180 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 FLC CITRATE ANION × 1 P3G 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293.15 K；0.2 M Lithium Citrate tribasic tetrahydrate, 20% PEG 3350, 15% Glycerol	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
9SOP Tissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1) 提交 2025-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–203（180 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293.15 K；0.2 M Lithium Citrate tribasic tetrahydrate, 20% PEG 3350, 15% Glycerol	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
9SOQ Tissue inhibitor of Metalloproteinase 1 (TIMP-1) 提交 2025-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–207（184 aa）	未记录	FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293.15 K；0.2 Ammonium Sulphate, 0.1 M tri-sodium citrate, 25% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.262
9SOQ Tissue inhibitor of Metalloproteinase 1 (TIMP-1) 提交 2025-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–207（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293.15 K；0.2 Ammonium Sulphate, 0.1 M tri-sodium citrate, 25% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.262
9SOS Tissue Inhibitor of Matrix Metalloproteinase-1 (TIMP-1) 提交 2025-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–207（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293.15 K；0.2 M Lithium Citrate tribasic tetrahydrate, 20% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.255

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIMP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–125； UniProt 24–148 作者链 C； PDB构建体 1–125； UniProt 24–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ma2
沉积日期 deposition_date	2010-03-23
结构标题 title	Complex membrane type-1 matrix metalloproteinase (MT1-MMP) with tissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1)
关键词 keywords	;Protein - protein complex, Cleavage on pair of basic residues, Disulfide bond, Membrane, Metal-binding, Metalloprotease, Protease, Transmembrane, Zymogen, Erythrocyte maturation, Glycoprotein, Metalloenzyme inhibitor, Metalloprotease inhibitor, Secreted, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.50 Å
零角强度 I(0) i0	70028100.00
分子量 molecular_weight	64858.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80610 Å³
包络体积 envelope_volume	99408 Å³
水化壳体积 shell_volume	31322 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.7 Å
壳层 Rg shell_rg	33.86 Å
包络 Rg envelope_rg	26.35 Å
形状 Rg shape_rg	26.51 Å
总 Rg total_rg	27.23 Å
总原子数 total_atoms	4564
残基数 n_residues	575
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.7 Å
Rg (实空间) rg_real	27.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	70030000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8907
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.270
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.401
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.974

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Matrix metalloproteinase-14
分子量 formula_weight	20561.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.80
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A
原子数 atom_count	4709

YAIQGLKWQHNEITFCIQNYTPKVGEYATYEAIRKAFRVWESATPLRFREVPYAYIREGHEKQADIMIFFAEGFHGDSTPFDGEGGFLAHAYFPGPNIGGDTHFDSAEPWTVRNEDLNGNDIFLVAVHELGHALGLEHSSDPSAIMAPFYQWMDTENFVLPDDDRRGIQQLYGGESGFPTK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Metalloproteinase inhibitor 1
分子量 formula_weight	14126.2 kDa
突变 mutation	V27A,P29V,T121L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

CTCAPVHPQTAFCNSDLVIRAKFVGTPEVNQTTLYQRYEIKMTKMYKGFQALGDAADIRFVYTPAMESVCGYFHRSHNRSEEFLIAGKLQDGLLHITLCSFVAPWNSLSLAQRRGFTKTYTVGCE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	145

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3ma2a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d3ma2b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.3 — TIMP-like
家族 Family family	b.40.3.1 — Tissue inhibitor of metalloproteinases, TIMP

结构域编号 domain_id	d3ma2c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.3 — TIMP-like
家族 Family family	b.40.3.1 — Tissue inhibitor of metalloproteinases, TIMP

结构域编号 domain_id	d3ma2d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3ma2A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	3ma2B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3ma2C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3ma2D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.690 Å
晶胞边长 b length_b	63.649 Å
晶胞边长 c length_c	87.158 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1991
R_work r_work	0.1964
R_free r_free	0.2471

fit	/app/data/saxs_computation/ma/3ma2/3ma2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ma/3ma2/3ma2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ma/3ma2/3ma2.dat

Complex membrane type-1 matrix metalloproteinase (MT1-MMP) with tissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Matrix metalloproteinase-14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Metalloproteinase inhibitor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)