SAXSdb — 3mce

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 81–133 链 B； UniProt 81–133	片段：NAC domain (UNP RESIDUES 81-133)	IOD IODIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；289 K；0.2M potassium citrate tribasic monohydrate (pH 8.3), 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.40 Å R-free 0.277
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 81–133 链 D； UniProt 81–133	片段：NAC domain (UNP RESIDUES 81-133)	IOD IODIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；289 K；0.2M potassium citrate tribasic monohydrate (pH 8.3), 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.40 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3MCE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
28LN XBP1u-stalled RPL4 RNC in complex with NAC 提交 2026-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：86-meric	链 Bu 1–215（215 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
3LKX Human nac dimerization domain 提交 2010-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 84–136（53 aa）片段：UNP residues 84-136	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；285 K；PEG 6000, Sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 2.50 Å R-free 0.253
3MCB Crystal structure of NAC domains of human nascent polypeptide-associated complex (NAC) 提交 2010-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 79–132（54 aa）片段：NAC domain (UNP RESIDUES 79-132)	未记录	IOD IODIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；289 K；0.1M sodium citrate (pH 5.6), 0.1 M NaCl, 12% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K	分辨率 1.90 Å R-free 0.247
7QWQ Ternary complex of ribosome nascent chain with SRP and NAC 提交 2022-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：52-meric	链 t 1–215（215 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 97 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.83 Å
7QWR Structure of the ribosome-nascent chain containing an ER signal sequence in complex with NAC 提交 2022-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：48-meric	链 t 1–215（215 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 97	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.90 Å
7QWS Structure of ribosome translating beta-tubulin in complex with TTC5 and NAC 提交 2022-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric	链 t 1–215（215 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 97	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
8P2K Ternary complex of translating ribosome, NAC and METAP1 提交 2023-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric	链 Na 1–215（215 aa）	未记录	N ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE × 73 SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 MG MAGNESIUM ION × 420 UNX UNKNOWN LIGAND × 312 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 AAC ACETYLAMINO-ACETIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.90 Å
9F1B Mammalian ternary complex of a translating 80S ribosome, NAC and NatA/E 提交 2024-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：89-meric	链 Ct 1–215（215 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 420 ZN ZINC ION × 8 UNX UNKNOWN LIGAND × 306 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.01 Å
9F1C Mammalian quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatA/E 提交 2024-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：90-meric	链 Ct 1–215（215 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 277 MG MAGNESIUM ION × 420 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 ZN ZINC ION × 8 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.78 Å
9F1D Mammalian quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatA/E-HYPK 提交 2024-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 85 PDB 声明：91-meric	链 Ct 1–215（215 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 295 SPD SPERMIDINE × 30 MG MAGNESIUM ION × 420 SPM SPERMINE × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.26 Å
9FQ0 Human NatA-NAC-MAP1 80S ribosome complex 提交 2024-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–215（215 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.67 Å
9I2D NMT1-NAC bound human RNC with 10 amino acid ARF1-linker 提交 2025-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric	链 NA 1–215（215 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 191 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.19 Å
9I2E NMT1-NAC bound human ribosome (combined translational states) 提交 2025-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric	链 NA 1–215（215 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
9MR4 NAC: Ribosome nascent chain complex(Oxa1L) 提交 2025-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric	链 EG 1–215（215 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 285	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
9NDP Structure of stalled ribosome and nascent chain in complex with NMT2 and NAC 提交 2025-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：87-meric	链 EG 1–215（215 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 296 ZN ZINC ION × 6 COA COENZYME A × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.82 Å
9QLO NMT1-NAC bound human RNC with full length ARF1 - State 1 提交 2025-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric	链 NA 1–215（215 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 191 G3D GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.47 Å
9QLP NMT1-NAC bound human RNC with full length ARF1 - State 2 提交 2025-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric	链 NA 1–215（215 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 191 G3D GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.75 Å
9QLQ NMT1-NAC bound human RNC with full length ARF1 - alternative State 提交 2025-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric	链 NA 1–215（215 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 191 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.57 Å
9QQA Ternary complex of translating ribosome, NAC and NMT1 提交 2025-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric	链 Nt 1–215（215 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 407 UNX UNKNOWN LIGAND × 187 SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.80 Å
9QQB Quaternary complex of a translating ribosome, NAC, NMT1, and NatA 提交 2025-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：89-meric	链 Nt 1–215（215 aa）	未记录	SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 MG MAGNESIUM ION × 412 UNX UNKNOWN LIGAND × 168 ZN ZINC ION × 8 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.43 Å
9S3B NMT1-NAC bound human RNC with 58 amino acid ARF1-linker - State 1 提交 2025-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric	链 NA 1–215（215 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 191 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.38 Å
9S3C NMT1-NAC bound human RNC with 58 amino acid ARF1-linker - State 2 提交 2025-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric	链 NA 1–215（215 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 191 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.42 Å
9S3D NAC bound human RNC with 58 amino acid ARF1-linker 提交 2025-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：87-meric	链 NA 1–215（215 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 191 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.32 Å
9SYR Human quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatD 提交 2025-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：86-meric	链 Na 1–215（215 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 COA COENZYME A × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.55 Å

共 24 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NACA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–61； UniProt 81–133 作者链 B； PDB构建体 9–61； UniProt 81–133 作者链 C； PDB构建体 9–61； UniProt 81–133 作者链 D； PDB构建体 9–61； UniProt 81–133

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3mce
沉积日期 deposition_date	2010-03-29
结构标题 title	Crystal structure of the NAC domain of alpha subunit of nascent polypeptide-associated complex(NAC)
关键词 keywords	beta-barrel like structure, NAC, homodimer, Chaperone; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.15 Å
零角强度 I(0) i0	12900900.00
分子量 molecular_weight	26830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33428 Å³
包络体积 envelope_volume	39523 Å³
水化壳体积 shell_volume	17508 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.68 Å
包络 Rg envelope_rg	20.56 Å
形状 Rg shape_rg	19.94 Å
总 Rg total_rg	21.58 Å
总原子数 total_atoms	1831
残基数 n_residues	233
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.6 Å
Rg (实空间) rg_real	21.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8321
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.506
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.202
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1491000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.677; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.838; Smooth: 0.945

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
分子量 formula_weight	6705.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	1884

GPLGSPEFSKLGLRQVTGVTRVTIRKSKNILFVITKPDVYKSPASDTYIVFGEAKIEDLSQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	53

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.592 Å
晶胞边长 b length_b	59.605 Å
晶胞边长 c length_c	69.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.396 Å
最低分辨率 resolution_low	29.901 Å
R 因子 r_factor	0.2500
R_work r_work	0.2470
R_free r_free	0.2770

fit	/app/data/saxs_computation/mc/3mce/3mce.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mc/3mce/3mce.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mc/3mce/3mce.dat

Crystal structure of the NAC domain of alpha subunit of nascent polypeptide-associated complex(NAC)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction