3mkp

Crystal structure of 1K1 mutant of Hepatocyte Growth Factor/Scatter Factor fragment NK1 in complex with heparin

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hepatocyte growth factor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 2 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 1	;2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose ; × 1 SULFATE ION × 2 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HGF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–183； UniProt 28–210 作者链 B； PDB构建体 1–183； UniProt 28–210 作者链 C； PDB构建体 1–183； UniProt 28–210 作者链 D； PDB构建体 1–183； UniProt 28–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3mkp
沉积日期 deposition_date	2010-04-15
结构标题 title	Crystal structure of 1K1 mutant of Hepatocyte Growth Factor/Scatter Factor fragment NK1 in complex with heparin
关键词 keywords	growth factor, supramolecular assembly, HGF/SF, Met receptor, NK1, HORMONE; HORMONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3mkp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3mkp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3mkp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.75 Å
Rg（电子密度）	21.02 Å
总 Rg	21.82 Å
原子数	2817
残基数	346
排除体积	49738 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3mkp__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3mkp__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hepatocyte growth factor
分子量 formula_weight	21116.1 kDa
突变 mutation	K132E, R134E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5766

YAEGQRKRRNTIHEFKKSAKTTLIKIDPALKIKTKKVNTADQCANRCTRNKGLPFTCKAFVFDKARKQCLWFPFNSMSSGVKKEFGHEFDLYENKDYIRNCIIGEGESYKGTVSITKSGIKCQPWSSMIPHEHSFLPSSYRGKDLQENYCRNPRGEEGGPWCFTSNPEVRYEVCDIPQCSEVE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	PICHIA PASTORIS

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1750.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	339.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	101

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3mkpa1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.10 — Hairpin loop containing domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.10.1 — Hairpin loop containing domain-like
家族 Family family	g.10.1.1 — Hairpin loop containing domain

结构域编号 domain_id	d3mkpa2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

结构域编号 domain_id	d3mkpb1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.10 — Hairpin loop containing domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.10.1 — Hairpin loop containing domain-like
家族 Family family	g.10.1.1 — Hairpin loop containing domain

结构域编号 domain_id	d3mkpb2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

结构域编号 domain_id	d3mkpc1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.10 — Hairpin loop containing domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.10.1 — Hairpin loop containing domain-like
家族 Family family	g.10.1.1 — Hairpin loop containing domain

结构域编号 domain_id	d3mkpc2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

结构域编号 domain_id	d3mkpd1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.10 — Hairpin loop containing domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.10.1 — Hairpin loop containing domain-like
家族 Family family	g.10.1.1 — Hairpin loop containing domain

结构域编号 domain_id	d3mkpd2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3mkpA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hepatocyte Growth Factor

结构域编号 domain_id	3mkpA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

结构域编号 domain_id	3mkpB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hepatocyte Growth Factor

结构域编号 domain_id	3mkpB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

结构域编号 domain_id	3mkpC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hepatocyte Growth Factor

结构域编号 domain_id	3mkpC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

结构域编号 domain_id	3mkpD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hepatocyte Growth Factor

结构域编号 domain_id	3mkpD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

▶

晶胞边长 a length_a	129.730 Å
晶胞边长 b length_b	129.730 Å
晶胞边长 c length_c	118.190 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.810 Å
最低分辨率 resolution_low	49.690 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2610

Crystal structure of 1K1 mutant of Hepatocyte Growth Factor/Scatter Factor fragment NK1 in complex with heparin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hepatocyte growth factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3mkp__assembly_1__model_1

3mkp__assembly_1__model_1 | I(q)

3mkp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of 1K1 mutant of Hepatocyte Growth Factor/Scatter Factor fragment NK1 in complex with heparin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hepatocyte growth factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3mkp__assembly_1__model_1

3mkp__assembly_1__model_1 | I(q)

3mkp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)