Pyrococcus furiosus
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–RNA | 异源复合物 | 蛋白 3 RNA 2 | Ribosome biogenesis protein Nop10 × 1 （Q8U1R4） Small nucleolar rnp gar1-like protein × 1 （Q8U029） ;RNA (5'-R(P*GP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*G)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*A)-3') ; × 1 | 与全部聚合物一致 |
| UniProt名称 | TRUB_PYRFU |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–328； UniProt 8–335 |
Pyrococcus furiosus
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–RNA | 异源复合物 | 蛋白 3 RNA 2 | tRNA pseudouridine synthase B × 1 （Q7LWY0） Small nucleolar rnp gar1-like protein × 1 （Q8U029） ;RNA (5'-R(P*GP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*G)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*A)-3') ; × 1 | 与全部聚合物一致 |
| UniProt名称 | NOP10_PYRFU |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 2 |
| 链与序列区间 | 作者链 B； PDB构建体 1–52； UniProt 4–55 |
Pyrococcus furiosus
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–RNA | 异源复合物 | 蛋白 3 RNA 2 | tRNA pseudouridine synthase B × 1 （Q7LWY0） Ribosome biogenesis protein Nop10 × 1 （Q8U1R4） ;RNA (5'-R(P*GP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*G)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*A)-3') ; × 1 | 与全部聚合物一致 |
| UniProt名称 | Q8U029_PYRFU |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 3 |
| 链与序列区间 | 作者链 C； PDB构建体 1–75； UniProt 8–82 |
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| 条目编号 entry_id | 3mqk |
| 沉积日期 deposition_date | 2010-04-28 |
| 结构标题 title | Cbf5-Nop10-Gar1 complex binding with 17mer RNA containing ACA trinucleotide |
| 关键词 keywords | ;Protein-RNA complex, Box H/ACA, pseudouridine synthase, post-transcriptional modification, Isomerase, tRNA processing, RNA-binding, Isomerase-RNA binding protein-rna complex ;; Isomerase/RNA binding protein/rna |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 28.41 Å |
| Rg（电子密度） | 27.45 Å |
| 总 Rg | 28.18 Å |
| 原子数 | 4120 |
| 残基数 | 477 |
| 排除体积 | 72683 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | d3mqka1 |
| 类 Class class | d — Alpha and beta proteins (a+b) |
| 折叠类型 Fold fold | d.265 — Pseudouridine synthase |
| 超家族 Superfamily superfamily | d.265.1 — Pseudouridine synthase |
| 家族 Family family | d.265.1.0 — automated matches |
| 结构域编号 domain_id | d3mqka2 |
| 类 Class class | b — All beta proteins |
| 折叠类型 Fold fold | b.122 — PUA domain-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | b.122.1 — PUA domain-like |
| 家族 Family family | b.122.1.0 — automated matches |
| 结构域编号 domain_id | d3mqkb_ |
| 类 Class class | g — Small proteins |
| 折叠类型 Fold fold | g.41 — Rubredoxin-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | g.41.16 — Nop10-like SnoRNP |
| 家族 Family family | g.41.16.1 — Nucleolar RNA-binding protein Nop10-like |
| 结构域编号 domain_id | d3mqkc_ |
| 类 Class class | b — All beta proteins |
| 折叠类型 Fold fold | b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain |
| 超家族 Superfamily superfamily | b.43.3 — Translation proteins |
| 家族 Family family | b.43.3.5 — Gar1-like SnoRNP |
| 结构域编号 domain_id | 3mqkA01 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — Roll |
| 拓扑 Topology topology | 130 — Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — PUA domain |
| 结构域编号 domain_id | 3mqkA02 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 2350 — Pseudouridine synthase |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Pseudouridine synthase |
| 结构域编号 domain_id | 3mqkB00 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 20 — Single Sheet |
| 拓扑 Topology topology | 28 — Rubrerythrin, domain 2 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 40 — H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 |
| 结构域编号 domain_id | 3mqkC00 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — Beta Barrel |
| 拓扑 Topology topology | 10 — Thrombin, subunit H |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 230 — Probable tRNA pseudouridine synthase domain |