3msk

Fragment Based Discovery and Optimisation of BACE-1 Inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-secretase 1

Homo sapiens

UniProt P56817

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 48–453 片段:UNP RESIDUES 48-453 IOD IODIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 EV4 4-(2-amino-5-chloro-1H-benzimidazol-1-yl)-N-cyclohexyl-N-methylbutanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.6;293 K;21% PEG 5000 MME 175mM Ammonium Iodide and 200mM Sodium Citrate , pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 430 个其他 PDB 条目、736 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BACE1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–408; UniProt 48–453

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3msk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3msk
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3msk
沉积日期 deposition_date2010-04-29
结构标题 titleFragment Based Discovery and Optimisation of BACE-1 Inhibitors
关键词 keywords;PROTEASE, ALZHEIMER'S DISEASE, ASPARTIC PROTEASE, ASPARTYL PROTEASE, BASE, BETA-SECRETASE, GLYCOPROTEIN, HYDROLASE, MEMAPSIN 2, AMYLOID PRECURSOR PROTEIN SECRETASES, ASPARTIC ENDOPEPTIDASES, FRAGMENT-BASED DRUG DESIGN, FLUORESCENCE POLARISATION, TRANSMEMBRANE, ZYMOGEN, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.17
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.97
零角强度 I(0) i030300300.00
分子量 molecular_weight42601.0 kDa
排除体积 excluded_volume53346 ų
包络体积 envelope_volume62318 ų
水化壳体积 shell_volume24418 ų
包络直径 envelope_diameter72.5
壳层 Rg shell_rg27.98
包络 Rg envelope_rg21.17
形状 Rg shape_rg20.96
总 Rg total_rg21.90
总原子数 total_atoms2997
残基数 n_residues377
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.5
Rg (实空间) rg_real22.05
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real3.0300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.07
I(0) (倒空间) i0_reciprocal30300000.0000
解质量估计 total_estimate0.9021
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.0
偏度 Skewness skewness0.199
峰度 Kurtosis kurtosis-0.432
角度范围 angular_range— – 0.3600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5369000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3mska_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3mskA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3mskA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)