SAXSdb — 3n7r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Receptor activity-modifying protein 1 × 1 （O60894） ;N-{(1S)-5-amino-1-[(4-pyridin-4-ylpiperazin-1-yl)carbonyl]pentyl}-3,5-dibromo-Nalpha-{[4-(2-oxo-1,4-dihydroquinazolin-3 (2H)-yl)piperidin-1-yl]carbonyl}-D-tyrosinamide ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Receptor activity-modifying protein 1 × 1 （O60894） ;N-[(3R,6S)-6-(2,3-difluorophenyl)-2-oxo-1-(2,2,2-trifluoroethyl)azepan-3-yl]-4-(2-oxo-2,3-dihydro-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-1-yl)piperidine-1-carboxamide ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CALRL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–115； UniProt 23–133 作者链 B； PDB构建体 5–115； UniProt 23–133

Receptor activity-modifying protein 1

Homo sapiens

UniProt O60894

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor × 1 （Q16602） ;N-{(1S)-5-amino-1-[(4-pyridin-4-ylpiperazin-1-yl)carbonyl]pentyl}-3,5-dibromo-Nalpha-{[4-(2-oxo-1,4-dihydroquinazolin-3 (2H)-yl)piperidin-1-yl]carbonyl}-D-tyrosinamide ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor × 1 （Q16602） ;N-[(3R,6S)-6-(2,3-difluorophenyl)-2-oxo-1-(2,2,2-trifluoroethyl)azepan-3-yl]-4-(2-oxo-2,3-dihydro-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-1-yl)piperidine-1-carboxamide ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAMP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–96； UniProt 26–117 作者链 D； PDB构建体 5–96； UniProt 26–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3n7r
沉积日期 deposition_date	2010-05-27
结构标题 title	Crystal structure of the ectodomain complex of the CGRP receptor, a Class-B GPCR, reveals the site of drug antagonism
关键词 keywords	GPCR, class B GPCR, antagonist, olcegepant, telcagepant, migraine, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3n7r__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3n7r__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3n7r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.05 Å
Rg（电子密度）	15.95 Å
总 Rg	16.92 Å
原子数	1373
残基数	171
排除体积	23859 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3n7r__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3n7r__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
分子量 formula_weight	13431.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2824

GSHMELEESPEDSIQLGVTRNKIMTAQYECYQKIMQDPIQQAEGVYCNRTWDGWLCWNDVAAGTESMQLCPDYFQDFDPSEKVTKICDQDGNWFRHPASNRTWTNYTQCNVNTHE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Receptor activity-modifying protein 1
分子量 formula_weight	11002.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GSHMACQEANYGALLRELCLTQFQVDMEAVGETLWCDWGRTIRSYRELADCTWHMAEKLGCFWPNAEVDRFFLAVHGRYFRSCPISGRAVRDPPGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;N-{(1S)-5-amino-1-[(4-pyridin-4-ylpiperazin-1-yl)carbonyl]pentyl}-3,5-dibromo-Nalpha-{[4-(2-oxo-1,4-dihydroquinazolin-3 (2H)-yl)piperidin-1-yl]carbonyl}-D-tyrosinamide ;
分子量 formula_weight	869.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;N-[(3R,6S)-6-(2,3-difluorophenyl)-2-oxo-1-(2,2,2-trifluoroethyl)azepan-3-yl]-4-(2-oxo-2,3-dihydro-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-1-yl)piperidine-1-carboxamide ;
分子量 formula_weight	566.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	38

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3n7rA00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1240 — Hormone receptor fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain

结构域编号 domain_id	3n7rB00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1240 — Hormone receptor fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain

结构域编号 domain_id	3n7rC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Receptor activity modifying family

结构域编号 domain_id	3n7rD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Receptor activity modifying family

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晶胞边长 a length_a	77.940 Å
晶胞边长 b length_b	118.200 Å
晶胞边长 c length_c	133.260 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	46.550 Å
R 因子 r_factor	0.2337
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.2669

Crystal structure of the ectodomain complex of the CGRP receptor, a Class-B GPCR, reveals the site of drug antagonism

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Receptor activity-modifying protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3n7r__assembly_1__model_1

3n7r__assembly_1__model_1 | I(q)

3n7r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the ectodomain complex of the CGRP receptor, a Class-B GPCR, reveals the site of drug antagonism

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Receptor activity-modifying protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3n7r__assembly_1__model_1

3n7r__assembly_1__model_1 | I(q)

3n7r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)