SAXSdb — 3n97

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase sigma factor

Thermus aquaticus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P0A7Z4） ;DNA (5'-D(TPGPGPAPAPAPAPAPAPGPTPAPCPTPTPGPAPCPAPTPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPCPAPTPGPTPCPAPAPGPTPAPCPTPTPTPTPTPTPCP*C)-3') ; × 1 ACETATE ION × 1 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9EZJ8_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–72； UniProt 366–438 作者链 D； PDB构建体 1–72； UniProt 366–438

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Escherichia coli

UniProt P0A7Z4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	RNA polymerase sigma factor × 2 （Q9EZJ8） ;DNA (5'-D(TPGPGPAPAPAPAPAPAPGPTPAPCPTPTPGPAPCPAPTPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPCPAPTPGPTPCPAPAPGPTPAPCPTPTPTPTPTPTPCP*C)-3') ; × 1 ACETATE ION × 1 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–84； UniProt 246–329 作者链 C； PDB构建体 1–84； UniProt 246–329

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3n97
沉积日期 deposition_date	2010-05-28
结构标题 title	RNA polymerase alpha C-terminal domain (E. coli) and sigma region 4 (T. aq. mutant) bound to (UP,-35 element) DNA
关键词 keywords	protein-protein interactions, protein-DNA interactions, transcription initiation, GENE REGULATION-DNA complex; GENE REGULATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3n97__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3n97__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3n97__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.43 Å
Rg（电子密度）	26.40 Å
总 Rg	26.96 Å
原子数	2885
残基数	295
排除体积	48966 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3n97__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor
分子量 formula_weight	8527.9 kDa
突变 mutation	L386M and 424-429 KYHESR replaced with RHPSR
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	2886

SEELEKALSKLSEREAMVLKMRKGLIDGREHTLEEVGAYFGVTRERIRQIENKALRKLRHPSRSEKLRDFLE

来源 Source

来源生物 organism	Thermus aquaticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	271
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	9364.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

KPEFDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGKKSLTEIKDVLASRGLSLGMRLENWPPASIADE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPGPAPAPAPAPAPAPGPTPAPCPTPTPGPAPCPAPTPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	6848.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M

TGGAAAAAAGTACTTGACATGG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPCPAPTPGPTPCPAPAPGPTPAPCPTPTPTPTPTPTPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	6339.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N

CCATGTCAAGTACTTTTTTCC

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3n97A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3n97B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	3n97C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	3n97D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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晶胞边长 a length_a	80.710 Å
晶胞边长 b length_b	86.410 Å
晶胞边长 c length_c	147.110 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.252 Å
最低分辨率 resolution_low	25.430 Å
R 因子 r_factor	0.2570
R_work r_work	0.2540
R_free r_free	0.2950

RNA polymerase alpha C-terminal domain (E. coli) and sigma region 4 (T. aq. mutant) bound to (UP,-35 element) DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase sigma factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3n97__assembly_1__model_1

3n97__assembly_1__model_1 | I(q)

3n97__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

RNA polymerase alpha C-terminal domain (E. coli) and sigma region 4 (T. aq. mutant) bound to (UP,-35 element) DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase sigma factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3n97__assembly_1__model_1

3n97__assembly_1__model_1 | I(q)

3n97__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)