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3n9k

F229A/E292S Double Mutant of Exo-beta-1,3-glucanase from Candida albicans in Complex with Laminaritriose at 1.7 A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 63.6 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucan 1,3-beta-glucosidase

Candida albicans

UniProt P29717

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 40–438 突变：F229A,E292S beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose × 1 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；291 K；0.1M HEPES-KOH, 0.2M CACL2, 19% PEG 8000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 1.70 Å R-free 0.197

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3N9K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CZ1 EXO-B-(1,3)-GLUCANASE FROM CANDIDA ALBICANS AT 1.85 A RESOLUTION 提交 1999-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 45–438（394 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；292 K；Hepes buffer, CaCl2, Peg 8000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.85 Å R-free 0.196
1EQC EXO-B-(1,3)-GLUCANASE FROM CANDIDA ALBICANS IN COMPLEX WITH CASTANOSPERMINE AT 1.85 A 提交 2000-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 45–438（394 aa）
未记录 CTS CASTANOSPERMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；291 K；HEPES BUFFER, CACL2, PEG8000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.85 Å R-free 0.186
1EQP EXO-B-(1,3)-GLUCANASE FROM CANDIDA ALBICANS 提交 2000-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 45–438（394 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；291 K；HEPES BUFFER, CACL2, PEG 8000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.90 Å R-free 0.195
3O6A F144Y/F258Y Double Mutant of Exo-beta-1,3-glucanase from Candida albicans at 2 A 提交 2010-07-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–438（399 aa）
突变：F144Y, F258Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；291 K；0.1M HEPES-KOH, 0.2M CaCl2, 19% PEG 8000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.200

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EXG_CANAL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–399； UniProt 40–438

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3n9k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3n9k
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3n9k
沉积日期 deposition_date2010-05-30
结构标题 titleF229A/E292S Double Mutant of Exo-beta-1,3-glucanase from Candida albicans in Complex with Laminaritriose at 1.7 A
关键词 keywords;Aromatic entranceway/clamp, Exoglucanase, Glycoside hydrolase, Protein-carbohydrate interaction, Site-directed mutagenesis, Laminaritriose, hydrolase ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.86 Å
零角强度 I(0) i035511200.00
分子量 molecular_weight45988.0 kDa
排除体积 excluded_volume57187 ų
包络体积 envelope_volume62516 ų
水化壳体积 shell_volume25121 ų
包络直径 envelope_diameter65.0 Å
壳层 Rg shell_rg27.45 Å
包络 Rg envelope_rg20.15 Å
形状 Rg shape_rg19.83 Å
总 Rg total_rg20.83 Å
总原子数 total_atoms3263
残基数 n_residues394
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.6 Å
Rg (实空间) rg_real21.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real3.5510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal35510000.0000
解质量估计 total_estimate0.9046
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.1 Å
偏度 Skewness skewness0.084
峰度 Kurtosis kurtosis-0.503
角度范围 angular_range— – 0.3750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10070000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.990
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3n9ka_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family familyc.1.8.3 — beta-glycanases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3n9kA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Glycosidases
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)