3nfi

Crystal structure of tandem winged helix domain of RNA polymerase I subunit A49

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.4 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 171–403	片段：UNP residues 171-403 突变：L178M, L261M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；24% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 171–403	片段：UNP residues 171-403 突变：L178M, L261M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；24% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 171–403	片段：UNP residues 171-403 突变：L178M, L261M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；24% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 171–403	片段：UNP residues 171-403 突变：L178M, L261M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；24% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 171–403	片段：UNP residues 171-403 突变：L178M, L261M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；24% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3NFI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3NFH Crystal structure of tandem winged helix domain of RNA polymerase I subunit A49 (P4) 提交 2010-06-10	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 154–399（246 aa）片段：UNP residues 154-399	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；26% PEG 4000, 200 mM lithium sulfate monohydrate, 100 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.17 Å R-free 0.225
3NFH Crystal structure of tandem winged helix domain of RNA polymerase I subunit A49 (P4) 提交 2010-06-10	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 154–399（246 aa）片段：UNP residues 154-399	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；26% PEG 4000, 200 mM lithium sulfate monohydrate, 100 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.17 Å R-free 0.225
4C2M Structure of RNA polymerase I at 2.8 A resolution 提交 2013-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；10% PEG4000, 300MM AMMONIUM ACETATE, 50MM HEPES PH 7.5, 5MM TCEP	分辨率 2.80 Å R-free 0.210
4C2M Structure of RNA polymerase I at 2.8 A resolution 提交 2013-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 2 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；10% PEG4000, 300MM AMMONIUM ACETATE, 50MM HEPES PH 7.5, 5MM TCEP	分辨率 2.80 Å R-free 0.210
4C3H Structure of 14-subunit RNA polymerase I at 3.27 A resolution, crystal form C2-93 提交 2013-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 24% ETHYLENGLYCOL, 0.1M MES PH 6.8	分辨率 3.27 Å R-free 0.226
4C3I Structure of 14-subunit RNA polymerase I at 3.0 A resolution, crystal form C2-100 提交 2013-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 10% MPD, 0.1M TRIS HCL PH 7.4	分辨率 3.00 Å R-free 0.231
4C3J Structure of 14-subunit RNA polymerase I at 3.35 A resolution, crystal form C2-90 提交 2013-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 10% MPD, 0.1M TRIS HCL, PH 7.5	分辨率 3.35 Å R-free 0.220
4YM7 RNA polymerase I structure with an alternative dimer hinge 提交 2015-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 AM 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 6000, 3% MPD, 100 mM Hepes, 300 mM di-ammonium-tartrate, 3 mM TCEP	分辨率 5.50 Å R-free 0.235
4YM7 RNA polymerase I structure with an alternative dimer hinge 提交 2015-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 BM 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 6000, 3% MPD, 100 mM Hepes, 300 mM di-ammonium-tartrate, 3 mM TCEP	分辨率 5.50 Å R-free 0.235
4YM7 RNA polymerase I structure with an alternative dimer hinge 提交 2015-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 CM 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 6000, 3% MPD, 100 mM Hepes, 300 mM di-ammonium-tartrate, 3 mM TCEP	分辨率 5.50 Å R-free 0.235
4YM7 RNA polymerase I structure with an alternative dimer hinge 提交 2015-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 DM 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 6000, 3% MPD, 100 mM Hepes, 300 mM di-ammonium-tartrate, 3 mM TCEP	分辨率 5.50 Å R-free 0.235
4YM7 RNA polymerase I structure with an alternative dimer hinge 提交 2015-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 EM 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 6000, 3% MPD, 100 mM Hepes, 300 mM di-ammonium-tartrate, 3 mM TCEP	分辨率 5.50 Å R-free 0.235
4YM7 RNA polymerase I structure with an alternative dimer hinge 提交 2015-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 FM 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 6000, 3% MPD, 100 mM Hepes, 300 mM di-ammonium-tartrate, 3 mM TCEP	分辨率 5.50 Å R-free 0.235
5G5L RNA polymerase I-Rrn3 complex at 4.8 A resolution 提交 2016-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 150MM NACL, 5MM HEPES, 1MM MGCL2, 0.01 MM ZNCL2, 5 MM DTT；pH 7.8；150MM NACL, 5MM HEPES, 1MM MGCL2, 0.01 MM ZNCL2, 5 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITROBOT MARK IV, METHOD- 4.5 MICROLITERS OF SAMPLE WAS APPLIED TO GLOW- DISCHARGED QUANTIFOIL R 2- 1 HOLEY CARBON GRIDS, WHICH WERE THEN BLOTTED FOR 8.5S AND PLUNGE- FROZEN IN LIQUID ETHANE.	分辨率 4.80 Å
5LMX Monomeric RNA polymerase I at 4.9 A resolution 提交 2016-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
5M3F Yeast RNA polymerase I elongation complex at 3.8A 提交 2016-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 13, blotting time 8.5s	分辨率 3.80 Å
5M3M Free monomeric RNA polymerase I at 4.0A resolution 提交 2016-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 SO4 SULFATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 13, blotting time 8.5s	分辨率 4.00 Å
5M5W RNA Polymerase I open complex 提交 2016-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；2.5 ul of sample 15 seconds wait time Blot for 8 seconds	分辨率 3.80 Å
5M5X RNA Polymerase I elongation complex 1 提交 2016-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；2.5 ul of sample 15 seconds wait time Blot time for 8 seconds	分辨率 4.00 Å
5M5Y RNA Polymerase I elongation complex 2 提交 2016-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；2.5 ul of sample 15 seconds wait time Blot for 8 seconds	分辨率 4.00 Å
5M64 RNA Polymerase I elongation complex with A49 tandem winged helix domain 提交 2016-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；2.5 ul of sample 15 seconds wait time Blot for 8 seconds	分辨率 4.60 Å
5N5Y Cryo-EM structure of RNA polymerase I in complex with Rrn3 and Core Factor (Orientation III) 提交 2017-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.70 Å
5N5Z Cryo-EM structure of RNA polymerase I in complex with Rrn3 and Core Factor (Orientation II) 提交 2017-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.70 Å
5N60 Cryo-EM structure of RNA polymerase I in complex with Rrn3 and Core Factor (Orientation I) 提交 2017-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.70 Å
5N61 RNA polymerase I initially transcribing complex 提交 2017-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
5OA1 RNA polymerase I pre-initiation complex 提交 2017-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
5W5Y RNA polymerase I Initial Transcribing Complex 提交 2017-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：eicosameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
5W64 RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex State 1 提交 2017-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：eicosameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
5W65 RNA polymerase I Initial Transcribing Complex State 2 提交 2017-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：eicosameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
5W66 RNA polymerase I Initial Transcribing Complex State 3 提交 2017-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：eicosameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6H67 Yeast RNA polymerase I elongation complex stalled by cyclobutane pyrimidine dimer (CPD) 提交 2018-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6H68 Yeast RNA polymerase I elongation complex stalled by cyclobutane pyrimidine dimer (CPD) with fully-ordered A49 提交 2018-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
6HKO Yeast RNA polymerase I elongation complex bound to nucleotide analog GMPCPP 提交 2018-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 6 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 seconds incubation 3 seconds blotting blotting force 3	分辨率 3.42 Å
6RQH RNA Polymerase I Closed Conformation 1 (CC1) 提交 2019-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6RQL RNA Polymerase I Closed Conformation 2 (CC2) 提交 2019-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
6RQT RNA Polymerase I-tWH-Rrn3-DNA 提交 2019-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
6RRD RNA Polymerase I Pre-initiation complex DNA opening intermediate 1 提交 2019-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6RUI RNA Polymerase I Pre-initiation complex DNA opening intermediate 2 提交 2019-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
6RUO RNA Polymerase I Open Complex conformation 1 提交 2019-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6RWE RNA Polymerase I Open Complex conformation 2 提交 2019-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
6TPS early intermediate RNA Polymerase I Pre-initiation complex - eiPIC 提交 2019-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
9G1V Yeast RNA polymerase I elongation complex stalled by an apurinic site 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 METHANE	分辨率 2.70 Å
9G23 Yeast RNA polymerase I elongation complex stalled by an apurinic site bound to nucleotide analog AMPCPP at A-site 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 METHANE	分辨率 3.40 Å
9G24 Yeast RNA polymerase I elongation complex stalled by an apurinic site bound to nucleotide analog AMPCPP at E-site 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 METHANE	分辨率 3.50 Å
9G26 Yeast RNA polymerase I elongation complex stalled by an apurinic site, closed state 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 METHANE	分辨率 3.40 Å
9G29 Yeast RNA polymerase I elongation complex stalled by an apurinic site with the C-terminal of A12 in the funnel 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 METHANE	分辨率 3.30 Å
9G2C Yeast RNA polymerase I elongation complex stalled by an apurinic site, open state 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric	链 M 1–415（415 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 METHANE	分辨率 3.50 Å

共 40 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPA49_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–237； UniProt 171–403 作者链 B； PDB构建体 5–237； UniProt 171–403 作者链 C； PDB构建体 5–237； UniProt 171–403 作者链 D； PDB构建体 5–237； UniProt 171–403 作者链 E； PDB构建体 5–237； UniProt 171–403

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3nfi
沉积日期 deposition_date	2010-06-10
结构标题 title	Crystal structure of tandem winged helix domain of RNA polymerase I subunit A49
关键词 keywords	winged helix, transcription, RNA polymerase, DNA binding, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN, TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.22 Å
零角强度 I(0) i0	212455000.00
分子量 molecular_weight	124920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	159570 Å³
包络体积 envelope_volume	218960 Å³
水化壳体积 shell_volume	49577 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.1 Å
壳层 Rg shell_rg	43.48 Å
包络 Rg envelope_rg	35.34 Å
形状 Rg shape_rg	36.22 Å
总 Rg total_rg	36.74 Å
总原子数 total_atoms	8729
残基数 n_residues	1071
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.4 Å
Rg (实空间) rg_real	36.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	212500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9076
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.093
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.640
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.956; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.928

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
分子量 formula_weight	27141.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
突变 mutation	L178M, L261M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	9695

GSHMDLPTRAQMDEITSNDRPTPLANIDATDVEQIYPIESIIPKKELQFIRVSSILKEADKEKKLELFPYQNNSKYVAKKLDSLTQPSQMTKLQMLYYLSLLLGVYENRRVNNKTKLLERLNSPPEILVDGILSRFTVIKPGQFGRSKDRSYFIDPQNEDKILCYILAIIMHLDNFIVEITPLAHELNLKPSKVVSLFRVLGAIVKGATVAQAEAFGIPKSTAASYKIATMKVPFKL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL
分子量 formula_weight	354.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	786

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d3nfia1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.86 — RNA polymerase I subunit A49, winged helix domain

结构域编号 domain_id	d3nfia2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.86 — RNA polymerase I subunit A49, winged helix domain

结构域编号 domain_id	d3nfib1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.86 — RNA polymerase I subunit A49, winged helix domain

结构域编号 domain_id	d3nfib2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.86 — RNA polymerase I subunit A49, winged helix domain

结构域编号 domain_id	d3nfic1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.86 — RNA polymerase I subunit A49, winged helix domain

结构域编号 domain_id	d3nfic2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.86 — RNA polymerase I subunit A49, winged helix domain

结构域编号 domain_id	d3nfid1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.86 — RNA polymerase I subunit A49, winged helix domain

结构域编号 domain_id	d3nfid2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.86 — RNA polymerase I subunit A49, winged helix domain

结构域编号 domain_id	d3nfie1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.86 — RNA polymerase I subunit A49, winged helix domain

结构域编号 domain_id	d3nfie2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.86 — RNA polymerase I subunit A49, winged helix domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	85.110 Å
晶胞边长 b length_b	78.100 Å
晶胞边长 c length_c	100.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	10

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	27.820 Å
R 因子 r_factor	0.1903
R_work r_work	0.1886
R_free r_free	0.2235

fit	/app/data/saxs_computation/nf/3nfi/3nfi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nf/3nfi/3nfi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nf/3nfi/3nfi.dat