3nnq

Crystal Structure of the N-terminal domain of Moloney murine leukemia virus integrase, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR3

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.9 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-terminal domain of Moloney murine leukemia virus integrase

Moloney murine leukemia virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1331–1435 链 B； UniProt 1331–1435	片段：N-terminal domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 4 ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；2.0 M Sodium Malonate, 0.1 M Sodium Acetate,0.05% Anapoe X-305, pH 5.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.69 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3NNQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D0E CRYSTAL STRUCTURES OF THE N-TERMINAL FRAGMENT FROM MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH NUCLEIC ACID: FUNCTIONAL IMPLICATIONS FOR TEMPLATE-PRIMER BINDING TO THE FINGERS DOMAIN 提交 1999-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 144–398（255 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT COMPRISING FINGERS AND PALM DOMAINS 链 B 144–398（255 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT COMPRISING FINGERS AND PALM DOMAINS	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；15% PEG 4000,0.1M NH4CL,0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.298
1D1U USE OF AN N-TERMINAL FRAGMENT FROM MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE TO FACILITATE CRYSTALLIZATION AND ANALYSIS OF A PSEUDO-16-MER DNA MOLECULE CONTAINING G-A MISPAIRS 提交 1999-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 144–398（255 aa）片段：FINGERS AND PALM DOMAIN OF MMLV RT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.30 Å R-free 0.286
1I6J CRYSTAL STRUCTURE OF A PSEUDO-16-MER DNA WITH STACKED GUANINES AND TWO G-A MISPAIRS COMPLEXED WITH THE N-TERMINAL FRAGMENT OF MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE 提交 2001-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 144–398（255 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 4000, NaCl, ADA, MgCl2, HEPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1MML MECHANISTIC IMPLICATIONS FROM THE STRUCTURE OF A CATALYTIC FRAGMENT OF MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE 提交 1995-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 130–394（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.257
1N4L A DNA analogue of the polypurine tract of HIV-1 提交 2002-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 144–398（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 4000, NaCl, ADA, MgCl2, HEPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.269
1NND Arginine 116 is Essential for Nucleic Acid Recognition by the Fingers Domain of Moloney Murine Leukemia Virus Reverse Transcriptase 提交 2003-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–398（255 aa）片段：MMLV Reverse Transcriptase	突变：R116A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 400, Magnesium Chloride, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.274
1QAI CRYSTAL STRUCTURES OF THE N-TERMINAL FRAGMENT FROM MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH NUCLEIC ACID: FUNCTIONAL IMPLICATIONS FOR TEMPLATE-PRIMER BINDING TO THE FINGERS DOMAIN 提交 1999-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 130–394（265 aa）片段：FINGERS AND PALM DOMAINS OF THE MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE 链 B 130–394（265 aa）片段：FINGERS AND PALM DOMAINS OF THE MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE	未记录	HG MERCURY (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 4000, 0.1M NH4CL, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.296
1QAJ CRYSTAL STRUCTURES OF THE N-TERMINAL FRAGMENT FROM MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH NUCLEIC ACID: FUNCTIONAL IMPLICATIONS FOR TEMPLATE-PRIMER BINDING TO THE FINGERS DOMAIN 提交 1999-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 144–398（255 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT COMPRISING FINGERS AND PALM DOMAINS 链 B 144–398（255 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT COMPRISING FINGERS AND PALM DOMAINS	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；15% PEG 4000, 0.1 M NH4CL,0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
1ZTT Netropsin bound to d(CTTAATTCGAATTAAG) in complex with MMLV RT catalytic fragment 提交 2005-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：RT catalytic fragment	未记录	NT NETROPSIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, magnesium acetate, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.246
1ZTW d(CTTAATTCGAATTAAG) complexed with Moloney Murine Leukemia Virus Reverse Transcriptase catalytic fragment 提交 2005-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：RT catalytic fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, magnesium acetate, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.264
2FJV RT29 Bound to D(CTTAATTCGAATTAAG) in complex with MMLV RT Catalytic Fragment 提交 2006-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：RT catalytic domain	未记录	HXL 2-(4-(4-CARBAMIMIDOYLPHENOXY)PHENYL)-1H-BENZO[D]IMIDAZOLE-6-CARBOXIMIDAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, MAGNESIUM ACETATE, ADA PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.280
2FJW d(CTTGAATGCATTCAAG) in complex with MMLV RT catalytic fragment 提交 2006-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）	突变：RT catalytic domain	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；PEG 4000, MAGNESIUM ACETATE, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.256
2FJX RT29 bound to D(CTTGAATGCATTCAAG) in complex with MMLV RT catalytic fragment 提交 2006-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：RT catalytic domain	未记录	HXL 2-(4-(4-CARBAMIMIDOYLPHENOXY)PHENYL)-1H-BENZO[D]IMIDAZOLE-6-CARBOXIMIDAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, magnesium acetate, ADA pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.266
2FVP A Structural Study of the CA Dinucleotide Step in the Integrase Processing Site of Moloney Murine Leukemia Virus 提交 2006-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 144–398（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, magnesium acetate, ADA pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.288
2FVQ A Structural Study of the CA Dinucleotide Step in the Integrase Processing Site of Moloney Murine Leukemia Virus 提交 2006-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 144–398（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, magnesium acetate, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
2FVR A Structural Study of the CA Dinucleotide Step in the Integrase Processing Site of Moloney Murine Leukemia Virus 提交 2006-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 144–398（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, magnesium acetate, ADA pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2FVS A Structural Study of the CA Dinucleotide Step in the Integrase Processing Site of Moloney Murine Leukemia Virus 提交 2006-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 144–398（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, magnesium acetate, ADA pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.265
2HB5 Crystal Structure of the Moloney Murine Leukemia Virus RNase H Domain 提交 2006-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 618–791（174 aa）片段：RNase H Domain (Residues 618-791)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；15% PEG 4000, 0.1M ammonium sulfate, 150mM NaCl, 1.25%PEG-MME 550, 1% 2-propanol, 0.5mM zinc sulfate, 5mM MES , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.59 Å R-free 0.221
2M9U Solution NMR structure of the C-terminal domain (CTD) of Moloney murine leukemia virus integrase, Northeast Structural Genomics Target OR41A 提交 2013-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1659–1738（80 aa）片段：DNA binding C terminal domain (CTD) residues 1659-1738	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM K-glutamate, 100mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MLV IN CTD, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] MLV IN CTD, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MQV Solution NMR structure of the U5-primer binding site (U5-PBS) domain of murine leukemia virus RNA genome bound to the retroviral nucleocapsid protein 提交 2014-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 479–534（56 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；311 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Tris, 10mM Nacl；压力 ambient NMR测量条件 pH 7；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Tris, 10mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM 15N,13C-Alab U5-PBS-NC, 0.5 mM 15N.13C-Glab U5-PBS-NC, 0.5 mM 15N.13C-Ulab U5-PBS-NC, 0.5 mM 15N.13C-Clab U5-PBS-NC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM U5-PBS-M2-NC, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM UAUCG-linker, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2MS0 Solution NMR structure pf tRNApro:MLV-Nucleocapsid (1:2) Complex 提交 2014-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 479–534（56 aa）链 C 479–534（56 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；311 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Tris, 1mM MgCl2, 10mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM NC-tRNApro (1:1), 0.5 mM 13C, 15N G-lab tRNA-pro NC-tRNApro (1:1), 0.5 mM 13C, 15N G-lab tRNA-pro NC-tRNApro (1:1), 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MS1 Solution NMR structure of tRNApro:MLV Nucleocapsid Protein (1:1) Complex 提交 2014-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 479–534（56 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；311 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Tris, 1mM MgCl2, 10mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM NC-tRNApro (1:1), 0.5 mM 13C, 15N G-lab tRNA-pro NC-tRNApro (1:1), 0.5 mM 13C, 15N G-lab tRNA-pro13C NC-tRNApro (1:1), 0.5 mM 13C, 15N G-lab tRNA-pro NC-tRNApro (1:1), 0.5 mM 13C, 15N G-lab tRNA-13C NC-tRNApro (1:1), 0.5 mM 13C, 15N G-lab tRNA-pro NC-tRNApro (1:1), 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2R2R d(ATTAGTTATAACTAAT) complexed with MMLV RT catalytic fragment 提交 2007-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：residues 144-398	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；PEG 4000, MgCl2, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.269
2R2S Co(III)bleomycinB2 bound to d(ATTAGTTATAACTAAT) complexed with MMLV RT catalytic fragment 提交 2007-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：residues 144-398	未记录	3CO COBALT (III) ION × 2 BLB BLEOMYCIN B2 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；PEG 4000, MgCl2, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.308
2R2T d(ATTTAGTTAACTAAAT) complexed with MMLV RT catalytic fragment 提交 2007-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：residues 144-398	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；PEG 4000, MgCl2, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.264
2R2U Co(III)bleomycinB2 bithiazole/C-terminal tail domain bound to d(ATTTAGTTAACTAAAT) complexed with MMLV RT catalytic fragment 提交 2007-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：residues 144-398	未记录	BTZ N-(4-{[amino(imino)methyl]amino}butyl)-2,4'-bi-1,3-thiazole-4-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；PEG 4000, MgCl2, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.282
3FSI Crystal structure of a trypanocidal 4,4'-Bis(imidazolinylamino)diphenylamine bound to DNA 提交 2009-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：Reverse transcriptase domain: UNP residues 144-398	未记录	ACT ACETATE ION × 10 MWB N1-(4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)-N4-(4-((4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)amino)phenyl)benzene-1,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, Magnesium acetate, ADA pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.254
4M94 d(ATCCGTTATAACGGAT) complexed with Moloney Murine Leukemia virus reverse transcriptase catalytic fragment 提交 2013-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）片段：UNP residues 683-937	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；7% PEG 4000, 5mM Magnesium acetate, 50mM N-(2-acetamido)iminodiacetic acid, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293.15K	分辨率 2.14 Å R-free 0.239
4M95 d(ATCCGTTATAACGGAT)complexed with Moloney Murine Leukemia virus reverse transcriptase catalytic fragment 提交 2013-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）片段：UNP residues 683-937	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；9% PEG 4000, 5mM Magnesium acetate, 50mM N-(2-acetamido)iminodiacetic acid, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293.15K	分辨率 1.72 Å R-free 0.234
4MH8 The crystal structure of the monomeric reverse transcriptase from moloney murine leukemia virus 提交 2013-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 683–1330（648 aa）	突变：L435K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；POTASSIUM CHLORIDE, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, PEG 8000, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K REMARK 300	分辨率 3.00 Å R-free 0.277
4NZG Crystal Structure of the N-terminal domain of Moloney murine leukemia virus integrase, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR3 提交 2013-12-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1338–1435（98 aa）链 B 1338–1435（98 aa）链 C 1338–1435（98 aa）链 D 1338–1435（98 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 ACT ACETATE ION × 3 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:1.0 M K2HPO4, 0.1 M NaAc, 0.05% Anapoe X-305, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.15 Å R-free 0.265
4NZG Crystal Structure of the N-terminal domain of Moloney murine leukemia virus integrase, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR3 提交 2013-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1338–1435（98 aa）链 C 1338–1435（98 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:1.0 M K2HPO4, 0.1 M NaAc, 0.05% Anapoe X-305, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.15 Å R-free 0.265
4NZG Crystal Structure of the N-terminal domain of Moloney murine leukemia virus integrase, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR3 提交 2013-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1338–1435（98 aa）链 D 1338–1435（98 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:1.0 M K2HPO4, 0.1 M NaAc, 0.05% Anapoe X-305, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.15 Å R-free 0.265
4XO0 Crystal structure of 5'-CTTATPPTAZZATAAG in a host-guest complex 提交 2015-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）片段：unp residues 683-937	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 4000	分辨率 1.70 Å R-free 0.240
4XPC Crystal structure of 5'- CTTATAAATTTATAAG in a host-guest complex 提交 2015-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 4000	分辨率 1.68 Å R-free 0.241
4XPE Crystal structure of 5'-CTTATGGGCCCATAAG in a host-guest complex 提交 2015-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 4000	分辨率 1.78 Å R-free 0.237
5DMQ Crystal structure of mouse eRF1 in complex with Reverse Transcriptase (RT) of Moloney Murine Leukemia Virus 提交 2015-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 683–1330（648 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.02 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % polyacrylic acid sodium salt 5100	分辨率 4.00 Å R-free 0.295
5DMR Crystal Structure of C-terminal domain of mouse eRF1 in complex with RNase H domain of RT of Moloney Murine Leukemia Virus 提交 2015-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1159–1330（172 aa）片段：RNase H domain, UNP residues 1159-1330	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；288 K；0.1 M Tris pH 8.5, 18 % ammonium dihydrogen phosphate	分辨率 2.80 Å R-free 0.280
5VBS Structural basis for a six letter alphabet including GATCKX 提交 2017-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）片段：unp residues 683-987	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；10 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5)	分辨率 1.75 Å R-free 0.238
6B1Q Hydrogen Bonding Complementary, not size complementarity is key in the formation of the double helix 提交 2017-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 683–937（255 aa）片段：Catalytic fragment (UNP residues 683-937)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；6 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5)	分辨率 1.90 Å R-free 0.237
6B1R Hydrogen Bonding Complementary, not size complementarity is key in the formation of the double helix 提交 2017-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 683–937（255 aa）片段：Catalytic fragment (UNP residues 683-937)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；6 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5)	分辨率 1.69 Å R-free 0.230
6B1S Hydrogen Bonding Complementary, not size complementarity is key in the formation of the double helix 提交 2017-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 683–937（255 aa）片段：Catalytic fragment (UNP residues 683-937) 链 B 683–937（255 aa）片段：Catalytic fragment (UNP residues 683-937)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；6 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5)	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
6MIG Crystal structure of host-guest complex with PB hachimoji DNA 提交 2018-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5)	分辨率 1.70 Å R-free 0.256
6MIH Crystal structure of host-guest complex with PC hachimoji DNA 提交 2018-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；8 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5)	分辨率 1.60 Å R-free 0.234
6MIK Crystal structure of host-guest complex with PP hachimoji DNA 提交 2018-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；8 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5)	分辨率 1.70 Å R-free 0.247
7JQ8 Solution NMR structure of human Brd3 ET domain 提交 2020-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1716–1738（23 aa）片段：C-terminal Tail, residues 1716-1738	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MLV IN TP, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_MLVMO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–106； UniProt 1331–1435 作者链 B； PDB构建体 2–106； UniProt 1331–1435

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3nnq
沉积日期 deposition_date	2010-06-24
结构标题 title	Crystal Structure of the N-terminal domain of Moloney murine leukemia virus integrase, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR3
关键词 keywords	;retroviral integrase, Zn finger, Moloney murine leukemia virus, structural genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Northeast Structural Genomics Consortium, NESG, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.49 Å
零角强度 I(0) i0	9447330.00
分子量 molecular_weight	22892.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28588 Å³
包络体积 envelope_volume	37309 Å³
水化壳体积 shell_volume	14847 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.7 Å
壳层 Rg shell_rg	27.86 Å
包络 Rg envelope_rg	24.68 Å
形状 Rg shape_rg	24.66 Å
总 Rg total_rg	24.47 Å
总原子数 total_atoms	1584
残基数 n_residues	184
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.9 Å
Rg (实空间) rg_real	24.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4470e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5140e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9447000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7396
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.688
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.147
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1321000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.479; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.187; Smooth: 0.986

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	N-terminal domain of Moloney murine leukemia virus integrase
分子量 formula_weight	13707.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1620

MIENSSPYTSEHFHYTVTDIKDLTKLGAIYDKTKKYWVYQGKPVMPDQFTFELLDFLHQLTHLSFSKMKALLERSHSPYYMLNRDRTLKNITETCKACAQVNASKSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Moloney murine leukemia virus
通用名 common_name	MoMLV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11801
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	36

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3nnqA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	3nnqB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	112.818 Å
晶胞边长 b length_b	112.818 Å
晶胞边长 c length_c	115.528 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.693 Å
最低分辨率 resolution_low	49.724 Å
R 因子 r_factor	0.2337
R_work r_work	0.2292
R_free r_free	0.2744

fit	/app/data/saxs_computation/nn/3nnq/3nnq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nn/3nnq/3nnq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nn/3nnq/3nnq.dat