3otp

Crystal structure of the DegP dodecamer with a model substrate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 155.7 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease do

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–474 链 B； UniProt 27–474 链 C； UniProt 27–474 链 D； UniProt 27–474 链 E； UniProt 27–474 链 F； UniProt 27–474	片段：UNP residues 27-474 突变：S210A	Lysozyme C × 12 （B8YK79）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；291 K；65 mM citric acid, 35 mM Bis-Tris propane, 8% PEG3350, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K, temperature 291K	分辨率 3.76 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3OTP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KY9 Crystal Structure of DegP (HtrA) 提交 2002-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 27–474（448 aa）	突变：S210A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；Isopropanol, PEG 2000 MME, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
1KY9 Crystal Structure of DegP (HtrA) 提交 2002-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 27–474（448 aa）	突变：S210A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；Isopropanol, PEG 2000 MME, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
2ZLE Cryo-EM structure of DegP12/OMP 提交 2008-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 A 27–474（448 aa）链 B 27–474（448 aa）链 C 27–474（448 aa）链 E 27–474（448 aa）链 F 27–474（448 aa）链 G 27–474（448 aa）链 H 27–474（448 aa）链 I 27–474（448 aa）链 J 27–474（448 aa）链 K 27–474（448 aa）链 L 27–474（448 aa）链 M 27–474（448 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Embedded in vitreous ice using C-flat holey carbon grids (CF-2/2-4C-100, Protochip) and a Vitrobot (FEI) at 20 temperature and 100% relative humidity	分辨率 28.00 Å
3CS0 Crystal structure of DegP24 提交 2008-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 A 27–474（448 aa）	突变：S210A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；PEG 550 MME, NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 292K	分辨率 3.00 Å R-free 0.274
3MH4 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 27–474（448 aa）	突变：S210A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.309
3MH4 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 27–474（448 aa）	突变：S210A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.309
3MH5 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 27–474（448 aa）	未记录	DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.309
3MH5 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 27–474（448 aa）	未记录	DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.309
3MH6 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 27–474（448 aa）	未记录	DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.309
3MH7 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 A 27–474（448 aa）	突变：S210A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；PEG 550 MME, NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 2.96 Å R-free 0.249
3OU0 re-refined 3CS0 提交 2010-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 27–474（448 aa）片段：DegP, UNP residues 27-474	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.229
4A8D DegP dodecamer with bound OMP 提交 2011-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 A 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 B 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 C 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 D 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 E 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 F 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 G 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 H 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 I 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 J 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 K 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 L 27–474（448 aa）片段：DEGP	突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 300MM NACL, 50MM HEPES- NAOH；pH 8；300MM NACL, 50MM HEPES- NAOH cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；EMBEDDED IN VITREOUS ICE USING C-FLAT HOLEY CARBON GRIDS AND A VITROBOT AT 20C.	分辨率 28.00 Å
6JJK Crystal structure of the DegP dodecamer with a modulator 提交 2019-02-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 35–474（440 aa）链 B 35–474（440 aa）链 C 35–474（440 aa）链 D 35–474（440 aa）链 E 35–474（440 aa）链 F 35–474（440 aa）	突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；10% PEG3350 and 0.1 M tacsimate pH 3.4	分辨率 3.60 Å R-free 0.265
6JJL Crystal structure of the DegP dodecamer with a modulator 提交 2019-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 35–474（440 aa）链 B 35–474（440 aa）链 C 35–474（440 aa）链 D 35–474（440 aa）链 E 35–474（440 aa）链 F 35–474（440 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；11% PEG3350, 0.1 M tacsimate pH 3.5	分辨率 4.20 Å R-free 0.326
6JJO Crystal structure of the DegP dodecamer with a modulator 提交 2019-02-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 27–474（448 aa）链 B 27–474（448 aa）链 C 27–474（448 aa）链 D 27–474（448 aa）链 E 27–474（448 aa）链 F 27–474（448 aa）	突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；11% PEG3350 and 0.1 M tacsimate pH 3.5	分辨率 4.16 Å R-free 0.278
8F0A Client-bound structure of a DegP trimer within a 12mer cage 提交 2022-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.60 Å
8F0U Structure of a 12mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.10 Å
8F0U Structure of a 12mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.10 Å
8F0U Structure of a 12mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.10 Å
8F1T Structure of an 18mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 12.10 Å
8F1T Structure of an 18mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 12.10 Å
8F1T Structure of an 18mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 12.10 Å
8F1U Structure of a 24mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 13.80 Å
8F1U Structure of a 24mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 13.80 Å
8F1U Structure of a 24mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 13.80 Å
8F21 Structure of a 30mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 90 PDB 声明：90-meric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 14.10 Å
8F21 Structure of a 30mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 14.10 Å
8F21 Structure of a 30mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 14.10 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.70 Å

共 18 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DEGP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 B； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 C； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 D； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 E； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 F； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474

Lysozyme C

Gallus gallus

UniProt B8YK79

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 36–76 链 H； UniProt 36–76 链 I； UniProt 36–76 链 J； UniProt 36–76 链 K； UniProt 36–76 链 L； UniProt 36–76	片段：a model peptide substrate 突变：C30S	Protease do × 12 （P0C0V0）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；291 K；65 mM citric acid, 35 mM Bis-Tris propane, 8% PEG3350, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K, temperature 291K	分辨率 3.76 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3OTP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5A3Z Structure of monoclinic Lysozyme obtained by multi crystal data collection 提交 2015-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–147（147 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.59 Å R-free 0.265
5A3Z Structure of monoclinic Lysozyme obtained by multi crystal data collection 提交 2015-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–147（147 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.59 Å R-free 0.265
6PBB Crystal structure of Hen Egg White Lysozyme in complex with I3C 提交 2019-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；289 K；0.2 M Ammonium acetate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.89 Å R-free 0.240
6PL9 Adduct formed after 1 month in the reaction of dichlorido(1,3-dimethylbenzimidaz ol-2-ylidene)(eta5-pentamethylcyclopentadienyl)rhodium(III) with HEWL 提交 2019-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	ORS dichloro[(1,2,3,4,5-eta)-pentamethylcyclopentadienyl]rhodium × 1 R1N 2-(1-chloranyl-2,3,4,5,6-pentamethyl-1$l^{7}-rhodapentacyclo[2.2.0.0^{1,3}.0^{1,5}.0^{2,6}]hexan-1-yl)-1,3-dimethyl-benzimidazole × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；Hen egg white lysozyme (100mg/mL), 0.8 M sodium chloride, and 0.1 M sodium acetate pH 4.7. Rh(III)(Cp*)(1,3-dimethylbenzimidazol-2-ylidene)(Cl)2 (1.09 mg, 1 mg/mL) soak occurred in 0.8 M sodium nitrate and 0.1 M sodium acetate pH 4.7	分辨率 1.20 Å R-free 0.203
6PLA Adducts formed after 1 month in the reaction of dichlorido(1,3-dimethylbenzimidazol-2-ylidene)(eta6-p-cymene)osmium(II) with HEWL 提交 2019-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 O1N dichlorido(1,3-dimethylbenzimidazol-2-ylidene)(eta6-p-cymene)osmium(II) × 2 OS OSMIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；Hen egg white lysozyme (100mg/mL), 0.8 M sodium chloride, and 0.1 M sodium acetate pH 4.7. Os(II)(cymene)(1,3-dimethylbenzimidazol-2-ylidene)(Cl)2 (1.04 mg, 1 mg/mL) soak occurred in 0.8 M sodium nitrate and 0.1 M sodium acetate pH 4.7	分辨率 1.25 Å R-free 0.184
6PLB Adducts formed after 1 month in the reaction of dichlorido(1,3-dimethylbenzimida zol-2-ylidene)(eta5-pentamethylcyclopentadienyl)iridium(III) with HEWL 提交 2019-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	OT1 2-(1-chloranyl-2,3,4,5,6-pentamethyl-1$l^{7}-iridapentacyclo[2.2.0.0^{1,3}.0^{1,5}.0^{2,6}]hexan-1-yl)-1,3-dimethyl-benzimidazole × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；Hen egg white lysozyme (100mg/mL), 0.8 M sodium chloride, and 0.1 M sodium acetate pH 4.7. Ir(III)(Cp*)(1,3-dimethylbenzimidazol-2-ylidene)(chlorido)2 (1.13 mg, 1 mg/mL) soak occurred in 0.8 M sodium nitrate and 0.1 M sodium acetate pH 4.7	分辨率 1.30 Å R-free 0.190
6W7P Crystal Structure Analysis of Space-grown Lysozyme - Ground experiment 提交 2020-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 4.6；296 K；PEG 6000, NaCl, Na Acetate	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
6W8E Crystal Structure Analysis of Space-grown Lysozyme 提交 2020-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 4.6；296 K；PEG 6000, NaCl, Na Acetate	分辨率 2.68 Å R-free 0.306
6WEB Multi-Hit SFX using MHz XFEL sources 提交 2020-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 3.5；293 K；NaCl, ethylene glycol, PEG 3350, acetate buffer pH 3.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.216
6WEC Multi-Hit SFX using MHz XFEL sources 提交 2020-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 3.5；293 K；NaCl, ethylene glycol, PEG 3350, acetate buffer pH 3.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.299
6WGO The interaction of dichlorido(3-(anthracen-9-ylmethyl)-1-methylimidazol-2-ylidene)(eta6-p-cymene)ruthenium(II) with HEWL after 1 week 提交 2020-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 U0J {(2R)-1-[(anthracen-9-yl)methyl]-3-methyl-2,3-dihydro-1H-imidazol-2-yl}(dichloro)ruthenium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.7 and 0.8 M Sodium Chloride	分辨率 1.30 Å R-free 0.192
6WRL The interaction of chlorido(1,5-cyclooctadiene)([4-(2-((tert-butoxycarbonyl)amino)-3-methoxy-3-oxopropyl)-1,3-dimethyl-1H-imidazol-3-ide])rhodium(I) with HEWL after 1 week 提交 2020-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 3 RH Rhodium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.7 and 0.8 M Sodium Chloride	分辨率 1.35 Å R-free 0.215
6WRM The interaction of chlorido(1,5-cyclooctadiene)([4-(2-((tert-butoxycarbonyl)amino)-3-methoxy-3-oxopropyl)-1,3-dimethyl-1H-imidazol-3-ide])rhodium(I) with HEWL after 1 month 提交 2020-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 RH Rhodium × 1 U8G (4-{2-[(tert-butoxycarbonyl)amino]-3-methoxy-3-oxopropyl}-1,3-dimethyl-2,3-dihydro-1H-imidazol-2-yl)rhodium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.7 and 0.8 M Sodium Chloride	分辨率 1.55 Å R-free 0.249
6WX5 Adducts formed after 3 weeks in the reaction of chlorido[chlorido(2,2'-((2-([2,2':6',2''-Terpyridin]-4'-yloxy)ethyl)azanediyl)bis(ethan-1-ol))platinum(II)] with HEWL 提交 2020-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 PT PLATINUM (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.7 and 0.8 M Sodium Chloride pH 4.7	分辨率 1.30 Å R-free 0.202
7D0W Crystal structure of Hen Egg White Lysozyme 提交 2020-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298.15 K；PEG 3000, TRIS pH 5.6	分辨率 1.80 Å R-free 0.226

共 14 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B8YK79_CHICK
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 4–44； UniProt 36–76 作者链 H； PDB构建体 4–44； UniProt 36–76 作者链 I； PDB构建体 4–44； UniProt 36–76 作者链 J； PDB构建体 4–44； UniProt 36–76 作者链 K； PDB构建体 4–44； UniProt 36–76 作者链 L； PDB构建体 4–44； UniProt 36–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3otp
沉积日期 deposition_date	2010-09-13
结构标题 title	Crystal structure of the DegP dodecamer with a model substrate
关键词 keywords	typsin-like protease domain PDZ domains, protease, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.34 Å
零角强度 I(0) i0	870364000.00
分子量 molecular_weight	243170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	304240 Å³
包络体积 envelope_volume	506190 Å³
水化壳体积 shell_volume	81275 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.5 Å
壳层 Rg shell_rg	58.33 Å
包络 Rg envelope_rg	48.60 Å
形状 Rg shape_rg	51.32 Å
总 Rg total_rg	51.66 Å
总原子数 total_atoms	17037
残基数 n_residues	2375
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	155.7 Å
Rg (实空间) rg_real	51.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7120e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	870700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8718
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	77.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.003
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.796
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52660000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.971; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.416

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protease do
分子量 formula_weight	48137.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.-
突变 mutation	S210A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	17037

AETSSATTAQQMPSLAPMLEKVMPSVVSINVEGSTTVNTPRMPRNFQQFFGDDSPFCQEGSPFQSSPFCQGGQGGNGGGQQQKFMALGSGVIIDADKGYVVTNNHVVDNATVIKVQLSDGRKFDAKMVGKDPRSDIALIQIQNPKNLTAIKMADSDALRVGDYTVAIGNPFGLGETVTSGIVSALGRSGLNAENYENFIQTDAAINRGNAGGALVNLNGELIGINTAILAPDGGNIGIGFAIPSNMVKNLTSQMVEYGQVKRGELGIMGTELNSELAKAMKVDAQRGAFVSQVLPNSSAAKAGIKAGDVITSLNGKPISSFAALRAQVGTMPVGSKLTLGLLRDGKQVNVNLELQQSSQNQVDSSSIFNGIEGAEMSNKGKDQGVVVNNVKTGTPAAQIGLKKGDVIIGANQQAVKNIAELRKVLDSKPSVLALNIQRGDSTIYLLMQAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Lysozyme C
分子量 formula_weight	4808.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
突变 mutation	C30S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

GTGDNYRGYSLGNWVSAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQI

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

CATH v4.4 (21 domains)

结构域编号 domain_id	3otpA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3otpA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3otpA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3otpB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3otpB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3otpB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3otpB04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3otpC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3otpC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3otpC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3otpC04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3otpD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3otpD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3otpD03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3otpE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3otpE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3otpE03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3otpE04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3otpF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3otpF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3otpF03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	215.427 Å
晶胞边长 b length_b	122.758 Å
晶胞边长 c length_c	138.739 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	117.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.760 Å
最低分辨率 resolution_low	14.991 Å
R 因子 r_factor	0.2202
R_work r_work	0.2187
R_free r_free	0.2506

fit	/app/data/saxs_computation/ot/3otp/3otp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ot/3otp/3otp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ot/3otp/3otp.dat

Crystal structure of the DegP dodecamer with a model substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease do

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Lysozyme C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

CATH v4.4 (21 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)