GGVLVN peptide, amyloid forming segment
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 260–265 | 片段:Residue 260-265 | ZN ZINC ION × 6 ACY ACETIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;298 K;0.1M MES pH6.0, 0.2M Zn(OAc)2, 10%(w/v)PEG-8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | 分辨率 1.50 Å R-free 0.219 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 3PPD | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1CVI CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PROSTATIC ACID PHOSPHATASE 提交 1999-08-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
33–374(342 aa)
链 B
33–374(342 aa)
链 C
33–374(342 aa)
链 D
33–374(342 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLY GLYCINE × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 10;289 K;PEG 1450, POTASSIUM CHLORIDE, GLYCINE, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.274 |
| 1CVI CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PROSTATIC ACID PHOSPHATASE 提交 1999-08-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
33–374(342 aa)
链 B
33–374(342 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GLY GLYCINE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 10;289 K;PEG 1450, POTASSIUM CHLORIDE, GLYCINE, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.274 |
| 1CVI CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PROSTATIC ACID PHOSPHATASE 提交 1999-08-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 C
33–374(342 aa)
链 D
33–374(342 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GLY GLYCINE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 10;289 K;PEG 1450, POTASSIUM CHLORIDE, GLYCINE, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.274 |
| 1ND5 Crystal Structures of Human Prostatic Acid Phosphatase in Complex with a Phosphate Ion and alpha-Benzylaminobenzylphosphonic Acid Update the Mechanistic Picture and Offer New Insights into Inhibitor Design 提交 2002-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
33–386(354 aa)
链 B
33–386(354 aa)
链 C
33–386(354 aa)
|
未记录 | 2BF ALPHA-BENZYL-AMINOBENZYL-PHOSPHONIC ACID × 3 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 7 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 10;298 K;PEG, KCL, Glycine, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.279 |
| 1ND5 Crystal Structures of Human Prostatic Acid Phosphatase in Complex with a Phosphate Ion and alpha-Benzylaminobenzylphosphonic Acid Update the Mechanistic Picture and Offer New Insights into Inhibitor Design 提交 2002-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 C
33–386(354 aa)
链 D
33–386(354 aa)
|
未记录 | 2BF ALPHA-BENZYL-AMINOBENZYL-PHOSPHONIC ACID × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 10;298 K;PEG, KCL, Glycine, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.279 |
| 1ND6 Crystal Structures of Human Prostatic Acid Phosphatase in Complex with a Phosphate Ion and alpha-Benzylaminobenzylphosphonic Acid Update the Mechanistic Picture and Offer New Insights into Inhibitor Design 提交 2002-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
33–386(354 aa)
链 B
33–386(354 aa)
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GLY GLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 10;298 K;PEG, KCL, Glycine, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.256 |
| 1ND6 Crystal Structures of Human Prostatic Acid Phosphatase in Complex with a Phosphate Ion and alpha-Benzylaminobenzylphosphonic Acid Update the Mechanistic Picture and Offer New Insights into Inhibitor Design 提交 2002-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 C
33–386(354 aa)
链 D
33–386(354 aa)
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 10;298 K;PEG, KCL, Glycine, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.256 |
| 1ND6 Crystal Structures of Human Prostatic Acid Phosphatase in Complex with a Phosphate Ion and alpha-Benzylaminobenzylphosphonic Acid Update the Mechanistic Picture and Offer New Insights into Inhibitor Design 提交 2002-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
33–386(354 aa)
链 B
33–386(354 aa)
链 C
33–386(354 aa)
链 D
33–386(354 aa)
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GLY GLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 10;298 K;PEG, KCL, Glycine, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.256 |
| 2HPA STRUCTURAL ORIGINS OF L(+)-TARTRATE INHIBITION OF HUMAN PROSTATIC ACID PHOSPHATASE 提交 1998-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
33–374(342 aa)
链 B
33–374(342 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PT3 N-PROPYL-TARTRAMIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 10;pH 10
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.308 |
| 2HPA STRUCTURAL ORIGINS OF L(+)-TARTRATE INHIBITION OF HUMAN PROSTATIC ACID PHOSPHATASE 提交 1998-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 C
33–374(342 aa)
链 D
33–374(342 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PT3 N-PROPYL-TARTRAMIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 10;pH 10
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.308 |
| 2HPA STRUCTURAL ORIGINS OF L(+)-TARTRATE INHIBITION OF HUMAN PROSTATIC ACID PHOSPHATASE 提交 1998-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
33–374(342 aa)
链 B
33–374(342 aa)
链 C
33–374(342 aa)
链 D
33–374(342 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 PT3 N-PROPYL-TARTRAMIC ACID × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 10;pH 10
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.308 |
| 2L3H NMR Structure in a Membrane Environment Reveals Putative Amyloidogenic Regions of the SEVI Precursor Peptide PAP248-286 提交 2010-09-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
248–286(39 aa)
片段:UNP residues 248-286
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.3;310 K;离子强度(mmCIF原始值)20;压力 ambient
NMR样品组成
2.5 mM PAP248-286-1, 120 mM sodium chloride-2, 20 mM sodium phosphate-3, 200 mM [U-99% 2H] SDS-4, 10 % [U-99% 2H] D2O-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2L77 Solution NMR structure of PAP248-286 in 50% TFE 提交 2010-12-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
248–286(39 aa)
片段:UNP residues 248-286
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.5;298 K;压力 ambient
NMR样品组成
1.2 mM PAP248-286-1; 20 mM sodium phosphate-2; 10 % [U-99% 2H] D2O-3; 50 % [U-99% 2H] TFE-4; trifluoroethanol/water | trifluoroethanol/water
|
分辨率未提供 |
| 2L79 Solution NMR structure of PAP248-286 in 30% TFE 提交 2010-12-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
248–286(39 aa)
片段:UNP residues 248-286
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.5;298 K;压力 ambient
NMR样品组成
1.2 mM PAP248-286-1; 20 mM sodium phosphate-2; 10 % [U-99% 2H] D2O-3; 30 % [U-99% 2H] TFE-4; trifluoroethanol/water | trifluoroethanol/water
|
分辨率未提供 |
| 2MG0 PAP262-270 in SDS micelles 提交 2013-10-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
262–270(9 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
298 K
NMR样品组成
300 uM protein_1-1, 50 mM [U-99% 2H] SDS-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7ZZV Prostatic acid phosphatase (PAP) fragment (85-120) 提交 2022-05-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
85–120(36 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 3;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0;压力 1
NMR样品组成
0.8 mM pap85_120, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 8XJ4 Structure of prostatic acid phosphatase in human semen 提交 2023-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
31–377(347 aa)
链 B
31–377(347 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.19 Å |
| 9NMU TCR156 bound to HLA A*02:01-PAP 提交 2025-03-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
112–120(9 aa)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;295 K;0.2 M Sodium malonate, 0.1 M bis Tris-propane pH 7.5, 17% PEG 3500
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.227 |
| 9NMV TCR156 S32Halpha bound to HLA A*02:01-PAP 提交 2025-03-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
112–120(9 aa)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.5;295 K;0.2 M Sodium malonate, 0.1 M bis Tris-propane pH 7.5, 20% PEG3500
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.217 |
| 9NMW TCR156 S30Ealpha S32Qalpha bound to HLA A*02:01-PAP 提交 2025-03-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
112–120(9 aa)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 11 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.5;295 K;0.2 M Na2SO4, bis tris propane pH 7.5, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.11 Å R-free 0.232 |
| 9NMX TCR156 S32Malpha variant bound to HLA A*02:01-PAP 提交 2025-03-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
112–120(9 aa)
|
未记录 | MLI MALONATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 12 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.5;295 K;0.2 M Sodium malonate, 0.1 M bis Tris-propane pH 7.5, 17% PEG 3500
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.229 |
| 9NMY TCR156 S32Qalpha bound to HLA A*02:01-PAP 提交 2025-03-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
112–120(9 aa)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 9 MLI MALONATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.3;295 K;0.2 M sodium malonat, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.227 |
| 9YTD Designed antibody vAB66 targeting PAP-HLA A*02:01 提交 2025-10-20 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 C
112–120(9 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
共 16 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | PPAP_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–6; UniProt 260–265 |