3pqy

Crystal Structure of 6218 TCR in complex with the H2Db-PA224

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain × 1 （A0A075B6C4,K7N5N2） T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A0G2LB96,K7N5M4） water × 4	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain × 1 （A0A075B6C4,K7N5N2） T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A0G2LB96,K7N5M4） water × 1	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain × 1 （A0A075B6C4,K7N5N2） T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A0G2LB96,K7N5M4） water × 3	与蛋白数一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain × 1 （A0A075B6C4,K7N5N2） T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A0G2LB96,K7N5M4） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HA11_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–275； UniProt 26–300 作者链 F； PDB构建体 1–275； UniProt 26–300 作者链 K； PDB构建体 1–275； UniProt 26–300 作者链 P； PDB构建体 1–275； UniProt 26–300

Beta-2-microglobulin

Mus musculus

UniProt P01887

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain × 1 （A0A075B6C4,K7N5N2） T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A0G2LB96,K7N5M4） water × 4	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain × 1 （A0A075B6C4,K7N5N2） T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A0G2LB96,K7N5M4） water × 1	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain × 1 （A0A075B6C4,K7N5N2） T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A0G2LB96,K7N5M4） water × 3	与蛋白数一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain × 1 （A0A075B6C4,K7N5N2） T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A0G2LB96,K7N5M4） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119 作者链 G； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119 作者链 L； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119 作者链 Q； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119

T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain

Homo sapiens

UniProt A0A075B6C4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A0G2LB96,K7N5M4） water × 4	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A0G2LB96,K7N5M4） water × 1	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A0G2LB96,K7N5M4） water × 3	与蛋白数一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A0G2LB96,K7N5M4） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A075B6C4_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–88； UniProt 20–107 作者链 I； PDB构建体 1–88； UniProt 20–107 作者链 N； PDB构建体 1–88； UniProt 20–107 作者链 S； PDB构建体 1–88； UniProt 20–107

T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain

Homo sapiens

UniProt K7N5N2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A0G2LB96,K7N5M4） water × 4	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A0G2LB96,K7N5M4） water × 1	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A0G2LB96,K7N5M4） water × 3	与蛋白数一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A0G2LB96,K7N5M4） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	K7N5N2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 109–195； UniProt 115–201 作者链 I； PDB构建体 109–195； UniProt 115–201 作者链 N； PDB构建体 109–195； UniProt 115–201 作者链 S； PDB构建体 109–195； UniProt 115–201

T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain

Homo sapiens

UniProt A0A0G2LB96

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain × 1 （A0A075B6C4,K7N5N2） water × 4	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain × 1 （A0A075B6C4,K7N5N2） water × 1	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain × 1 （A0A075B6C4,K7N5N2） water × 3	与蛋白数一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain × 1 （A0A075B6C4,K7N5N2） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0G2LB96_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–94； UniProt 20–113 作者链 J； PDB构建体 1–94； UniProt 20–113 作者链 O； PDB构建体 1–94； UniProt 20–113 作者链 T； PDB构建体 1–94； UniProt 20–113

T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain

Homo sapiens

UniProt K7N5M4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain × 1 （A0A075B6C4,K7N5N2） water × 4	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain × 1 （A0A075B6C4,K7N5N2） water × 1	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain × 1 （A0A075B6C4,K7N5N2） water × 3	与蛋白数一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase × 1 T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain × 1 （A0A075B6C4,K7N5N2） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	K7N5M4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 98–240； UniProt 107–249 作者链 J； PDB构建体 98–240； UniProt 107–249 作者链 O； PDB构建体 98–240； UniProt 107–249 作者链 T； PDB构建体 98–240； UniProt 107–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3pqy
沉积日期 deposition_date	2010-11-28
结构标题 title	Crystal Structure of 6218 TCR in complex with the H2Db-PA224
关键词 keywords	H2Db, influenza, TCR, T cell, PA epitope, repertoire, viral immunity, chimeric TCR, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3pqy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3pqy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3pqy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.37 Å
Rg（电子密度）	39.02 Å
总 Rg	39.10 Å
原子数	6562
残基数	812
排除体积	115410 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3pqy__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3pqy__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3pqy__assembly_3__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3pqy__assembly_4__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
分子量 formula_weight	32030.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F,K,P
原子数 atom_count	25956

PHSMRYFETAVSRPGLEEPRYISVGYVDNKEFVRFDSDAENPRYEPRAPWMEQEGPEYWERETQKAKGQEQWFRVSLRNLLGYYNQSAGGSHTLQQMSGCDLGSDWRLLRGYLQFAYEGRDYIALNEDLKTWTAADMAAQITRRKWEQSGAAEHYKAYLEGECVEWLHRYLKNGNATLLRTDSPKAHVTHHPRSKGEVTLRCWALGFYPADITLTWQLNGEELTQDMELVETRPAGDGTFQKWASVVVPLGKEQNYTCRVYHEGLPEPLTLRWEP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11704.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G,L,Q

IQKTPQIQVYSRHPPENGKPNILNCYVTQFHPPHIEIQMLKNGKKIPKVEMSDMSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDTYACRVKHDSMAEPKTVYWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase
分子量 formula_weight	1186.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H,M,R

SSLENFRAYV

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain
分子量 formula_weight	21610.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I,N,S

KTTQPDSMESTEGETVHLPCSHATISGNEYIYWYRQVPLQGPEYVTHGLQQNTTNSMAFLAIASDRKSSTLILPHVSLRDAAVYHCILSGGSNYKLTFGKGTLLTVTPIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain
分子量 formula_weight	27575.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J,O,T

DMKVTQMPRYLIKRMGENVLLECGQDMSHETMYWYRQDPGLGLQLIYISYDVDSNSEGDIPKGYRVSRKKREHFSLILDSAKTNQTSVYFCASSFGREQYFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

CATH v4.4 (28 domains)

结构域编号 domain_id	3pqyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3pqyA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3pqyF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyJ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3pqyK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyN01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyN02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyO01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyO02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyP01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3pqyP02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyQ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyS01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyS02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyT01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3pqyT02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	105.893 Å
晶胞边长 b length_b	199.063 Å
晶胞边长 c length_c	202.465 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.192 Å
最低分辨率 resolution_low	49.608 Å
R 因子 r_factor	0.2493
R_work r_work	0.2457
R_free r_free	0.3161

Crystal Structure of 6218 TCR in complex with the H2Db-PA224

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell receptor alpha variable 21-DV12,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell receptor beta, variable 29,Human nkt tcr beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3pqy__assembly_1__model_1

3pqy__assembly_1__model_1 | I(q)

3pqy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

CATH v4.4 (28 domains)

7. 引用文献 (1)