3q3g

Crystal Structure of A-domain in complex with antibody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 184.7 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrin alpha-M

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 148–337	片段：UNP residues 148-337	Antibody Light Chain × 1 Antibody Heavy chain × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GOL GLYCEROL × 5 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；15% PEG4000, Tris pH 8.2, 0.3M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 148–337	片段：UNP residues 148-337	Antibody Light Chain × 1 Antibody Heavy chain × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；15% PEG4000, Tris pH 8.2, 0.3M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 148–337	片段：UNP residues 148-337	Antibody Light Chain × 1 Antibody Heavy chain × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；15% PEG4000, Tris pH 8.2, 0.3M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 148–337	片段：UNP residues 148-337	Antibody Light Chain × 1 Antibody Heavy chain × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；15% PEG4000, Tris pH 8.2, 0.3M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3Q3G	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BHO MAC-1 I DOMAIN MAGNESIUM COMPLEX 提交 1998-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 149–337（189 aa）片段：MAC-1 ALPHA DOMAIN 链 2 149–337（189 aa）片段：MAC-1 ALPHA DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION ON SITTING DROP BRIDGES. THE WELL MIX OF 20-24% PEG6000 BUFFERED WITH 100 MM NA ACETATE PH 5.0 WAS MIXED 1:1 WITH 3 UL OF I DOMAIN PROTEIN (20-30 MG/ML, 50 MM HEPES PH 7.0, 0.025% NA AZIDE). CRYSTALS WERE STABLIZED IN 100MM MGCL2, 100 MM NA ACETATE 5.0, 26% PEG6000 FOR DATA COLLECTION., vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.70 Å
1BHQ MAC-1 I DOMAIN CADMIUM COMPLEX 提交 1998-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 149–337（189 aa）片段：MAC-1 ALPHA DOMAIN 链 2 149–337（189 aa）片段：MAC-1 ALPHA DOMAIN	未记录	CD CADMIUM ION × 3 ACE ACETYL GROUP × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION ON SITTING DROP BRIDGES. THE WELL MIX OF 20-24% PEG6000 BUFFERED WITH 100 MM NA ACETATE PH 5.0 WAS MIXED 1:1 WITH 3 UL OF I DOMAIN PROTEIN (20-30 MG/ML, 50 MM HEPES PH 7.0, 0.025% NA AZIDE). CRYSTALS WERE STABLIZED IN 10MM CDCL2, 100 MM NA ACETATE 5.0, 26% PEG6000 FOR DATA COLLECTION., vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.70 Å
1IDN MAC-1 I DOMAIN METAL FREE 提交 1998-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 149–337（189 aa）片段：MAC-1 ALPHA DOMAIN 链 2 149–337（189 aa）片段：MAC-1 ALPHA DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION ON SITTING DROP BRIDGES. THE WELL MIX OF 20-24% PEG6000 BUFFERED WITH 100 MM NA ACETATE PH 5.0 WAS MIXED 1:1 WITH 3 UL OF I DOMAIN PROTEIN (20-30 MG/ML, 50 MM HEPES PH 7.0, 0.025% NA AZIDE). CRYSTALS WERE STABLIZED IN 100 MM NA ACETATE 5.0; 26% PEG6000 FOR DATA COLLECTION., vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.70 Å
1IDO I-DOMAIN FROM INTEGRIN CR3, MG2+ BOUND 提交 1996-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 148–331（184 aa）片段：I-DOMAIN	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 1.70 Å
1JLM I-DOMAIN FROM INTEGRIN CR3, MN2+ BOUND 提交 1996-04-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 143–334（192 aa）片段：I-DOMAIN	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1M1U AN ISOLEUCINE-BASED ALLOSTERIC SWITCH CONTROLS AFFINITY AND SHAPE SHIFTING IN INTEGRIN CD11B A-DOMAIN 提交 2002-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 139–331（193 aa）片段：CD11b A-domain, Residues 123-315	突变：C128S	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；15% PEG8K, 0.1M Tris-HCl 8.2, 5mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
1MF7 INTEGRIN ALPHA M I DOMAIN 提交 2002-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–335（192 aa）片段：I domain	突变：A318C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.25 Å R-free 0.223
1N9Z INTEGRIN ALPHA M I DOMAIN MUTANT 提交 2002-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–335（192 aa）片段：alpha M I domain	突变：C128A D132C K315C	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 3000, sodium chloride, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.278
1NA5 INTEGRIN ALPHA M I DOMAIN 提交 2002-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–335（192 aa）片段：Alpha M I domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；298 K；PEG 8000, sodium chloride, potassium citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.228
2LKE Structures and Interaction Analyses of the Integrin Alpha-M Beta-2 Cytoplasmic Tails 提交 2011-10-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1129–1152（24 aa）片段：C-terminal domain, UNP residues 1129-1152	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.6；308 K；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM [1H] MYR-ALPHA-M-1, 200 mM [U-99% 2H] Dodecylphosphocholine-2, 10 mM sodium phosphate-3, 10 % [U-99% 2H] D2O-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM [1H] MYR-ALPHA-M-5, 200 mM [U-99% 2H] Dodecylphosphocholine-6, 10 mM sodium phosphate-7, 100 % [U-99% 2H] D2O-8, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2LKJ Structures and Interaction Analyses of the Integrin Alpha-M Beta-2 Cytoplasmic Tails 提交 2011-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1129–1152（24 aa）片段：C-terminal domain, UNP residues 1129-1152	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.6；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM [1H] MYR-P-ALPHA-M-1, 200 mM [U-99% 2H] Dodecylphosphocholine-2, 10 mM sodium phosphate-3, 10 % [U-99% 2H] D2O-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM [1H] MYR-P-ALPHA-M-5, 200 mM [U-99% 2H] Dodecylphosphocholine-6, 10 mM sodium phosphate-7, 100 % [U-99% 2H] D2O-8, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3QA3 Crystal Structure of A-domain in complex with antibody 提交 2011-01-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 148–337（190 aa）片段：UNP residues 148-337	突变：I316G	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；13% PEG8000, Tris pH 8.2, 0.25M NaCl, 10mM CaCl2, 1mM PMSF, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.224
3QA3 Crystal Structure of A-domain in complex with antibody 提交 2011-01-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 148–337（190 aa）片段：UNP residues 148-337	突变：I316G	GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；13% PEG8000, Tris pH 8.2, 0.25M NaCl, 10mM CaCl2, 1mM PMSF, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.224
3QA3 Crystal Structure of A-domain in complex with antibody 提交 2011-01-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 148–337（190 aa）片段：UNP residues 148-337	突变：I316G	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；13% PEG8000, Tris pH 8.2, 0.25M NaCl, 10mM CaCl2, 1mM PMSF, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.224
3QA3 Crystal Structure of A-domain in complex with antibody 提交 2011-01-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 148–337（190 aa）片段：UNP residues 148-337	突变：I316G	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；13% PEG8000, Tris pH 8.2, 0.25M NaCl, 10mM CaCl2, 1mM PMSF, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.224
4M76 Integrin I domain of complement receptor 3 in complex with C3d 提交 2013-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 143–337（195 aa）片段：unp residues 143-337	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG 3350, pH 7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.242
4XW2 Structural basis for simvastatin competitive antagonism of complement receptor 3 提交 2015-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 145–337（193 aa）片段：UNP residues 145-337	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 SIM Simvastatin acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.2 M sodium malonate pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
6RHW Crystal structure of human CD11b I-domain (CD11b-I) in complex with Staphylococcus aureus octameric bi-component leukocidin LukGH 提交 2019-04-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 143–337（195 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 24 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；Crystallization drops were prepared by mixing 1.0 uL LukGH/huCD11b-I complex (5.2 mg/mL) in 25 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM MgCl2 with 0.5 uL reservoir solution containing 30% (v/v) Jeffamine-600 and 10% (v/v) DMSO.	分辨率 2.75 Å R-free 0.281
7AKK Structure of a complement factor-receptor complex 提交 2020-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 143–337（195 aa）链 H 143–337（195 aa）	突变：C128S,I316G 突变：C128S,I316G	GOL GLYCEROL × 3 K POTASSIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；100 mM Tris-HCl (pH 8.0), 8% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000	分辨率 3.40 Å R-free 0.229
7P2D Structure of alphaMbeta2/Cd11bCD18 headpiece in complex with a nanobody 提交 2021-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–772（756 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；1:1 ratio with reservoir containing 1.25 M sodium malonate, 76 mM HEPES pH 8.0, 24 mM HEPES pH 6.5, and 0.5% Jeffamine ED2001 pH 7.0	分辨率 3.20 Å R-free 0.295
7USL Integrin alphaM/beta2 ectodomain in complex with adenylate cyclase toxin RTX751 and M1F5 Fab 提交 2022-04-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 17–1104（1088 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 33 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
7USM Integrin alphaM/beta2 ectodomain 提交 2022-04-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–1104（1088 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8CE6 Crystal structure of human Cd11b I domain in P212121 space group 提交 2023-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 149–337（189 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 GOL GLYCEROL × 7 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15M ammonium sulfate 25% PEG4000 15% glycerol	分辨率 1.58 Å R-free 0.208
8CE9 Crystal structure of human Cd11b I domain in C121 space group 提交 2023-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 149–337（189 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；25% PEG Smear Medium 0.1M cacodylate pH 5.5 0.2M ammonium sulfate	分辨率 2.11 Å R-free 0.239
8CE9 Crystal structure of human Cd11b I domain in C121 space group 提交 2023-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 149–337（189 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；25% PEG Smear Medium 0.1M cacodylate pH 5.5 0.2M ammonium sulfate	分辨率 2.11 Å R-free 0.239
8VOH HADDOCK models of human alphaM I-domain bound to the the N-terminal domain of the cytokine pleiotrophin 提交 2024-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 147–340（194 aa）片段：I-domain, residues 147-340	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 1 NMR样品组成 0.2 mM [U-13C; U-15N] human alphaM I-domain, 1 mM The N-terminal domain of pleiotrophin, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] human alphaM I-domain, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] The N-terminal domain of pleiotrophin, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
8VOI HADDOCK models of active human alphaM I-domain bound to the the C-terminal domain of the cytokine pleiotrophin 提交 2024-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–331（184 aa）片段：I-domain, residues 148-331	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 1 NMR样品组成 0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] active human alphaM I-domain, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] The C-terminal Domain of Pleiotrophin, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM The C-terminal Domain of Pleiotrophin, 0.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] active human alphaM I-domain, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9GMU Structure ofhuman aM ligand binding domain in complex with the aCR3 nanobody 提交 2024-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 145–337（193 aa）片段：UNP residues 145-337	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 1.5 M Li2S04.	分辨率 3.80 Å R-free 0.298
9GMU Structure ofhuman aM ligand binding domain in complex with the aCR3 nanobody 提交 2024-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 145–337（193 aa）片段：UNP residues 145-337	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 1.5 M Li2S04.	分辨率 3.80 Å R-free 0.298
9RM9 Cryo-EM structure of alphaM/beta2 headpiece complex without alphaM I-domain - the consensus map from alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex 提交 2025-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–770（754 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0.02 % w/v CHAPS added to sample just before vitrification	分辨率 2.60 Å
9RMA Cryo-EM structure of alphaM I-domain:C3d-anti-CR3-Nb complex focused refinement from the alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex 提交 2025-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–770（754 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0.02 % w/v CHAPS added to sample just before vitrification	分辨率 3.94 Å
9T3Y Cryo-EM structure of alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex (HPO2 3D class reconstruction) 提交 2025-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–770（754 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0.02 % w/v CHAPS added to sample just before vitrification	分辨率 3.44 Å
9T5V Cryo-EM structure of alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex (HPO1 3D class reconstruction) 提交 2025-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–773（757 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0.02 % w/v CHAPS added to sample just before vitrification	分辨率 3.06 Å
9T5W Cryo-EM structure of mutant R61H alphaM/beta2 headpiece complex 提交 2025-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–770（754 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0.02 % w/v CHAPS added to sample just before vitrification	分辨率 2.74 Å
9T5Z Cryo-EM structure of alphaM/beta2:MEM148-Fab headpiece complex (without alphaM I-domain) 提交 2025-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 17–771（755 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 30 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITAM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–190； UniProt 148–337 作者链 G； PDB构建体 1–190； UniProt 148–337 作者链 I； PDB构建体 1–190； UniProt 148–337 作者链 L； PDB构建体 1–190； UniProt 148–337

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3q3g
沉积日期 deposition_date	2010-12-21
结构标题 title	Crystal Structure of A-domain in complex with antibody
关键词 keywords	IMMUNE SYSTEM-CELL ADHESION COMPLEX; IMMUNE SYSTEM/CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.27 Å
零角强度 I(0) i0	1185760000.00
分子量 molecular_weight	283610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	354030 Å³
包络体积 envelope_volume	513710 Å³
水化壳体积 shell_volume	86401 Å³
包络直径 envelope_diameter	188.6 Å
壳层 Rg shell_rg	51.92 Å
包络 Rg envelope_rg	51.07 Å
形状 Rg shape_rg	52.28 Å
总 Rg total_rg	52.26 Å
总原子数 total_atoms	19937
残基数 n_residues	2532
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	184.7 Å
Rg (实空间) rg_real	52.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1860e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1185000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8236
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.505
峰度 Kurtosis kurtosis	0.029
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	54360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.660; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.726

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Antibody Light Chain
分子量 formula_weight	24457.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,F,J
原子数 atom_count	20257

DIEMTQSPSSLGVSVGEKVTMSCKSSQNLLYSSNQKNYLAWYQQKPGQSPKLLIYWASTRESGVPDRFTGTGSGTDFTLTISSVKAEDLAVYYCQQYYSYPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Antibody Heavy chain
分子量 formula_weight	24043.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,B,H,K

QVQLQQSGAELVKPGASVKLSCTPSGFNIKDIYMQWVKQRPEQGLEWIGRIDPANDKTKYDPKFQGKATITADTSSNTAYLQLSSLTSEDTAVYYCASEGHYGYDGYAMDYWGQGTTVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPRPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Integrin alpha-M
分子量 formula_weight	21778.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,E,I,L

DSDIAFLIDGSGSIIPHDFRRMKEFVSTVMEQLKKSKTLFSLMQYSEEFRIHFTFKEFQNNPNPRSLVKPITQLLGRTHTATGIRKVVRELFNITNGARKNAFKILVVITDGEKFGDPLGYEDVIPEADREGVIRYVIGVGDAFRSEKSRQELNTIASKPPRDHVFQVNNFEALKTIQNQLREKIFAIEG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	25

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	320

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_id	d3q3ga1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3q3ga2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3q3gb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3q3gb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3q3gc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3q3gc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3q3gd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3q3gd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3q3ge_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

结构域编号 domain_id	d3q3gf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3q3gf2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3q3gg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

结构域编号 domain_id	d3q3gh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3q3gh2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3q3gi_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

结构域编号 domain_id	d3q3gj1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3q3gj2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3q3gk1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3q3gk2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3q3gl_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	3q3gA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3q3gA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3q3gB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3q3gB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3q3gC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3q3gC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3q3gD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3q3gD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3q3gE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	3q3gF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3q3gF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3q3gG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	3q3gH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3q3gH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3q3gI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	3q3gJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3q3gJ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3q3gK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3q3gK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3q3gL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	81.939 Å
晶胞边长 b length_b	157.218 Å
晶胞边长 c length_c	232.128 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	47.760 Å
R 因子 r_factor	0.2125
R_work r_work	0.2108
R_free r_free	0.2442

Crystal Structure of A-domain in complex with antibody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrin alpha-M

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

CATH v4.4 (20 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/q3/3q3g/3q3g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q3/3q3g/3q3g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q3/3q3g/3q3g.dat