3qh5

Structure of Thermolysin in complex with N-Carbobenzyloxy-L-aspartic acid and L-Phenylalanine Methyl Ester

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thermolysin

物种未注明

UniProt P00800

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 233–548 未记录 CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 1 0A9 methyl L-phenylalaninate × 2 NX6 N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-aspartic acid × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;THERMOLYSIN WAS DISSOLVED IN 30% DMSO, 36mM TRIS/HCl, 1M CALCIUM ACETATE pH 6.3 AT 100MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 1.50 Å R-free 0.187

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 204 个其他 PDB 条目、206 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 THER_BACTH
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–316; UniProt 233–548

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3qh5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3qh5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3qh5
沉积日期 deposition_date2011-01-25
结构标题 titleStructure of Thermolysin in complex with N-Carbobenzyloxy-L-aspartic acid and L-Phenylalanine Methyl Ester
关键词 keywordsHYDROLASE, METALLOPROTEINASE, L-Phenylalanine Methyl Ester, N-Carbobenzyloxy-L-asparic acid, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.50
零角强度 I(0) i041311600.00
分子量 molecular_weight33308.0 kDa
排除体积 excluded_volume32159 ų
包络体积 envelope_volume48841 ų
水化壳体积 shell_volume20909 ų
包络直径 envelope_diameter68.0
壳层 Rg shell_rg26.02
包络 Rg envelope_rg19.83
形状 Rg shape_rg19.50
总 Rg total_rg20.13
总原子数 total_atoms2516
残基数 n_residues316
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.0
Rg (实空间) rg_real20.19
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.49
I(0) (实空间) i0_real4.1310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal41310000.0000
解质量估计 total_estimate0.8691
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary67.0
偏度 Skewness skewness0.355
峰度 Kurtosis kurtosis-0.263
角度范围 angular_range— – 0.3950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8691000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.784; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.959

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3qh5a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.2 — Thermolysin-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3qh5A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology170 — Elastase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id3qh5A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology390 — Neutral Protease; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neutral Protease Domain 2

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)