3qhs

Crystal structure of full-length Hfq from Escherichia coli

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein hfq

Escherichia coli

UniProt P0A6X3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–102 链 B; UniProt 1–102 链 C; UniProt 1–102 链 D; UniProt 1–102 链 E; UniProt 1–102 链 F; UniProt 1–102 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;30% v/v PEG 550 MME, 0.05M calcium chloride dihydrate, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.85 Å R-free 0.250
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–102 链 H; UniProt 1–102 链 I; UniProt 1–102 链 J; UniProt 1–102 链 K; UniProt 1–102 链 L; UniProt 1–102 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;30% v/v PEG 550 MME, 0.05M calcium chloride dihydrate, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.85 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HFQ_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 B; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 C; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 D; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 E; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 F; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 G; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 H; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 I; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 J; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 K; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 L; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3qhs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3qhs
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3qhs
沉积日期 deposition_date2011-01-26
结构标题 titleCrystal structure of full-length Hfq from Escherichia coli
关键词 keywordsRNA BINDING PROTEIN, SM-LIKE, PLEIOTROPIC REGULATOR; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.68
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.03
零角强度 I(0) i0126204000.00
分子量 molecular_weight91905.0 kDa
排除体积 excluded_volume116810 ų
包络体积 envelope_volume146040 ų
水化壳体积 shell_volume41977 ų
包络直径 envelope_diameter95.2
壳层 Rg shell_rg36.46
包络 Rg envelope_rg27.94
形状 Rg shape_rg28.04
总 Rg total_rg28.86
总原子数 total_atoms6492
残基数 n_residues812
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.8
Rg (实空间) rg_real29.51
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39
I(0) (实空间) i0_real1.2620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.59
I(0) (倒空间) i0_reciprocal126200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8954
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.0
偏度 Skewness skewness0.172
峰度 Kurtosis kurtosis-0.344
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha52600000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.910

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd3qhsa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq
结构域编号 domain_idd3qhsb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq
结构域编号 domain_idd3qhsc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq
结构域编号 domain_idd3qhsd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq
结构域编号 domain_idd3qhse_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq
结构域编号 domain_idd3qhsf_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq
结构域编号 domain_idd3qhsg_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq
结构域编号 domain_idd3qhsh_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq
结构域编号 domain_idd3qhsi_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq
结构域编号 domain_idd3qhsj_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq
结构域编号 domain_idd3qhsk_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq
结构域编号 domain_idd3qhsl_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id3qhsA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100
结构域编号 domain_id3qhsB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100
结构域编号 domain_id3qhsC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100
结构域编号 domain_id3qhsD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100
结构域编号 domain_id3qhsE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100
结构域编号 domain_id3qhsF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100
结构域编号 domain_id3qhsG00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100
结构域编号 domain_id3qhsH00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100
结构域编号 domain_id3qhsI00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100
结构域编号 domain_id3qhsJ00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100
结构域编号 domain_id3qhsK00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100
结构域编号 domain_id3qhsL00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)