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1HK9
Crystal structure of the Hfq protein from Escherichia coli
提交 2003-03-06
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构建体不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
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链 A
1–72(72 aa)
片段:RESIDUES 1-72
链 B
1–72(72 aa)
片段:RESIDUES 1-72
链 C
1–72(72 aa)
片段:RESIDUES 1-72
链 D
1–72(72 aa)
片段:RESIDUES 1-72
链 E
1–72(72 aa)
片段:RESIDUES 1-72
链 F
1–72(72 aa)
片段:RESIDUES 1-72
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;293 K;CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL SITTING DROPS. THE RESERVOIR CONTAINED 25% PEG 4000, 0.2 M NH4-ACETATE AND 0.2 M NA-ACETATE PH 4.6. CRYSTALLIZATION WERE CARRIED OUT AT 20C.
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分辨率 2.15 Å
R-free 0.262
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2Y90
Crystal structure of Hfq riboregulator from E. coli (P6 space group)
提交 2011-02-11
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构建体不同
突变/修饰不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
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链 A
1–102(102 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL HANGING DROPS AT 20C. THE RESERVOIR CONTAINED 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.0.
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分辨率 2.25 Å
R-free 0.226
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2YHT
Crystal structure of Hfq riboregulator from E. coli (P1 space group)
提交 2011-05-06
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构建体不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
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链 A
1–72(72 aa)
片段:SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 B
1–72(72 aa)
片段:SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 C
1–72(72 aa)
片段:SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 D
1–72(72 aa)
片段:SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 E
1–72(72 aa)
片段:SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 F
1–72(72 aa)
片段:SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.4;293 K;CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL SITTING DROPS. THE RESERVOIR CONTAINED 30% PEG 3350, 0.1 M NA-CITRATE PH 5.4. CRYSTALLIZATIONS WERE CARRIED OUT AT 20 DEGREES CELSIUS.
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分辨率 2.90 Å
R-free 0.229
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2YHT
Crystal structure of Hfq riboregulator from E. coli (P1 space group)
提交 2011-05-06
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构建体不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
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链 G
1–72(72 aa)
片段:SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 H
1–72(72 aa)
片段:SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 I
1–72(72 aa)
片段:SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 J
1–72(72 aa)
片段:SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 K
1–72(72 aa)
片段:SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 L
1–72(72 aa)
片段:SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.4;293 K;CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL SITTING DROPS. THE RESERVOIR CONTAINED 30% PEG 3350, 0.1 M NA-CITRATE PH 5.4. CRYSTALLIZATIONS WERE CARRIED OUT AT 20 DEGREES CELSIUS.
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分辨率 2.90 Å
R-free 0.229
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3GIB
Crystal Structure of the Complex of the E. coli Hfq with Poly(A)
提交 2009-03-05
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:octameric
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链 A
2–69(68 aa)
片段:N-terminal fragment (2-69)
链 B
2–69(68 aa)
片段:N-terminal fragment (2-69)
链 C
2–69(68 aa)
片段:N-terminal fragment (2-69)
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未记录
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NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 6
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 9.5;298 K;40% MPD, 0.1 M CHES 9.5, hanging drop, temperature 298K
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分辨率 2.40 Å
R-free 0.259
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3QO3
Crystal structure of Escherichia coli Hfq, in complex with ATP
提交 2011-02-09
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构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
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链 A
1–65(65 aa)
片段:N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65
链 B
1–65(65 aa)
片段:N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65
链 C
1–65(65 aa)
片段:N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65
链 D
1–65(65 aa)
片段:N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65
链 E
1–65(65 aa)
片段:N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65
链 F
1–65(65 aa)
片段:N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65
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未记录
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ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;295 K;0.1M Hepes, 10% (W/V) PEG 8000, 8% (V/V) Ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
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分辨率 2.15 Å
R-free 0.257
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3VU3
Crystal structure of the Hfq and catalase HPII complex
提交 2012-06-15
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 28
PDB 声明:28-meric
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链 C
1–102(102 aa)
链 D
1–102(102 aa)
链 E
1–102(102 aa)
链 F
1–102(102 aa)
链 G
1–102(102 aa)
链 H
1–102(102 aa)
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未记录
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HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;293 K;0.1M Tris-HCl, 0.18M NaCl, 10% PEG4000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.85 Å
R-free 0.246
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4JRI
Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Proximal Edge Mutant
提交 2013-03-21
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构建体不同
突变/修饰不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
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链 A
2–69(68 aa)
片段:UNP residues 2-69
链 B
2–69(68 aa)
片段:UNP residues 2-69
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突变:F39W
突变:F39W
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 1.83 Å
R-free 0.257
|
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4JRI
Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Proximal Edge Mutant
提交 2013-03-21
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构建体不同
突变/修饰不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
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链 C
2–69(68 aa)
片段:UNP residues 2-69
链 D
2–69(68 aa)
片段:UNP residues 2-69
|
突变:F39W
突变:F39W
|
未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 1.83 Å
R-free 0.257
|
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4JRK
Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Surface Mutant
提交 2013-03-21
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构建体不同
突变/修饰不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
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链 A
2–69(68 aa)
片段:UNP residues 2-69
链 B
2–69(68 aa)
片段:UNP residues 2-69
链 C
2–69(68 aa)
片段:UNP residues 2-69
|
突变:F11W
突变:F11W
突变:F11W
|
未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 1.89 Å
R-free 0.216
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4JUV
Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Distal Face 1 Mutant
提交 2013-03-25
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构建体不同
突变/修饰不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
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链 A
2–69(68 aa)
链 B
2–69(68 aa)
链 C
2–69(68 aa)
链 D
2–69(68 aa)
链 E
2–69(68 aa)
链 F
2–69(68 aa)
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突变:Y25W
突变:Y25W
突变:Y25W
突变:Y25W
突变:Y25W
突变:Y25W
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.19 Å
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4RCB
Crystal structure of E Coli Hfq
提交 2014-09-15
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构建体不同
突变/修饰不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
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链 A
5–71(67 aa)
片段:UNP RESIDUES 5-71
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;0.5M Lithium chloride, 1.6M Ammonium sulfate
, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
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分辨率 1.63 Å
R-free 0.248
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4RCC
Crystal structure of E Coli Hfq
提交 2014-09-15
|
构建体不同
突变/修饰不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
|
链 A
5–71(67 aa)
片段:UNP RESIDUES 5-71
|
未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;0.1M TRIS.HCl pH 8.5, 1.5M Ammonium sulfate, 15 %(w/v) Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
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分辨率 1.98 Å
R-free 0.213
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4V2S
Crystal structure of Hfq in complex with the sRNA RydC
提交 2014-10-14
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聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:heptameric
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链 A
1–102(102 aa)
链 B
1–102(102 aa)
链 C
1–102(102 aa)
链 D
1–102(102 aa)
链 E
1–102(102 aa)
链 F
1–102(102 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;0.2 M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE (PH 6.5), 15% ISOPROPANOL
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分辨率 3.48 Å
R-free 0.282
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9GU5
Crystal Structure of Hfq V22A
提交 2024-09-18
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突变/修饰不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:heptameric
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链 A
1–102(102 aa)
链 B
1–102(102 aa)
链 C
1–102(102 aa)
链 D
1–102(102 aa)
链 E
1–102(102 aa)
链 F
1–102(102 aa)
|
突变:V22A
突变:V22A
突变:V22A
突变:V22A
突变:V22A
突变:V22A
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;22.5 %v/v PEGSB, 0.2 M LiSO4, 0.05 M Zn Acet, 0.1 M BIS-TRIS
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分辨率 2.90 Å
R-free 0.387
|
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9GU5
Crystal Structure of Hfq V22A
提交 2024-09-18
|
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
|
链 G
1–102(102 aa)
链 H
1–102(102 aa)
链 I
1–102(102 aa)
链 J
1–102(102 aa)
链 K
1–102(102 aa)
链 L
1–102(102 aa)
|
突变:V22A
突变:V22A
突变:V22A
突变:V22A
突变:V22A
突变:V22A
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MG MAGNESIUM ION × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;22.5 %v/v PEGSB, 0.2 M LiSO4, 0.05 M Zn Acet, 0.1 M BIS-TRIS
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.387
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9H45
Crystal Structure of Hfq V22A
提交 2024-10-17
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聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:heptameric
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链 A
1–102(102 aa)
链 B
1–102(102 aa)
链 C
1–102(102 aa)
链 D
1–102(102 aa)
链 E
1–102(102 aa)
链 F
1–102(102 aa)
|
未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;293 K;15 %v/v PEGSH 0.15 M NH4 Acet 0.1 M Na3 Cit
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分辨率 2.08 Å
R-free 0.323
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