SAXSdb — 3qqc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;DNA-directed RNA polymerase subunit b, DNA-directed RNA polymerase subunit a', DNA-directed RNA polymerase subunit A'' ;

Pyrococcus furiosus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Transcription antitermination protein nusG × 1 （Q8TZK1） ;DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' ; × 1 （Q8U440） ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8U0M3_9EURY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–64； UniProt 1053–1115

;DNA-directed RNA polymerase subunit b, DNA-directed RNA polymerase subunit a', DNA-directed RNA polymerase subunit A'' ;

Pyrococcus furiosus

UniProt Q8U0M4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Transcription antitermination protein nusG × 1 （Q8TZK1） ;DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' ; × 1 （Q8U440） ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8U0M4_9EURY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 67–382； UniProt 3–318

;DNA-directed RNA polymerase subunit b, DNA-directed RNA polymerase subunit a', DNA-directed RNA polymerase subunit A'' ;

Pyrococcus furiosus

UniProt Q8U0M5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Transcription antitermination protein nusG × 1 （Q8TZK1） ;DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' ; × 1 （Q8U440） ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8U0M5_9EURY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 392–429； UniProt 334–371

Transcription antitermination protein nusG

Pyrococcus furiosus

UniProt Q8TZK1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	;DNA-directed RNA polymerase subunit b, DNA-directed RNA polymerase subunit a', DNA-directed RNA polymerase subunit A'' ; × 1 （Q8U0M3,Q8U0M4,Q8U0M5） ;DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' ; × 1 （Q8U440） ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8TZK1_9EURY
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152

;DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' ;

Pyrococcus furiosus

UniProt Q8U440

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	;DNA-directed RNA polymerase subunit b, DNA-directed RNA polymerase subunit a', DNA-directed RNA polymerase subunit A'' ; × 1 （Q8U0M3,Q8U0M4,Q8U0M5） Transcription antitermination protein nusG × 1 （Q8TZK1） ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8U440_9EURY
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3qqc
沉积日期 deposition_date	2011-02-15
结构标题 title	Crystal structure of archaeal Spt4/5 bound to the RNAP clamp domain
关键词 keywords	transcription, fusion protein, chimera protein, multiprotein complex; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3qqc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3qqc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3qqc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.75 Å
Rg（电子密度）	27.77 Å
总 Rg	28.61 Å
原子数	4187
残基数	521
排除体积	75239 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3qqc__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit b, DNA-directed RNA polymerase subunit a', DNA-directed RNA polymerase subunit A'' ;
分子量 formula_weight	49409.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4187

MKTEVWVCENCGHIALEDKRRRRVYCPVCGEEERISKVEMSYAFKLLLDELKAMVIRPKLNLSEGGKVIGSIEFGILSPQEIRKMSAVEVTVPDTYDDDGYPIEGGVMDKRMGVIDPGLRCETCGGRAGECPGHFGHIELARPVIHVGFAKTIYRILESTCRECGRIKLTDEEIEEYMKKIELARNRRSEFNEIIKEIHKKAKERMVCPHCGAPQYPIKFEKPTIYWEIRKDEQGNEYRHRLMPTEVRDWLEKIPDKDLPLLGLDPEKSRPEWMVLTVLPVPPVTARPSITLETGIRAEDDLTHKLVDIIRINNRLKQNIEAGAPQLIIEDLWDLLQYHVTTYINNEAPGVPPAKHKSGRPLKTLAQRLKGKEGRFRGNLSGGAGSGAGSGSVLARAAFEITVQHLFEAAEKGEVDNLNGVIENVLIGQKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Transcription antitermination protein nusG
分子量 formula_weight	18101.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAGKIFAVRVTHGQEETTAKLIYSKVRTYNLPIYAILAPSRVKGYIFVEAPNKGVVDEAIRGIRHARGVLPGEVPFKEIEHFLEEKPAVSGLEPGDLVEVIAGPFKGQKAKVVKIDESKDEVVVQFIDAIVPIPVTIKGDYVRLISKLQKEEAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' ;
分子量 formula_weight	6965.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSEKACRHCHYITSEDRCPVCGSRDLSEEWFDLVIIVDVENSEIAKKIGAKVPGKYAIRVR

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3qqcD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	940 — NusG, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3qqcE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

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晶胞边长 a length_a	168.570 Å
晶胞边长 b length_b	107.040 Å
晶胞边长 c length_c	51.090 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	50.700 Å
R 因子 r_factor	0.1950
R_work r_work	0.1930
R_free r_free	0.2470

Crystal structure of archaeal Spt4/5 bound to the RNAP clamp domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;DNA-directed RNA polymerase subunit b, DNA-directed RNA polymerase subunit a', DNA-directed RNA polymerase subunit A'' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA-directed RNA polymerase subunit b, DNA-directed RNA polymerase subunit a', DNA-directed RNA polymerase subunit A'' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA-directed RNA polymerase subunit b, DNA-directed RNA polymerase subunit a', DNA-directed RNA polymerase subunit A'' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcription antitermination protein nusG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3qqc__assembly_1__model_1

3qqc__assembly_1__model_1 | I(q)

3qqc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)