8rbo

Cryo-EM structure of Pyrococcus furiosus apo form RNA polymerase contracted clamp conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 166.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rbo
沉积日期 deposition_date	2023-12-04
结构标题 title	Cryo-EM structure of Pyrococcus furiosus apo form RNA polymerase contracted clamp conformation
关键词 keywords	RNA, Polymerase, Elongation, Complex, Pyrococcus furiosus, Archaea, Transcription, DNA; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.05 Å
零角强度 I(0) i0	1943560000.00
分子量 molecular_weight	374950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	472780 Å³
包络体积 envelope_volume	653430 Å³
水化壳体积 shell_volume	107760 Å³
包络直径 envelope_diameter	179.5 Å
壳层 Rg shell_rg	56.20 Å
包络 Rg envelope_rg	48.28 Å
形状 Rg shape_rg	49.04 Å
总 Rg total_rg	49.30 Å
总原子数 total_atoms	26368
残基数 n_residues	3290
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	166.6 Å
Rg (实空间) rg_real	49.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9440e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0080e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1944000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8605
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	62.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.303
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.197
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	229000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.765; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.900

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N
分子量 formula_weight	103612.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	26368

MQSMKKVIGSIEFGILSPQEIRKMSAVEVTVPDTYDDDGYPIEGGVMDKRMGVIDPGLRCETCGGRAGECPGHFGHIELARPVIHVGFAKTIYRILESTCRECGRIKLTDEEIEEYMKKIELARNRRSEFNEIIKEIHKKAKERMVCPHCGAPQYPIKFEKPTIYWEIRKDEQGNEYRHRLMPTEVRDWLEKIPDKDLPLLGLDPEKSRPEWMVLTVLPVPPVTARPSITLETGIRAEDDLTHKLVDIIRINNRLKQNIEAGAPQLIIEDLWDLLQYHVTTYINNEAPGVPPAKHKSGRPLKTLAQRLKGKEGRFRGNLSGKRVNFSARTVISPDPMISINEVGVPVEVAMELTVPEKVTEFNIERLRKMVLNGPDKYPGANYVIDPEGRRRRIMDSNKETLANQLDIGWTVERHLMDGDIVLFNRQPSLHRMSIMAHRVRVMPYRTFRLNLAVCPPYNADFDGDEMNLHVPQTEEAQAEARILMEVQNHIISPRYGGPIIGGIQDHISGGYLLTREGAYFTRDEVEQMLMFAGVDITELPEPDKYDENGNPLWSGKTIFSLLLPEDLTVWYRNKLCDEPERCEALEKLIEEKLMPDPEEVRKLAYDGFVYIQNGKLLSGAIDKKAYGREDGIILDLIVREYGVERARQFLDQVTKLTIWVITHKGFTTGIDDEDLPEEARDRIREIIREAEERVNKLIEAYKRGELEPLPGKSLEDTLESLIMAVLAEARDNAGAVAEKYLGMDNHTVIMAKTGARGKILNITQMAALLGQQSIRGKRLYRGFRGRVLSHFKPGDLGARAKGFVVNSYKSGLTPQEYFFHAMGGREGLVDTAVRTAQSGYMQRRLINALQDLKVEYDGTVRSPEGIIVQFKYGEDGVDPMKSWRGKTVDVDRIIVRTLLKMRGNNKAKV

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	127188.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRGPTVVDVTPDDLWIVMESYWQEKGLVRQHLDSYNAFIERGLQEVVNEFGGIKPDIPDFEVKFGKIRVGEPEFQEPHGQRKPLYPMDARIRNLTYAAPLYLEMIPVIKGVEQDPVEVRIGELPIMLKSKVCRLYGLSDEELIKLGEDPKDPGGYFIINGSERVIVSIEDIAPNRTLVEKDERQEKYIAKVFSYRHGYRALVAVERRKDGILYVDIPNVPKPVKFVYVMRALGLERDKDIVEAVGNDPEVQQIMFDNLEDASDITTQQEALEFIGKLVAPGQAREYRLKRAEYVIDNNLLPHMGVSPEDRIKKAYYLGMMALKVIELSLGRRPEDDKDHYANKRLRLAGDLLKDLFRVAFSQLVKDIQYQMTKTYQRKGDKYTFGNIHRFIRNSIRPDVLTERIEHALATGAWPGGRTGVSQLLDRTNYMSTLSHLRRVTSPLDREQPHFEARDLHGTHWGRICPTETPEGPNCGLVKNLALMAQITTAVPEEEIREYLMSLGIVPIEVRRPDPTLWRVYLNGVLIGTIEDGKALVQRIRQDRRSGKISDVINVAYYEDVKEVYVNSDDGRVRRPLIIVENGVPKLTKEHVQAVKEGRLKWSDLIKMGIIEYLDAEEEENAYVAMWPWEVTEEHTHLELMPAAILGLPASLVPYPEHNAAPRNTYGAGMAKQSLGLGWANFRIRVDTRGHLLHYPQIPLVNSRIMKAVGYEDRPAGQNFVVAVLAYQGYNMEDAIIINKASIERGLARSTFFRTYEAEEKKYLGGQTDKFEIPDPTVRGYRGEKYYRNLDEDGLIFPESKVEGKDVLVGRTSPPRFLEERGLGTVSLQERRETSVAVRPSEKGVVDKVIITETGDGTKLVKVTVRDLRIPELGDKFASRHGQKGVIGLIVPQEDMPWTESGIVPDLIVNPHGIPSRMTVGQLIEAIGGKVASLKGRRVDGTAFIGEPEEKLRKELEELGFKHTGREIMYDGITGKRLEADIFIGVIYYQRLHHMVADKIHARSRGPVQVLTKQPTEGRAREGGLRFGEMERDVLVGHGAAMLLIERLLEESDKTEVWVCENCGHIALEDKRRRRVYCPVCGEEERISKVEMSYAFKLLLDELKAMVIRPKLNLSERV

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

Entity 3 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C
分子量 formula_weight	44468.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MVSLSTIKSLIEKKGANLPENVKSELYEKLKKYNEKYKLTKAEIEAIIDDVVKEYERALVEPGEPVGTVAAQSIGEPSTQMTLNTFHYAGVAEINVTLGLPRIIEIVDARKNPSTPMMTVYLDEEHRYDRAKAEEVARRIEGTTLENLARSTTLDLINFEFIVEIDPERLERSGLTMEKVVKKLESSFKSAEFEVDGYTLIVRPKKADKISDLRRFAEKIKKHRLKGLSGVGKTIVRKEGDEYVIYTEGSNFKQVLKVPGVDPTRTRTNNIHEIAEVLGIEAARNAIIDEIVSTMQEQGLEVDIRHIMLVADMMTLDGIVRPIGRHGVVGEKSSVLARAAFEITVQHLFEAAEKGEVDNLNGVIENVLIGQPVPVGTGMVKLTMKLPLRPQKEKEEV

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3
分子量 formula_weight	31688.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAGIEVQILEKKEDSIKFVLKGVHVSFANALRRTILGEVPTFAVDEVEFYENDSALFDEIIAHRLAMIPLTTPVDRFELDALELDDYTVTLSLEAEGPGIVYSGDLKSDDPDVKPVNPNIPIVKLAEGQRLVFNAYAKLGRGKDHAKWQPGFVYYKYYTIVHISKSIPEWKELKKLAKKRGLPVEETEEEVLVTTIKPFYIPKDFEEYEGKEIWEEIVPNTYIFTVETNGELPVEEIVSIALKILMRKADRFISELQKLTSWSHPQFEKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

Entity 5 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7
分子量 formula_weight	21731.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MYKIVTVKDVVRIPPTMFTMDPKEAAKIILRETYEGTYDKDEGVILSILEVKDIKDGIIIPGDGATYHEVVFDVLVWEPKIHEVVEGYVADVMPFGAFIRIGPIDGLVHISQLMDDYVVYDERNKQFVGKEKKYLLKIGDLVRARIINISAKSKVIRENRIGLTMRQPGLGKFEWIEKEKKKEKEEGKK

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

Entity 6 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4
分子量 formula_weight	14116.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MIGRGKLGEKYITIAEAKELLLKRREEEVKAGIEEPLYYEARLALEHAERFAKLPADKAKEAVEELMNAFEWMSDRIACKIVDIMPEDSMDLRVIFAKEEYQPTQEEMKQILDILDKYRE

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

Entity 7 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5
分子量 formula_weight	9260.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MAGKKEFSIFDHVLVPEHRVLSEEEKKALLEKYKITLAQLPQIKASDPAVKALGAKPGDVIEIKRKSPTAGVYYYYRVVVED

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

Entity 8 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6
分子量 formula_weight	6243.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MFKYTRFEKARIIGARALQISMGAPVLIDVPPGITPLEAAILEFEKGVIPITVIRPS

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

Entity 9 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11
分子量 formula_weight	11132.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MKIEVIKKEENLLEFYLEGEDHTFANLLVETLRENPHVKFTAYTIEHPITMARKPRFRVVTDGEITPEEALEEAAKKIFERAKEVLEAWEKAVKS

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

Entity 10 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10
分子量 formula_weight	7800.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MIVPVRCFTCGKVIGDKYYEFKRRVEAGEDPEKVLDDLGLERYCCRRMLLSHVELIDDIMHYRVY

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

Entity 11 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12
分子量 formula_weight	5770.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MVEAVYRCFKCGREVKLDLSITRDLRCPYCGSKILYKPRPKVPRRVKAI

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

Entity 12 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 13 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.02 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	111194

fit	/app/data/saxs_computation/rb/8rbo/8rbo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rb/8rbo/8rbo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rb/8rbo/8rbo.dat

Cryo-EM structure of Pyrococcus furiosus apo form RNA polymerase contracted clamp conformation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)