SAXSdb — 3qrx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centrin

Chlamydomonas reinhardtii

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–169	未记录	Melittin × 1 （P01501） CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2 L of the Crcen-MLT (1:1.5 molar ratio, 10mg/mL total) solution with 2 L of a precipitant solution containing 50 mM HEPES, pH 7.5, 0.2 M KCl, and 40% v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.341
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–169	未记录	Melittin × 2 （P01501） CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2 L of the Crcen-MLT (1:1.5 molar ratio, 10mg/mL total) solution with 2 L of a precipitant solution containing 50 mM HEPES, pH 7.5, 0.2 M KCl, and 40% v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.341

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8JC40_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169

Melittin

物种未注明

UniProt P01501

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 44–69	片段：residues 44-69	Centrin × 1 （A8JC40） CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2 L of the Crcen-MLT (1:1.5 molar ratio, 10mg/mL total) solution with 2 L of a precipitant solution containing 50 mM HEPES, pH 7.5, 0.2 M KCl, and 40% v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.341
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 44–69	片段：residues 44-69	Centrin × 2 （A8JC40） CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2 L of the Crcen-MLT (1:1.5 molar ratio, 10mg/mL total) solution with 2 L of a precipitant solution containing 50 mM HEPES, pH 7.5, 0.2 M KCl, and 40% v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.341

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3QRX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BH1 STRUCTURAL STUDIES OF D-PRO MELITTIN, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1998-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–69（26 aa）	突变：PRO 14 REPLACED WITH D-PRO 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.2；277 K；离子强度（mmCIF原始值）2mM；压力 1 NMR样品组成 METHANOL	分辨率未提供
2MLT MELITTIN 提交 1990-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 44–69（26 aa）链 B 44–69（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2MW6 Structure of the bee venom toxin melittin with [(C5H5)Ru]+ fragment attached to the tryptophan residue 提交 2014-10-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–69（26 aa）片段：residues 44-69	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	3UQ [(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl][(1,2,3,4,4a,8a-eta)-naphthalene]ruthenium(1+) × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 1 NMR样品组成 6 mM Ru-melittin-1, CD3OH \| CD3OH	分辨率未提供
6DST Recombinant melittin 提交 2018-06-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–69（26 aa）片段：residues 44-69	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR测量条件 pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 0.05 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] melittin, 10 % v/v [U-2H] glycerol, 10 mM potassium phosphate buffer, trifluoroethanol/water \| trifluoroethanol/water NMR样品组成 0.050 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Melittin, 10 mM potassium phosphate buffer, trifluoroethanol/water \| trifluoroethanol/water	分辨率未提供
6O4M Racemic melittin 提交 2019-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 44–69（26 aa）片段：residues 44-69 链 D 44–69（26 aa）片段：residues 44-69	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.05 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH = 6.5, 30% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)	分辨率 1.27 Å R-free 0.235
6O4M Racemic melittin 提交 2019-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 44–69（26 aa）片段：residues 44-69 链 B 44–69（26 aa）片段：residues 44-69	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.05 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH = 6.5, 30% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)	分辨率 1.27 Å R-free 0.235
8AHS Crystal structure of human Ca2+/Calmodulin in complex with melittin 提交 2022-07-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 44–69（26 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；0.2M NaCl, 22w/v% PEG3350, 0.1M Bis-Tris, pH 5.4	分辨率 2.48 Å R-free 0.270
8AHT Crystal structure of Plasmodium falciparum Ca2+/Calmodulin in complex with melittin 提交 2022-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：dimeric	链 F 44–69（26 aa）链 G 44–69（26 aa）链 H 44–69（26 aa）链 I 44–69（26 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.25M NaCl, 30w/v% PEG3350, 0.1M Bis-Tris buffer, pH 6.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.266

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MEL_APIME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–26； UniProt 44–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3qrx
沉积日期 deposition_date	2011-02-18
结构标题 title	Chlamydomonas reinhardtii centrin bound to melittin
关键词 keywords	calcium-binding, EF-hand, cell division, calcium binding, METAL BINDING PROTEIN-TOXIN complex; METAL BINDING PROTEIN/TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.79 Å
零角强度 I(0) i0	6573740.00
分子量 molecular_weight	18614.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23151 Å³
包络体积 envelope_volume	31642 Å³
水化壳体积 shell_volume	13172 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.7 Å
壳层 Rg shell_rg	26.39 Å
包络 Rg envelope_rg	21.19 Å
形状 Rg shape_rg	21.80 Å
总 Rg total_rg	22.47 Å
总原子数 total_atoms	1297
残基数 n_residues	165
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.9 Å
Rg (实空间) rg_real	22.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5740e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0600e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6574000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8522
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.347
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.749
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	567700.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.770; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.770; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Centrin
分子量 formula_weight	19489.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1328

MSYKAKTVVSARRDQKKGRVGLTEEQKQEIREAFDLFDTDGSGTIDAKELKVAMRALGFEPKKEEIKKMISEIDKDGSGTIDFEEFLTMMTAKMGERDSREEILKAFRLFDDDNSGTITIKDLRRVAKELGENLTEEELQEMIAEADRNDDNEIDEDEFIRIMKKTSLF

来源 Source

来源生物 organism	Chlamydomonas reinhardtii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3055
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Melittin
分子量 formula_weight	2852.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GIGAVLKVLTTGLPALISWIKRKRQQ

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	31

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3qrxA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.104 Å
晶胞边长 b length_b	114.426 Å
晶胞边长 c length_c	34.842 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2936
R_work r_work	0.2912
R_free r_free	0.3407

fit	/app/data/saxs_computation/qr/3qrx/3qrx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qr/3qrx/3qrx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qr/3qrx/3qrx.dat

Chlamydomonas reinhardtii centrin bound to melittin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centrin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Melittin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)