SAXSdb — 3ri4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform Ets-1 p27 of Protein C-ets-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 4 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 64–225 链 D； UniProt 64–225	片段：UNP residues 280-441	TCR alpha promoter DNA × 2 TCR alpha promoter DNA × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：sitting drop vapor diffusion and macroseeding；pH 8.5；295 K；200 mM ammonium chloride, 10 mM calcium chloride, 50 mM Tris-HCl buffer (pH 8.5), 18.5% v/v PEG MME 2000, 3% v/v glycerol, sitting drop vapor diffusion and macroseeding, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3RI4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GVJ ETS-1 DNA BINDING AND AUTOINHIBITORY DOMAINS 提交 2002-02-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 297–441（145 aa）片段：RESIDUES 297-441 链 B 297–441（145 aa）片段：RESIDUES 297-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；297 K；0.2 M AMMONIUM ACETATE, 30% W/V PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, PROTEIN CONCENTRATION 15 MG/ML PLUS 10 MM DTT, TEMPERATURE 297 K, FOR CRYOPROTECTION 10% OF PEG 400 WAS ADDED.	分辨率 1.53 Å R-free 0.235
2NNY Crystal structure of the Ets1 dimer DNA complex. 提交 2006-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 280–441（162 aa）片段：residues 280-441 链 B 280–441（162 aa）片段：residues 280-441	突变：C350S , C416S 突变：C350S , C416S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；0.2 M ammonium acetate 28% PEG 2000 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K, temperature 298K	分辨率 2.58 Å R-free 0.271
2STT SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE HUMAN ETS1/DNA COMPLEX, 25 STRUCTURES 提交 1996-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 320–415（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；305 K	分辨率未提供
2STW SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE HUMAN ETS1/DNA COMPLEX, RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE 提交 1996-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 320–415（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；305 K	分辨率未提供
3MFK Ets1 complex with stromelysin-1 promoter DNA 提交 2010-04-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 280–441（162 aa）片段：UNP residues 280-441 链 B 280–441（162 aa）片段：UNP residues 280-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；15 mM ammonium chloride, 15 mM magnesium chloride, 0.7 M NDSB-195, 40 mM MES buffer (pH 6.5) and 11.5% v/v 2-Propanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295 K	分辨率 3.00 Å R-free 0.289
3WTS Crystal structure of the complex comprised of ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；10% PEG 4000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.05M TRIS HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.279
3WTS Crystal structure of the complex comprised of ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 H 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；10% PEG 4000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.05M TRIS HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.279
3WTT Crystal structure of the complex comprised of phosphorylated ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3WTT Crystal structure of the complex comprised of phosphorylated ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 H 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3WTU Crystal structure of the complex comprised of ETS1 (V170A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.282
3WTU Crystal structure of the complex comprised of ETS1 (V170A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 H 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.282
3WTV Crystal structure of the complex comprised of ETS1(V170G), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
3WTV Crystal structure of the complex comprised of ETS1(V170G), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 H 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
3WTW Crystal structure of the complex comprised of ETS1(K167A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；12% ISOPROPANOL, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3WTW Crystal structure of the complex comprised of ETS1(K167A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 H 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；12% ISOPROPANOL, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3WTX Crystal structure of the complex comprised of ETS1(Y329A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441	突变：Y329A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE PH5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
3WTX Crystal structure of the complex comprised of ETS1(Y329A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 H 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441	突变：Y329A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE PH5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
3WTY Crystal structure of the complex comprised of ETS1(G333P), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441	突变：G333P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；4% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3WTY Crystal structure of the complex comprised of ETS1(G333P), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 H 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441	突变：G333P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；4% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3WTZ Crystal structure of ETS-1 DNA binding and autoinhibitory domains (276-441) 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441 链 B 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；9% MPD, 6% PEG 6000, 0.1M HEPES, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.61 Å R-free 0.252
3WU0 Crystal structure of phosphorylated ETS-1 DNA binding and autoinhibitory domains (276-441) 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441 链 B 276–441（166 aa）片段：UNP RESIDUES 276-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；5% PEG 3000, 25% MPD, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.277
3WU1 Crystal structure of the ETS1-RUNX1-DNA ternary complex 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 333–441（109 aa）片段：UNP RESIDUES 333-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；11% PEG MME 550, 0.1M KCL, 0.015M MGCL2, 0.05M TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.249
4L0Y Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 1) 提交 2013-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 296–441（146 aa）片段：UNP residues 296-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；298 K；Plate-shaped crystals grown from 100 mM potassium chloride, 15 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 14% v/v PEG550 MME, 6% v/v glycerol, crystal size improved by macroseeding, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
4L0Z Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 2) 提交 2013-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 296–441（146 aa）片段：UNP residues 296-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；Square bipyramid-shaped crystals grown from 100 mM potassium chloride, 15 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 14% v/v PEG550 MME, 6% v/v glycerol, crystal size improved by macroseeding, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
4L18 Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 3) 提交 2013-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 296–441（146 aa）片段：UNP residues 296-441	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；2.5% w/v PEG4000, 5 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 5% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.280
4L18 Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 3) 提交 2013-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 F 296–441（146 aa）片段：UNP residues 296-441	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；2.5% w/v PEG4000, 5 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 5% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.280
4LG0 Structure of a ternary FOXO1-ETS1 DNA complex 提交 2013-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 331–440（110 aa）片段：DNA binding domain, UNP residues 331-440	未记录	CA CALCIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 400, 0.05M 2-Amino-2-hydroxymethyl-propane-1,3-diol, 0.1M potassium chloride, 0.01M magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.19 Å R-free 0.243
5ZMC Structural Basis for Reactivation of -146C>T Mutant TERT Promoter by cooperative binding of p52 and ETS1/2 提交 2018-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 331–441（111 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.1 M HEPES pH 7.0 and 2.0 M Ammonium sulphate	分辨率 2.99 Å R-free 0.288

共 20 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ETS1_HUMAN
Isoform	P14921-4
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–163； UniProt 64–225 作者链 D； PDB构建体 2–163； UniProt 64–225

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ri4
沉积日期 deposition_date	2011-04-12
结构标题 title	Ets1 cooperative binding to widely separated sites on promoter DNA
关键词 keywords	;transcription, T-cell receptor alpha, DNA binding, autoinhibition, Ets domain, transcription factor, DNA, Runx2, Runx1, Transcription-DNA complex ;; Transcription/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.82 Å
零角强度 I(0) i0	65178000.00
分子量 molecular_weight	51188.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58893 Å³
包络体积 envelope_volume	75628 Å³
水化壳体积 shell_volume	26786 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.0 Å
壳层 Rg shell_rg	30.56 Å
包络 Rg envelope_rg	23.44 Å
形状 Rg shape_rg	23.77 Å
总 Rg total_rg	24.58 Å
总原子数 total_atoms	3534
残基数 n_residues	336
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.4 Å
Rg (实空间) rg_real	24.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	65180000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9032
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.195
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.385
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5044000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isoform Ets-1 p27 of Protein C-ets-1
分子量 formula_weight	18938.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	3567

MVPSYDSFDYEDYPAALPNHKPKGTFKDYVRDRADLNKDKPVIPAAALAGYTGSGPIQLWQFLLELLTDKSCQSFISWTGDGWEFKLSDPDEVARRWGKRKNKPKMNYEKLSRGLRYYYDKNIIHKTAGKRYVYRFVCDLQSLLGYTPEELHAMLDVKPDADE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TCR alpha promoter DNA
分子量 formula_weight	4843.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E

GGAAGCCACATCCTCT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	TCR alpha promoter DNA
分子量 formula_weight	4954.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,F

CAGAGGATGTGGCTTC

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3ri4a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.21 — ets domain

结构域编号 domain_id	d3ri4d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.21 — ets domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3ri4A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3ri4D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	50.177 Å
晶胞边长 b length_b	98.124 Å
晶胞边长 c length_c	53.577 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	29.840 Å
R 因子 r_factor	0.2300
R_work r_work	0.2300
R_free r_free	0.2840

fit	/app/data/saxs_computation/ri/3ri4/3ri4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ri/3ri4/3ri4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ri/3ri4/3ri4.dat

Ets1 cooperative binding to widely separated sites on promoter DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform Ets-1 p27 of Protein C-ets-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)