3rnm

The crystal structure of the subunit binding of human dihydrolipoamide transacylase (E2b) bound to human dihydrolipoamide dehydrogenase (E3)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex, mitochondrial × 1 （P11182） BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex, mitochondrial × 1 （P11182） BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DLDH_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–495； UniProt 34–507 作者链 B； PDB构建体 22–495； UniProt 34–507 作者链 C； PDB构建体 22–495； UniProt 34–507 作者链 D； PDB构建体 22–495； UniProt 34–507

Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt P11182

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial × 2 （P09622） BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial × 2 （P09622） BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ODB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 2–50； UniProt 165–213 作者链 F； PDB构建体 2–50； UniProt 165–213

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3rnm
沉积日期 deposition_date	2011-04-22
结构标题 title	The crystal structure of the subunit binding of human dihydrolipoamide transacylase (E2b) bound to human dihydrolipoamide dehydrogenase (E3)
关键词 keywords	protein-protein interaction, redox protein, mitochondrion, OXIDOREDUCTASE-PROTEIN BINDING complex; OXIDOREDUCTASE/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3rnm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3rnm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3rnm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.83 Å
Rg（电子密度）	30.18 Å
总 Rg	30.81 Å
原子数	7538
残基数	991
排除体积	134600 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3rnm__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3rnm__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial
分子量 formula_weight	52652.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.8.1.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	15358

MGGSHHHHHHGMASLENLYFQADQPIDADVTVIGSGPGGYVAAIKAAQLGFKTVCIEKNETLGGTCLNVGCIPSKALLNNSHYYHMAHGKDFASRGIEMSEVRLNLDKMMEQKSTAVKALTGGIAHLFKQNKVVHVNGYGKITGKNQVTATKADGGTQVIDTKNILIATGSEVTPFPGITIDEDTIVSSTGALSLKKVPEKMVVIGAGVIGVELGSVWQRLGADVTAVEFLGHVGGVGIDMEISKNFQRILQKQGFKFKLNTKVTGATKKSDGKIDVSIEAASGGKAEVITCDVLLVCIGRRPFTKNLGLEELGIELDPRGRIPVNTRFQTKIPNIYAIGDVVAGPMLAHKAEDEGIICVEGMAGGAVHIDYNCVPSVIYTHPEVAWVGKSEEQLKEEGIEYKVGKFPFAANSRAKTNADTDGMVKILGQKSTDRVLGAHILGPGAGEMVNEAALALEYGASCEDIARVCHAHPTLSEAFREANLAASFGKSINF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex, mitochondrial
分子量 formula_weight	6592.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.168
突变 mutation	R118N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

GEIKGRKTLATPAVRNLAMENNIKLSEVVGSGKDGRILKEDILNYLEKQTLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID
分子量 formula_weight	207.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	347

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3rnme1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.9 — Peripheral subunit-binding domain of 2-oxo acid dehydrogenase complex
超家族 Superfamily superfamily	a.9.1 — Peripheral subunit-binding domain of 2-oxo acid dehydrogenase complex
家族 Family family	a.9.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3rnme2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3rnmf1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.9 — Peripheral subunit-binding domain of 2-oxo acid dehydrogenase complex
超家族 Superfamily superfamily	a.9.1 — Peripheral subunit-binding domain of 2-oxo acid dehydrogenase complex
家族 Family family	a.9.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3rnmf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	3rnmA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	3rnmA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	3rnmA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain

结构域编号 domain_id	3rnmB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	3rnmB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	3rnmB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain

结构域编号 domain_id	3rnmC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	3rnmC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	3rnmC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain

结构域编号 domain_id	3rnmD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	3rnmD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	3rnmD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain

结构域编号 domain_id	3rnmE00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	320 — Dihydrolipoamide Transferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — E3-binding domain

结构域编号 domain_id	3rnmF00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	320 — Dihydrolipoamide Transferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — E3-binding domain

▶

晶胞边长 a length_a	84.136 Å
晶胞边长 b length_b	112.308 Å
晶胞边长 c length_c	122.545 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	44.872 Å
R 因子 r_factor	0.1843
R_work r_work	0.1814
R_free r_free	0.2395

The crystal structure of the subunit binding of human dihydrolipoamide transacylase (E2b) bound to human dihydrolipoamide dehydrogenase (E3)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rnm__assembly_1__model_1

3rnm__assembly_1__model_1 | I(q)

3rnm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of the subunit binding of human dihydrolipoamide transacylase (E2b) bound to human dihydrolipoamide dehydrogenase (E3)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rnm__assembly_1__model_1

3rnm__assembly_1__model_1 | I(q)

3rnm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)