3rto

Acoustically mounted porcine insulin microcrystals yield an X-ray SAD structure

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 47.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Insulin

物种未注明

UniProt P01315

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 88–108 链 B; UniProt 25–54 链 C; UniProt 88–108 链 D; UniProt 25–54 片段:Insulin A chain (UNP residues 88-108) 片段:Insulin B chain (UNP residues 25-54) ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:SMALL TUBES;pH 6;Microcrystals are obtained by dissolving 0.025 g protein in 5 mL of crystallizing solution (200 mL 0.02 M HCl, 100 mL 0.20 M sodium citrate, 60 mL acetone, 20 mL water, 20 mL 0.12 M zinc sulfate) at 315K. The solution is then rapidly quenched to 293K by immersing it in a cool water bath. Quenching speed determines the resulting crystal size. 20-micron crystals are obtained by quenching in a 293K water bath, 10-micron crystals by quenching in a 283K water bath, and 5-micron crystals by quenching in ice water. pH 6.0, SMALL TUBES 分辨率 1.80 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、126 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INS_PIG
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–21; UniProt 88–108 作者链 C; PDB构建体 1–21; UniProt 88–108 作者链 B; PDB构建体 1–30; UniProt 25–54 作者链 D; PDB构建体 1–30; UniProt 25–54

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3rto

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3rto
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3rto
沉积日期 deposition_date2011-05-03
结构标题 titleAcoustically mounted porcine insulin microcrystals yield an X-ray SAD structure
关键词 keywordsHORMONE; HORMONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.80
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.69
零角强度 I(0) i02954670.00
分子量 molecular_weight11694.0 kDa
排除体积 excluded_volume14415 ų
包络体积 envelope_volume16239 ų
水化壳体积 shell_volume10533 ų
包络直径 envelope_diameter45.3
壳层 Rg shell_rg18.84
包络 Rg envelope_rg13.95
形状 Rg shape_rg13.65
总 Rg total_rg14.85
总原子数 total_atoms808
残基数 n_residues102
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax47.9
Rg (实空间) rg_real14.76
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31
I(0) (实空间) i0_real2.9550e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6110e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2955000.0000
解质量估计 total_estimate0.8867
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.2
偏度 Skewness skewness0.251
峰度 Kurtosis kurtosis-0.322
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha317700.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.973

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)