3ryg

128 hours neutron structure of perdeuterated rubredoxin

Method: NEUTRON DIFFRACTION D_max: 35.1 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rubredoxin

Pyrococcus furiosus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–54	未记录	FE FE (III) ION × 1	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mg/ml rubredoxin in 1.9 M sodium/potassium phosphate sitting drop equilibrated against 3.8 m sodium/potassium phosphate reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3RYG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BQ8 Rubredoxin (Methionine Mutant) from Pyrococcus Furiosus 提交 1998-08-22	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.6M NA,K PHOSPHATE, pH 8.5, vapor diffusion	分辨率 1.10 Å R-free 0.149
1BQ9 Rubredoxin (Formyl Methionine Mutant) from Pyrococcus Furiosus 提交 1998-08-22	突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	突变：FMET INSERTED IN N-TERMINAL POSITION 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.6M NA,K PHOSPHATE, pH 8.5, vapor diffusion	分辨率 1.20 Å R-free 0.166
1BRF Rubredoxin (Wild Type) from Pyrococcus Furiosus 提交 1998-08-24	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.6M NA,K PHOSPHATE, pH 8.5, vapor diffusion	分辨率 0.95 Å R-free 0.162
1CAA X-RAY CRYSTAL STRUCTURES OF THE OXIDIZED AND REDUCED FORMS OF THE RUBREDOXIN FROM THE MARINE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEBACTERIUM PYROCOCCUS FURIOSUS 提交 1992-05-18	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1CAD X-RAY CRYSTAL STRUCTURES OF THE OXIDIZED AND REDUCED FORMS OF THE RUBREDOXIN FROM THE MARINE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEBACTERIUM PYROCOCCUS FURIOSUS 提交 1992-05-18	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1IU5 X-ray Crystal Structure of the rubredoxin mutant from Pyrococcus Furiosus 提交 2002-02-27	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	突变：W3Y, I23V, L32I	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；Na/K phosphate, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.50 Å R-free 0.203
1IU6 Neutron Crystal Structure of the rubredoxin mutant from Pyrococcus Furiosus 提交 2002-02-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	突变：W3Y, I23V, L32I	FE FE (III) ION × 1	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；Na/K phosphate, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.60 Å R-free 0.228
1QCV RUBREDOXIN VARIANT (PFRD-XC4) FOLDS WITHOUT IRON 提交 1999-05-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	突变：C5L C8T C38A C41T	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）225mM；压力 1 NMR样品组成 1.5MM PFRD-XC4 ACETATE-D3 PH 6.3; 200MM NACL; 90/10 H2O/D2O	分辨率未提供
1RWD Backbone NMR Structure of a Mutant P. Furiosus Rubredoxin Using Residual Dipolar Couplings 提交 2003-12-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	突变：W3Y, I23V, L32I	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 4.5 mM Rubredoxin U-15N; 50 mM Na Phosphate; 100 mM NaCl; pH 6.3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2.5 mM Rubredoxin U-15N; 50 mM Na Phosphate ; 50 mM NaCl; pH 6.3; 7% Bicelle (3:1 DMPC:DHPC with 4% CTAB relative to DMPC) \| Bicelles in 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 4.5 mM Rubredoxin U-15N; 50 mM Na Phosphate; 100 mM NaCl; pH 6.3; PF1 phage sample \| Phage in 90% H2O, 10% D2O	分辨率未提供
1VCX Neutron Crystal Structure of the Wild Type Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 1.5A Resolution 提交 2004-03-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 Macroseeding；pH 8；298 K；sodium dihydrogen phosphate, dipotassium hydrogen phosphate, pH 8.0, Macroseeding, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.217
1ZRP SOLUTION-STATE STRUCTURE BY NMR OF ZINC-SUBSTITUTED RUBREDOXIN FROM THE MARINE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEBACTERIUM PYROCOCCUS FURIOSUS 提交 1992-07-10	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–53（53 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2PVX NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin 提交 2007-05-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.04 Å R-free 0.180
2PVX NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin 提交 2007-05-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–54（54 aa）	突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.04 Å R-free 0.180
2PVX NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin 提交 2007-05-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–54（54 aa）	突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.04 Å R-free 0.180
2PVX NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin 提交 2007-05-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–54（54 aa）	突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.04 Å R-free 0.180
2PVX NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin 提交 2007-05-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–54（54 aa）	突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.04 Å R-free 0.180
2PVX NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin 提交 2007-05-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–54（54 aa）	突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.04 Å R-free 0.180
2PVX NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin 提交 2007-05-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1–54（54 aa）	突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.04 Å R-free 0.180
2PVX NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin 提交 2007-05-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 1–54（54 aa）	突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.04 Å R-free 0.180
3KYU X-ray crystal structure determination of fully perdeuterated rubredoxin at 100K 提交 2009-12-07	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；3.8 M sodium/potassium phosphate, hanging drop	分辨率 1.10 Å R-free 0.125
3KYV Denovo X-ray crystal structure determination of H-labeled perdeuterated rubredoxin at 100K 提交 2009-12-07	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；3.8 M sodium/potassium phosphate, hanging drop	分辨率 1.10 Å R-free 0.147
3KYW Xray crystal structure determination of H-labeled perdeuterated rubredoxin at 295K 提交 2009-12-07	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；3.8 M sodium/potassium phosphate, hanging drop	分辨率 1.10 Å R-free 0.165
3KYX Joint Xray/neutron crystal structure determination of fully perdeuterated rubredoxin at 295K 提交 2009-12-07	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	实验方法未声明 X-ray结晶条件 hanging drop；3.8 M sodium/potassium phosphate, hanging drop	分辨率 1.68 Å R-free 0.197
3KYY Joint Xray/neutron crystal structure determination of H-labeled perdeuterated rubredoxin at 295K 提交 2009-12-07	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	实验方法未声明 X-ray结晶条件 3.8 M sodium/potassium phosphate, hanging drop	分辨率 1.10 Å
3RZ6 Neutron structure of perdeuterated rubredoxin using 40 hours 1st pass data 提交 2011-05-11	结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mg/ml rubredoxin in 1.9 M sodium/potassium phosphate sitting drop equilibrated against 3.8 m sodium/potassium phosphate reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.238
3RZT Neutron structure of perdeuterated rubredoxin using rapid (14 hours) data 提交 2011-05-12	结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mg/ml rubredoxin in 1.9 M sodium/potassium phosphate sitting drop equilibrated against 3.8 m sodium/potassium phosphate reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.249
3SS2 Neutron structure of perdeuterated rubredoxin using 48 hours 3rd pass data 提交 2011-07-07	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mg/ml rubredoxin in 1.9m sodium/potassium phosphate sitting drop equilibrated against 3.8 m sodium/potassium phosphate reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.242
4AR3 Near-atomic resolution neutron crystallography on the oxidised form perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin. 提交 2012-04-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 D8U deuterium(1+) × 4 D3O trideuteriooxidanium × 4	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PH 6.5	分辨率 1.05 Å R-free 0.237
4AR4 Neutron crystallographic structure of the reduced form perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin to 1.38 Angstrom resolution. 提交 2012-04-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 D8U deuterium(1+) × 2 D3O trideuteriooxidanium × 4	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；pH 6.2	分辨率 1.38 Å R-free 0.226
4AR5 X-ray crystallographic structure of the oxidised form perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin in D2O at 295K (in quartz capillary) to 1.00 Angstrom resolution. 提交 2012-04-20	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.00 Å R-free 0.119
4AR6 X-ray crystallographic structure of the reduced form perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin at 295 K (in quartz capillary) to 0.92 Angstroms resolution. 提交 2012-04-20	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；pH 6.2	分辨率 0.92 Å R-free 0.136
4K9F Neutron structure of Perdeuterated Rubredoxin refined against 1.75 resolution data collected on the new IMAGINE instrument at HFIR, ORNL 提交 2013-04-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mg/ml rubredoxin in 1.9 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE sitting drop equilibrated against 3.8 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.241
5AI2 Anomalous Neutron phased crystal structure of 113Cd-substituted Perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin to 1.75A resolution at 295K 提交 2015-02-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 1 D8U deuterium(1+) × 3	NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PH 6.5	分辨率 1.75 Å R-free 0.286
5AI3 X-ray structure of 113Cd-substituted Perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin to 1.02A resolution at 295K in a quartz capillary 提交 2015-02-11	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；3.8 M NAH2PO4, 3.8M K2HPO4 IN MORE THAN 99.7 PERCENT PURE D2O, pH 6.5	分辨率 1.02 Å R-free 0.126
5NW3 The cryofrozen atomic resolution X-ray crystal structure of perdeuterated Pyrococcus furiosus Rubredoxin (100K, 0.59A resolution) 提交 2017-05-04	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；seeded 3.4M equimolar Na/K phosphate buffer	分辨率 0.59 Å R-free 0.146
5OME The cryofrozen atomic resolution X-ray crystal structure of the reduced form (Fe2+) perdeuterated Pyrococcus furiosus Rubredoxin in D2O (100K, 0.75 Angstrom resolution) 提交 2017-07-31	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；SEEDED 3.4M EQUIMOLAR NA/K PHOSPHATE BUFFER	分辨率 0.75 Å R-free 0.121
9BKL Cobalt substituted rubredoxin from Pyrococcus furiosus solved by Co/S-SAD 提交 2024-04-29	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.8M NaH2PO4, 3.8M K2HPO4 (1:1, v/v)	分辨率 1.70 Å R-free 0.183
9BKP Crystal structure of rubredoxin from Pyrococcus furiosus reconstituted with FeCl3 solved by Fe/S-SAD 提交 2024-04-29	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M Tris pH 8.4, 2.2M ammonium sulfate, 30% MPD	分辨率 1.80 Å R-free 0.185
9BKT Crystal structure of rubredoxin from Pyrococcus furiosus reconstituted with FeSO4 solved by Fe/S-SAD 提交 2024-04-29	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	FE2 FE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M tris pH 8.4 2.2 M ammonium sulfate 30% MPD	分辨率 1.80 Å R-free 0.166
9XZU Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 100K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-27	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 0.82 Å R-free 0.148
9Y00 Zinc Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 140K, A2 Nterminus 提交 2025-08-28	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 0.83 Å R-free 0.140
9Y0Y Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 180K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-29	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 0.85 Å R-free 0.150
9Y0Z Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 200K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-29	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 0.86 Å R-free 0.149
9Y11 Zn Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 220K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-29	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 0.91 Å R-free 0.147
9Y1U Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 240K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-31	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 0.98 Å R-free 0.148
9Y28 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 260K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-31	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.01 Å R-free 0.143
9Y29 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 280K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-31	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.08 Å R-free 0.144
9Y2E Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 100K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 0.78 Å R-free 0.140
9Y2G Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 293K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.14 Å R-free 0.158
9Y2Y Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 393K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.68 Å R-free 0.243
9Y30 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 383K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.53 Å R-free 0.190
9Y32 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 373K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.47 Å R-free 0.173
9Y33 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 363K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.35 Å R-free 0.154
9Y37 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 353K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.84 Å R-free 0.253
9Y38 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 313K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0	分辨率 1.41 Å R-free 0.195

共 48 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUBR_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ryg
沉积日期 deposition_date	2011-05-11
结构标题 title	128 hours neutron structure of perdeuterated rubredoxin
关键词 keywords	Iron, metal-binding, transport, electron transport; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	NEUTRON DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	9.79 Å
零角强度 I(0) i0	552975.00
分子量 molecular_weight	7003.0 kDa
排除体积 excluded_volume	9480 Å³
包络体积 envelope_volume	9383 Å³
水化壳体积 shell_volume	7904 Å³
包络直径 envelope_diameter	31.6 Å
壳层 Rg shell_rg	15.79 Å
包络 Rg envelope_rg	10.56 Å
形状 Rg shape_rg	9.78 Å
总 Rg total_rg	12.07 Å
总原子数 total_atoms	824
残基数 n_residues	51
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	35.1 Å
Rg (实空间) rg_real	12.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5300e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1830e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	553000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9005
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.011
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.300
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	110300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.965

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Rubredoxin
分子量 formula_weight	6031.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	829

MAKWVCKICGYIYDEDAGDPDNGISPGTKFEELPDDWVCPICGAPKSEFEKLED

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	36

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3ryga_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.1 — Rubredoxin

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3rygA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	34.370 Å
晶胞边长 b length_b	35.340 Å
晶胞边长 c length_c	44.110 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	27.111 Å
R 因子 r_factor	0.1816
R_work r_work	0.1808
R_free r_free	0.1996

fit	/app/data/saxs_computation/ry/3ryg/3ryg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ry/3ryg/3ryg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ry/3ryg/3ryg.dat