SAXSdb — 3s6y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer capsid protein sigma-1

Reovirus type 3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 3 其他聚合物 2	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 2 N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SIGM1_REOVD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 40–325； UniProt 170–455 作者链 B； PDB构建体 40–325； UniProt 170–455 作者链 C； PDB构建体 40–325； UniProt 170–455

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3s6y
沉积日期 deposition_date	2011-05-26
结构标题 title	Structure of reovirus attachment protein sigma1 in complex with alpha-2,6-sialyllactose
关键词 keywords	;triple beta-spiral, beta-barrel, beta-spiral repeat, greek key motif, trimer, Viral attachment protein, sialic acid receptor Junctional adhesion molecule A, Viral capsid, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3s6y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3s6y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3s6y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	60.37 Å
Rg（电子密度）	62.01 Å
总 Rg	61.82 Å
原子数	6755
残基数	875
排除体积	119460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3s6y__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Outer capsid protein sigma-1
分子量 formula_weight	35360.8 kDa
突变 mutation	T249I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	7215

QIEDKIEEILSKIYHIENEIARIKKLIGEGSGRPVLNQGVTSAGAPLSIRNNRMTMGLNDGLTLSGNNLAIRLPGNTGLNIQNGGLQFRFNTDQFQIVNNNLTLKTTVFDSINSRIGAIEQSYVASAVTPLRLNSSTKVLDMLIDSSTLEINSSGQLTVRSTSPNLRYPIADVSGGIGMSPNYRFRQSMWIGIVSYSGSGLNWRVQVNSDIFIVDDYIHICLPAFDGFSIADGGDLSLNFVTGLLPPLLTGDTEPAFHNDVVTYGAQTVAIGLSSGGTPQYMSKNLWVEQWQDGVLRLRVEGGGSITHSNSKWPAMTVSYPRSFT

来源 Source

来源生物 organism	Reovirus type 3
通用名 common_name	Mammalian orthoreovirus 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10886
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	633.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	429

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3s6yC01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3s6yC02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3380 —

结构域编号 domain_id	3s6yC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — reovirus attachment protein sigma1; domain 1

结构域编号 domain_id	3s6yC04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Virus attachment protein , globular domain

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晶胞边长 a length_a	87.150 Å
晶胞边长 b length_b	333.180 Å
晶胞边长 c length_c	58.490 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.790 Å
最低分辨率 resolution_low	48.058 Å
R 因子 r_factor	0.1610
R_work r_work	0.1584
R_free r_free	0.2082

Structure of reovirus attachment protein sigma1 in complex with alpha-2,6-sialyllactose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer capsid protein sigma-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3s6y__assembly_1__model_1

3s6y__assembly_1__model_1 | I(q)

3s6y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of reovirus attachment protein sigma1 in complex with alpha-2,6-sialyllactose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer capsid protein sigma-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3s6y__assembly_1__model_1

3s6y__assembly_1__model_1 | I(q)

3s6y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)