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3s98

human IFNAR1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interferon alpha/beta receptor 1

Homo sapiens

UniProt P17181

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 30–332 片段：UNP Residues 30-332 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：298 K；20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.90 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3S98 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3SE3 human IFNa2-IFNAR ternary complex 提交 2011-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 28–436（409 aa） 片段：IFNa2(YNS) (UNP Residues 28-436)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；15% (w/v) PEG 3350, 100 mM Na malonate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 4.00 Å R-free 0.311
3SE4 human IFNw-IFNAR ternary complex 提交 2011-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 28–436（409 aa） 片段：IFNw (UNP Residues 28-436)
突变：N101Q NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；19% (w/v) PEG 3350, 100 mM Ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.50 Å R-free 0.288
4PO6 Crystal structure of the human TYK2 FERM and SH2 domains with an IFNAR1 intracellular peptide 提交 2014-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 478–507（30 aa） 片段：unp residues 475-507
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；293 K；0.1 M Tris HCl pH 7.0, 0.2 M MgCl2, and 8-12% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.99 Å R-free 0.234
8Y31 The crystal structure of the QX006N-Fab/IFNAR1-SD123 complex 提交 2024-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–333（333 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION；289 K；8%(w/v) PEG3350 50 mM Na-Citrate pH 5.5, 100 mM (NH4)2Citrate, 250 mM NaCl, 5 mM Hexadecyltrimethylammonium Bromide
分辨率 2.68 Å R-free 0.239
8Y31 The crystal structure of the QX006N-Fab/IFNAR1-SD123 complex 提交 2024-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–333（333 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION；289 K；8%(w/v) PEG3350 50 mM Na-Citrate pH 5.5, 100 mM (NH4)2Citrate, 250 mM NaCl, 5 mM Hexadecyltrimethylammonium Bromide
分辨率 2.68 Å R-free 0.239

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IFNAR1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–306； UniProt 30–332

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3s98

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3s98
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3s98
沉积日期 deposition_date2011-06-01
结构标题 titlehuman IFNAR1
关键词 keywords;human, type I interferons, receptor chain, IFNAR1, fibronectin type III, type I interferon receptor chain, extracellular space, SIGNALING PROTEIN RECEPTOR ;; SIGNALING PROTEIN RECEPTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.85 Å
零角强度 I(0) i015833800.00
分子量 molecular_weight30780.0 kDa
排除体积 excluded_volume38635 ų
包络体积 envelope_volume49257 ų
水化壳体积 shell_volume17679 ų
包络直径 envelope_diameter94.0 Å
壳层 Rg shell_rg30.31 Å
包络 Rg envelope_rg26.67 Å
形状 Rg shape_rg26.82 Å
总 Rg total_rg27.41 Å
总原子数 total_atoms2166
残基数 n_residues267
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.6 Å
Rg (实空间) rg_real28.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5740e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9770e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15830000.0000
解质量估计 total_estimate0.6008
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary19.9 Å
偏度 Skewness skewness0.495
峰度 Kurtosis kurtosis-0.599
角度范围 angular_range— – 0.2900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha6.5660
最高正则化参数 α highest_alpha2625000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.807; Stabil: 0.934; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.521; Smooth: 0.072
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3s98A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3s98A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3s98A03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)