8y31

The crystal structure of the QX006N-Fab/IFNAR1-SD123 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 110.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y31
沉积日期 deposition_date	2024-01-28
最后修订 last_revision	2024-12-04
结构标题 title	The crystal structure of the QX006N-Fab/IFNAR1-SD123 complex
关键词 keywords	IFNAR1, QX006N, the QX006N-Fab-IFNAR1-SD123 complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.72 Å
零角强度 I(0) i0	215418000.00
分子量 molecular_weight	117250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	146460 Å³
包络体积 envelope_volume	196390 Å³
水化壳体积 shell_volume	48168 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.98 Å
包络 Rg envelope_rg	33.11 Å
形状 Rg shape_rg	33.71 Å
总 Rg total_rg	34.32 Å
总原子数 total_atoms	8262
残基数 n_residues	1076
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.5 Å
Rg (实空间) rg_real	34.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	215400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6720
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.235
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.398
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	26430000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.038; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.897

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	QX006N-Fab-LC
分子量 formula_weight	23200.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8330

AIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCQASQSISNQLSWYQQKPGKAPKLLIYDASSLASGVPSRFSGSRSGTKFTLTISSLQPEDFATYYCLGIYGDGADDGIAFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTQGTTSVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	QX006N-Fab-HC
分子量 formula_weight	24517.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFSLSSYYMTWVRQAPGKGLEWVSVINVYGGTYYASWAKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAREDVAVYMAIDLWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Interferon alpha/beta receptor 1
分子量 formula_weight	39767.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MMVVLLGATTLVLVAVAPWVLSAAAGGKNLKSPQKVEVDIIDDNFILRWNRSDESVGNVTFSFDYQKTGMDNWIKLSGCQNITSTKCNFSSLKLNVYEEIKLRIRAEKENTSSWYEVDSFTPFRKAQIGPPEVHLEAEDKAIVIHISPGTKDSVMWALDGLSFTYSLVIWKNSSGVEERIENIYSRHKIYKLSPETTYCLKVKAALLTSWKIGVYSPVHCIKTTVENELPPPENIEVSVQNQNYVLKWDYTYANMTFQVQWLHAFLKRNPGNHLYKWKQIPDCENVKTTQCVFPQNVFQKGIYLLRVQASDGNNTSFWSEEIKFDTEIQAFLLEVLFQGPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	68

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.155 Å
晶胞边长 b length_b	121.031 Å
晶胞边长 c length_c	79.738 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.680 Å
最低分辨率 resolution_low	46.890 Å
R 因子 r_factor	0.1965
R_work r_work	0.1944
R_free r_free	0.2392

fit	/app/data/saxs_computation/y3/8y31/8y31.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y3/8y31/8y31.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y3/8y31/8y31.dat

The crystal structure of the QX006N-Fab/IFNAR1-SD123 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)