3se4

human IFNw-IFNAR ternary complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interferon alpha/beta receptor 1

Homo sapiens

UniProt P17181

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 28–436 片段:IFNw (UNP Residues 28-436) 突变:N101Q Interferon omega-1 × 1 (P05000) Interferon alpha/beta receptor 2 × 1 (P48551) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;293 K;19% (w/v) PEG 3350, 100 mM Ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.50 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INAR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–414; UniProt 28–436

Interferon omega-1

Homo sapiens

UniProt P05000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 22–195 片段:UNP Residues 22-195 Interferon alpha/beta receptor 1 × 1 (P17181) Interferon alpha/beta receptor 2 × 1 (P48551) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;293 K;19% (w/v) PEG 3350, 100 mM Ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.50 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IFNW1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–177; UniProt 22–195

Interferon alpha/beta receptor 2

Homo sapiens

UniProt P48551

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 34–232 片段:UNP Residues 34-232 Interferon alpha/beta receptor 1 × 1 (P17181) Interferon omega-1 × 1 (P05000) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;293 K;19% (w/v) PEG 3350, 100 mM Ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.50 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INAR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–199; UniProt 34–232

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3se4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3se4
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3se4
沉积日期 deposition_date2011-06-10
结构标题 titlehuman IFNw-IFNAR ternary complex
关键词 keywordsType I interferon signaling complex, extracellular space, IMMUNE SYSTEM RECEPTOR; IMMUNE SYSTEM RECEPTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.33
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.80
零角强度 I(0) i072860700.00
分子量 molecular_weight67752.0 kDa
排除体积 excluded_volume84850 ų
包络体积 envelope_volume112260 ų
水化壳体积 shell_volume32255 ų
包络直径 envelope_diameter114.9
壳层 Rg shell_rg35.65
包络 Rg envelope_rg30.89
形状 Rg shape_rg30.80
总 Rg total_rg31.25
总原子数 total_atoms4784
残基数 n_residues618
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.9
Rg (实空间) rg_real31.35
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.81
I(0) (实空间) i0_real7.2860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.35
I(0) (倒空间) i0_reciprocal72860000.0000
解质量估计 total_estimate0.8875
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.6
偏度 Skewness skewness0.295
峰度 Kurtosis kurtosis-0.499
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9587000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.903; Smooth: 0.986

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3se4A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3se4A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3se4A03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3se4B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id3se4C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3se4C02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)