SAXSdb — 3sqv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

secreted effector protein

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 × 1 （P68036） SULFATE ION × 6 GLYCEROL × 3 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 × 1 （P68036） SULFATE ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 × 2 （P68036） SULFATE ION × 9 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8X5G6_ECO57
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–616； UniProt 170–782 作者链 B； PDB构建体 4–616； UniProt 170–782

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3

Homo sapiens

UniProt P68036

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	secreted effector protein × 1 （Q8X5G6） SULFATE ION × 6 GLYCEROL × 3 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	secreted effector protein × 1 （Q8X5G6） SULFATE ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	secreted effector protein × 2 （Q8X5G6） SULFATE ION × 9 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UB2L3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–156； UniProt 1–154 作者链 D； PDB构建体 3–156； UniProt 1–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3sqv
沉积日期 deposition_date	2011-07-06
结构标题 title	Crystal Structure of E. coli O157:H7 E3 ubiquitin ligase, NleL, with a human E2, UbcH7
关键词 keywords	;effector protein, pentapeptide, HECT domain, HECT E3 ubiquitin ligase, E2 ubiquitin conjugating enzyme, protein-protein complex, ubiquitin transfer, ubiquitin, ubiquitination, LIGASE-SIGNALING PROTEIN complex ;; LIGASE/SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3sqv__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3sqv__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3sqv__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.56 Å
Rg（电子密度）	39.96 Å
总 Rg	39.99 Å
原子数	10973
残基数	1511
排除体积	191100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3sqv__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3sqv__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3sqv__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	secreted effector protein
分子量 formula_weight	69700.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.19
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10987

SNASQGRACLSKAELTADLIWLSANRTGEESAEELNYSGCDLSGLSLVGLNLSSVNFSGAVLDDTDLRMSDLSQAVLENCSFKNSILNECNFCYANLSNCIIRALFENSNFSNSNLKNASFKGSSYIQYPPILNEADLTGAIIIPGMVLSGAILGDVKELFSEKSNTINLGGCYIDLSDIQENILSVLDNYTKSNKSILLTMNTSDDKYNHDKVRAAEELIKKISLDELAAFRPYVKMSLADSFSIHPYLNNANIQQWLEPICDDFFDTIMSWFNNSIMMYMENGSLLQAGMYFERHPGAMVSYNSSFIQIVMNGSRRDGMQERFRELYEVYLKNEKVYPVTQQSDFGLCDGSGKPDWDDDSDLAYNWVLLSSQDDGMAMMCSLSHMVDMLSPNTSTNWMSFFLYKDGEVQNTFGYSLSNLFSESFPIFSIPYHKAFSQNFVSGILDILISDNELKERFIEALNSNKSDYKMIADDQQRKLACVWNPFLDGWELNAQHVDMIMGSHVLKDMPLRKQAEILFCLGGVFCKYSSSDMFGTEYDSPEILRRYANGLIEQAYKTDPQVFGSVYYYNDILDRLQGRNNVFTCTAVLTDMLTEHAKESFPEIFSLYYPVAWR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83334
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3
分子量 formula_weight	18033.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.19
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GSMAASRRLMKELEEIRKCGMKNFRNIQVDEANLLTWQGLIVPDNPPYDKGAFRIEINFPAEYPFKPPKITFKTKIYHPNIDEKGQVCLPVISAENWKPATKTDQVIQSLIALVNDPQPEHPLRADLAEEYSKDRKKFCKNAEEFTKKYGEKRPVD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	3sqvA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — E3 ubiquitin-protein ligase SopA

结构域编号 domain_id	3sqvA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — Putative secreted effector protein

结构域编号 domain_id	3sqvA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1850 — HECT-like ubiquitin ligase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HECT-like ubiquitin ligase

结构域编号 domain_id	3sqvA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	4140 — effector protein (NleL) fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — effector protein (NleL)

结构域编号 domain_id	3sqvB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — E3 ubiquitin-protein ligase SopA

结构域编号 domain_id	3sqvB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — Putative secreted effector protein

结构域编号 domain_id	3sqvB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1850 — HECT-like ubiquitin ligase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HECT-like ubiquitin ligase

结构域编号 domain_id	3sqvB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	4140 — effector protein (NleL) fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — effector protein (NleL)

结构域编号 domain_id	3sqvC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3sqvD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

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晶胞边长 a length_a	302.313 Å
晶胞边长 b length_b	72.012 Å
晶胞边长 c length_c	125.669 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.22 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	48.080 Å
R 因子 r_factor	0.2677
R_work r_work	0.2662
R_free r_free	0.2977

Crystal Structure of E. coli O157:H7 E3 ubiquitin ligase, NleL, with a human E2, UbcH7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

secreted effector protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3sqv__assembly_3__model_1

3sqv__assembly_3__model_1 | I(q)

3sqv__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of E. coli O157:H7 E3 ubiquitin ligase, NleL, with a human E2, UbcH7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

secreted effector protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3sqv__assembly_3__model_1

3sqv__assembly_3__model_1 | I(q)

3sqv__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)