3t13

Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS A69G at cryogenic temperature

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thermonuclease

Staphylococcus aureus

UniProt P00644

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 83–231 片段:Nuclease A (UNP residues 83-231) 突变:G50F/V51N/A69G/P117G/H124L/S128A/Del44-49 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;41% MPD, 25 mM potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.80 Å R-free 0.199
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 83–231 片段:Nuclease A (UNP residues 83-231) 突变:G50F/V51N/A69G/P117G/H124L/S128A/Del44-49 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;41% MPD, 25 mM potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.80 Å R-free 0.199

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 298 个其他 PDB 条目、309 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUC_STAAU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–143; UniProt 83–231 作者链 B; PDB构建体 1–143; UniProt 83–231

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3t13

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3t13
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3t13
沉积日期 deposition_date2011-07-21
结构标题 titleCrystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS A69G at cryogenic temperature
关键词 keywordsStaphylococcal nuclease, hyperstable variant, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.75
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.11
零角强度 I(0) i015289300.00
分子量 molecular_weight30283.0 kDa
排除体积 excluded_volume38322 ų
包络体积 envelope_volume45265 ų
水化壳体积 shell_volume18583 ų
包络直径 envelope_diameter71.4
壳层 Rg shell_rg26.74
包络 Rg envelope_rg21.14
形状 Rg shape_rg21.11
总 Rg total_rg21.90
总原子数 total_atoms2122
残基数 n_residues259
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.7
Rg (实空间) rg_real21.78
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47
I(0) (实空间) i0_real1.5290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.78
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15290000.0000
解质量估计 total_estimate0.8861
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.1
偏度 Skewness skewness0.323
峰度 Kurtosis kurtosis-0.589
角度范围 angular_range— – 0.3650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3857000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.924; Smooth: 0.953

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3t13a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.1 — Staphylococcal nuclease
家族 Family familyb.40.1.1 — Staphylococcal nuclease
结构域编号 domain_idd3t13b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.1 — Staphylococcal nuclease
家族 Family familyb.40.1.1 — Staphylococcal nuclease

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3t13A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90
结构域编号 domain_id3t13B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)