8k2r

The structure of HtpG M domain in complex with unstructured D131D binding site b

Method: SOLUTION NMR D_max: 64.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8k2r
沉积日期 deposition_date	2023-07-13
结构标题 title	The structure of HtpG M domain in complex with unstructured D131D binding site b
关键词 keywords	E.coli Hsp90, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	SOLUTION NMR

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.60 Å
零角强度 I(0) i0	8378660000.00
分子量 molecular_weight	784670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	983840 Å³
包络体积 envelope_volume	194360 Å³
水化壳体积 shell_volume	47231 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.4 Å
壳层 Rg shell_rg	39.92 Å
包络 Rg envelope_rg	37.02 Å
形状 Rg shape_rg	24.59 Å
总 Rg total_rg	24.86 Å
总原子数 total_atoms	110260
残基数 n_residues	6720
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.0 Å
Rg (实空间) rg_real	22.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9000e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8378000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6833
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.367
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.452
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.6010
最高正则化参数 α highest_alpha	7901000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.005; Oscil: 0.976; Stabil: 0.986; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Molecular chaperone HtpG (Fragment)
分子量 formula_weight	31353.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	110260

GHMAQALWTRNKSEITDEEYKEFYKHIAHDFNDPLTWSHNRVEGKQEYTSLLYIPSQAPWDMWNRDHKHGLKLYVQRVFIMDDAEQFMPNYLRFVRGLIDSSDLPLNVSREILQDSTVTRNLRNALTKRVLQMLEKLAKDDAEKYQTFWQQFGLVLKEGPAEDFANQEAIAKLLRFASTHTDSSAQTVSLEDYVSRMKEGQEKIYYITADSYAAAKSSPHLELLRKKGIEVLLLSDRIDEWMMNYLTEFDGKPFQSVSKVDESLEKLA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Disordered protein(D131D)
分子量 formula_weight	8795.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

LEHMKKIEVEFDKGQRTDKYGRGLAYIYADGKMVNEALVRQGLAKVAYVYKPNNTHEQHLRKSEAQAKKEKLNIW

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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fit	/app/data/saxs_computation/k2/8k2r/8k2r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k2/8k2r/8k2r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k2/8k2r/8k2r.dat

The structure of HtpG M domain in complex with unstructured D131D binding site b

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)