3teh

Crystal structure of Thermus thermophilus Phenylalanyl-tRNA synthetase complexed with L-dopa

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha chain

物种未注明

UniProt P27001

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain × 2 (P27002) 3,4-DIHYDROXYPHENYLALANINE × 4 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SYFA_THETH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–350; UniProt 1–350

Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain

物种未注明

UniProt P27002

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha chain × 2 (P27001) 3,4-DIHYDROXYPHENYLALANINE × 4 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SYFB_THETH
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–785; UniProt 1–785

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3teh
沉积日期 deposition_date2011-08-14
结构标题 titleCrystal structure of Thermus thermophilus Phenylalanyl-tRNA synthetase complexed with L-dopa
关键词 keywordsaaRS, L-dopa, tRNA, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3teh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3teh__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3teh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)48.31 Å
Rg(电子密度)48.32 Å
总 Rg48.53 Å
原子数16556
残基数2102
排除体积295640 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3teh__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd3teha_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamilyd.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family familyd.104.1.1 — Class II aminoacyl-tRNA synthetase (aaRS)-like, catalytic domain
结构域编号 domain_idd3tehb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family familya.6.1.1 — Domains B1 and B5 of PheRS-beta, PheT
结构域编号 domain_idd3tehb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.4 — Myf domain
结构域编号 domain_idd3tehb3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.153 — PheT/TilS domain
超家族 Superfamily superfamilyb.153.1 — PheT/TilS domain
家族 Family familyb.153.1.1 — B3/B4 domain of PheRS, PheT
结构域编号 domain_idd3tehb4
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family familya.6.1.1 — Domains B1 and B5 of PheRS-beta, PheT
结构域编号 domain_idd3tehb5
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamilyd.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family familyd.104.1.1 — Class II aminoacyl-tRNA synthetase (aaRS)-like, catalytic domain
结构域编号 domain_idd3tehb6
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.13 — Anticodon-binding domain of PheRS
家族 Family familyd.58.13.1 — Anticodon-binding domain of PheRS

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id3tehA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2
结构域编号 domain_id3tehB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology56 — Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id3tehB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id3tehB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3
结构域编号 domain_id3tehB04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology56 — Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id3tehB05
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2
结构域编号 domain_id3tehB06
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily380 — Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain
▶

7. 引用文献 (1)