3u23

Atomic resolution crystal structure of the 2nd SH3 domain from human CD2AP (CMS) in complex with a proline-rich peptide from human RIN3

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 41.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CD2-associated protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 109–168	片段：unp residues 109-168	Ras and Rab interactor 3 × 1 （Q8TB24） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 1.4 M tri-sodium citrate dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.11 Å R-free 0.167

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3U23	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FEI Solution structure of the second SH3 domain of Human CMS protein 提交 2005-12-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–166（56 aa）片段：The second SH3 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.85；295 K；压力 1 NMR样品组成 1.0-2.0mM 15N, 13C-labeled CMS SH3 domain, 20mM phosphate buffer (pH 6.85), 50mM sodium chloride, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0-2.0mM 15N, 13C-labeled CMS SH3 domain, 20mM phosphate buffer (pH 6.85), 50mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2J6F N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) BOUND TO CBL-B PEPTIDE 提交 2006-09-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–62（62 aa）片段：SH3, RESIDUES 1-62	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；20% PEG3000, 0.1M ACETATE PH 5.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.218
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–62（62 aa）片段：SH3, RESIDUES 1-62	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL	分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 1–62（62 aa）片段：SH3, RESIDUES 1-62	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL	分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 K 1–62（62 aa）片段：SH3, RESIDUES 1-62	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL	分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 L 1–62（62 aa）片段：SH3, RESIDUES 1-62	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL	分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–62（62 aa）片段：SH3, RESIDUES 1-62	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL	分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–62（62 aa）片段：SH3, RESIDUES 1-62	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL	分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–62（62 aa）片段：SH3, RESIDUES 1-62	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL	分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–62（62 aa）片段：SH3, RESIDUES 1-62	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL	分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–62（62 aa）片段：SH3, RESIDUES 1-62	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL	分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1–62（62 aa）片段：SH3, RESIDUES 1-62	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL	分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 1–62（62 aa）片段：SH3, RESIDUES 1-62	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL	分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 1–62（62 aa）片段：SH3, RESIDUES 1-62	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL	分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6O ATYPICAL POLYPROLINE RECOGNITION BY THE CMS N-TERMINAL SH3 DOMAIN. CMS:CD2 HETEROTRIMER 提交 2006-10-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–62（62 aa）片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 1-62	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；20% PEG3000, 0.1M ACETATE PH 5.5	分辨率 2.23 Å R-free 0.286
2J7I ATYPICAL POLYPROLINE RECOGNITION BY THE CMS N-TERMINAL SH3 DOMAIN. CMS:CD2 HETERODIMER 提交 2006-10-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–62（62 aa）片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 1-62	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；30% PEG8000, 0.2M NACL, 0.1M TRIS-HCL PH 8.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.295
2J7I ATYPICAL POLYPROLINE RECOGNITION BY THE CMS N-TERMINAL SH3 DOMAIN. CMS:CD2 HETERODIMER 提交 2006-10-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–62（62 aa）片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 1-62	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；30% PEG8000, 0.2M NACL, 0.1M TRIS-HCL PH 8.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.295
3AA6 Crystal structure of Actin capping protein in complex with the Cp-binding motif derived from CD2AP 提交 2009-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 485–507（23 aa）片段：recidues 485-507	未记录	BA BARIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；10% PEG 400, 20MM BACL2, 100MM MES-NAOH, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.238
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 475–503（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 3 475–503（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 6 475–503（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 9 475–503（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 475–503（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 475–503（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 475–503（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 O 475–503（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 475–503（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 U 475–503（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 475–503（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 0 475–503（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.272
4WCI Crystal structure of the 1st SH3 domain from human CD2AP (CMS) in complex with a proline-rich peptide (aa 378-393) from human RIN3 提交 2014-09-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–60（60 aa）片段：UNP residues 1-60	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Ca(ac) pH 4.2, 0.2 M Li2SO4 and 25% PEG 10 000	分辨率 1.65 Å R-free 0.219
4WCI Crystal structure of the 1st SH3 domain from human CD2AP (CMS) in complex with a proline-rich peptide (aa 378-393) from human RIN3 提交 2014-09-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–60（60 aa）片段：UNP residues 1-60	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Ca(ac) pH 4.2, 0.2 M Li2SO4 and 25% PEG 10 000	分辨率 1.65 Å R-free 0.219
4WCI Crystal structure of the 1st SH3 domain from human CD2AP (CMS) in complex with a proline-rich peptide (aa 378-393) from human RIN3 提交 2014-09-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–60（60 aa）片段：UNP residues 1-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Ca(ac) pH 4.2, 0.2 M Li2SO4 and 25% PEG 10 000	分辨率 1.65 Å R-free 0.219
4X1V Crystal structure of the 2nd SH3 domain from human CD2AP (CMS) in complex with a proline-rich peptide (aa 76-91) from human ARAP1 提交 2014-11-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 109–168（60 aa）片段：UNP residues 109-168	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 1.4 M tri-sodium citrate dehydrate	分辨率 1.58 Å R-free 0.200
7DS6 Crystal structure of actin capping protein in complex with twinflin-1/CD2AP CPI chimera peptide (TWN-CDC) 提交 2020-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 496–507（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；5% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) ethanol, 50mM Tris-HCl (pH = 7.0)	分辨率 1.69 Å R-free 0.253
7DS8 Crystal structure of actin capping protein in complex with twinflin-1/CD2AP CPI chimera peptide (CDN-TWC) 提交 2020-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 485–493（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；4% (w/v) PEG 3350, 50mM Tris-HCl (pH = 7.0)	分辨率 1.95 Å R-free 0.233

共 11 个其他 PDB 条目、36 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD2AP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–65； UniProt 109–168

Ras and Rab interactor 3

物种未注明

UniProt Q8TB24

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 452–467	片段：unp residues 452-467 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CD2-associated protein × 1 （Q9Y5K6） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 1.4 M tri-sodium citrate dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.11 Å R-free 0.167

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3U23	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4WCI Crystal structure of the 1st SH3 domain from human CD2AP (CMS) in complex with a proline-rich peptide (aa 378-393) from human RIN3 提交 2014-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 378–393（16 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Ca(ac) pH 4.2, 0.2 M Li2SO4 and 25% PEG 10 000	分辨率 1.65 Å R-free 0.219
4WCI Crystal structure of the 1st SH3 domain from human CD2AP (CMS) in complex with a proline-rich peptide (aa 378-393) from human RIN3 提交 2014-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 378–393（16 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Ca(ac) pH 4.2, 0.2 M Li2SO4 and 25% PEG 10 000	分辨率 1.65 Å R-free 0.219
4WCI Crystal structure of the 1st SH3 domain from human CD2AP (CMS) in complex with a proline-rich peptide (aa 378-393) from human RIN3 提交 2014-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 378–393（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Ca(ac) pH 4.2, 0.2 M Li2SO4 and 25% PEG 10 000	分辨率 1.65 Å R-free 0.219

共 1 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIN3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–16； UniProt 452–467

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3u23
沉积日期 deposition_date	2011-09-30
结构标题 title	Atomic resolution crystal structure of the 2nd SH3 domain from human CD2AP (CMS) in complex with a proline-rich peptide from human RIN3
关键词 keywords	Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, Beta-barrel, Adaptor protein, Protein binding; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.17 Å
零角强度 I(0) i0	1382830.00
分子量 molecular_weight	8006.0 kDa
排除体积 excluded_volume	10116 Å³
包络体积 envelope_volume	11265 Å³
水化壳体积 shell_volume	8677 Å³
包络直径 envelope_diameter	39.3 Å
壳层 Rg shell_rg	16.79 Å
包络 Rg envelope_rg	11.67 Å
形状 Rg shape_rg	11.13 Å
总 Rg total_rg	12.82 Å
总原子数 total_atoms	566
残基数 n_residues	69
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	41.5 Å
Rg (实空间) rg_real	12.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3830e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3750e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1383000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8737
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.177
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.240
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	599000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.791; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.984

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CD2-associated protein
分子量 formula_weight	7444.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	687

GPLGSKKRQCKVLFEYIPQNEDELELKVGDIIDINEEVEEGWWSGTLNNKLGLFPSNFVKELEVT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ras and Rab interactor 3
分子量 formula_weight	1803.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

TAKQPPVPPPRKKRISX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	86

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3u23A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.130 Å
晶胞边长 b length_b	32.040 Å
晶胞边长 c length_c	39.180 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.110 Å
最低分辨率 resolution_low	27.430 Å
R 因子 r_factor	0.1515
R_work r_work	0.1507
R_free r_free	0.1666

fit	/app/data/saxs_computation/u2/3u23/3u23.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u2/3u23/3u23.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u2/3u23/3u23.dat

Atomic resolution crystal structure of the 2nd SH3 domain from human CD2AP (CMS) in complex with a proline-rich peptide from human RIN3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CD2-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ras and Rab interactor 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)