SAXSdb — 3u43

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Colicin-E2 immunity protein

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–86	未记录	Colicin-E2 × 1 （P04419） ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M MMT, 27% PEG1500, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.72 Å R-free 0.203
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–86	未记录	Colicin-E2 × 1 （P04419） ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M MMT, 27% PEG1500, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.72 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3U43	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NO8 NMR Structure analysis of the colicin immuntiy protein IM2 提交 2006-10-25	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K；压力 1 NMR样品组成 50mM phosphate buffer NA, 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2WPT The crystal structure of Im2 in complex with colicin E9 DNase 提交 2009-08-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：YES	GOL GLYCEROL × 2 NO3 NITRATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 1.78 Å R-free 0.223

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IMM2_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86

Colicin-E2

Escherichia coli

UniProt P04419

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 449–581	片段：DNase domain (UNP residues 449-581)	Colicin-E2 immunity protein × 1 （P04482） ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M MMT, 27% PEG1500, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.72 Å R-free 0.203
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 449–581	片段：DNase domain (UNP residues 449-581)	Colicin-E2 immunity protein × 1 （P04482） ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M MMT, 27% PEG1500, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.72 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3U43	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2YSU Structure of the complex between BtuB and Colicin E2 receptor binding domain 提交 2007-04-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 313–447（135 aa）片段：R-DOMAIN(RESIDUES 313-447)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å R-free 0.315

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEA2_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–134； UniProt 449–581

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3u43
沉积日期 deposition_date	2011-10-07
结构标题 title	Crystal structure of the colicin E2 DNase-Im2 complex
关键词 keywords	protein-protein complex, DNase, high affinity, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.31 Å
零角强度 I(0) i0	13152900.00
分子量 molecular_weight	25888.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31880 Å³
包络体积 envelope_volume	39087 Å³
水化壳体积 shell_volume	17193 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.1 Å
壳层 Rg shell_rg	25.25 Å
包络 Rg envelope_rg	21.24 Å
形状 Rg shape_rg	20.34 Å
总 Rg total_rg	20.91 Å
总原子数 total_atoms	1825
残基数 n_residues	224
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.7 Å
Rg (实空间) rg_real	21.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13150000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7470
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.720
峰度 Kurtosis kurtosis	0.399
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2394000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.396; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.521; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Colicin-E2 immunity protein
分子量 formula_weight	11082.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2206

MELKHSISDYTEAEFLEFVKKICRAEGATEEDDNKLVREFERLTEHPDGSDLIYYPRDDREDSPEGIVKEIKEWRAANGKSGFKQGLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Colicin-E2
分子量 formula_weight	15367.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MESKRNKPGKATGKGKPVGDKWLDDAGKDSGAPIPDRIADKLRDKEFKNFDDFRKKFWEEVSKDPDLSKQFKGSNKTNIQKGKAPFARKKDQVGGRERFELHHDKPISQDGGVYDMNNIRVTTPKRHIDIHRGK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	319

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3u43a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.2 — Colicin E immunity proteins
家族 Family family	a.28.2.1 — Colicin E immunity proteins

结构域编号 domain_id	d3u43a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3u43b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family family	d.4.1.1 — HNH-motif

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3u43A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Colicin E immunity protein

结构域编号 domain_id	3u43B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	540 — Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Colicin/pyocin, DNase domain

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	121.814 Å
晶胞边长 b length_b	53.277 Å
晶胞边长 c length_c	32.785 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.720 Å
最低分辨率 resolution_low	48.810 Å
R 因子 r_factor	0.1638
R_work r_work	0.1616
R_free r_free	0.2025

fit	/app/data/saxs_computation/u4/3u43/3u43.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u4/3u43/3u43.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u4/3u43/3u43.dat

Crystal structure of the colicin E2 DNase-Im2 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Colicin-E2 immunity protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Colicin-E2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)