3u5o

Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-22)K9me3K14acK18ac histone peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Histone H3.1 × 1 （P68431） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Histone H3.1 × 1 （P68431） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Histone H3.1 × 1 （P68431） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Histone H3.1 × 1 （P68431） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Histone H3.1 × 1 （P68431） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Histone H3.1 × 1 （P68431） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Histone H3.1 × 1 （P68431） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Histone H3.1 × 1 （P68431） ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRI33_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–207； UniProt 882–1087 作者链 B； PDB构建体 2–207； UniProt 882–1087 作者链 C； PDB构建体 2–207； UniProt 882–1087 作者链 D； PDB构建体 2–207； UniProt 882–1087 作者链 E； PDB构建体 2–207； UniProt 882–1087 作者链 F； PDB构建体 2–207； UniProt 882–1087 作者链 G； PDB构建体 2–207； UniProt 882–1087 作者链 H； PDB构建体 2–207； UniProt 882–1087

Histone H3.1

物种未注明

UniProt P68431

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33 × 1 （Q9UPN9） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33 × 1 （Q9UPN9） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33 × 1 （Q9UPN9） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33 × 1 （Q9UPN9） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33 × 1 （Q9UPN9） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33 × 1 （Q9UPN9） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33 × 1 （Q9UPN9） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33 × 1 （Q9UPN9） ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H31_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–22； UniProt 2–23 作者链 J； PDB构建体 1–22； UniProt 2–23 作者链 K； PDB构建体 1–22； UniProt 2–23 作者链 L； PDB构建体 1–22； UniProt 2–23 作者链 M； PDB构建体 1–22； UniProt 2–23 作者链 N； PDB构建体 1–22； UniProt 2–23 作者链 O； PDB构建体 1–22； UniProt 2–23 作者链 P； PDB构建体 1–22； UniProt 2–23

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3u5o
沉积日期 deposition_date	2011-10-11
结构标题 title	Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-22)K9me3K14acK18ac histone peptide
关键词 keywords	TRIM33, PHD, Bromodomain, TGF-beta, epigenetics, histone, methylation, K9me3, K14ac, K18ac, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3u5o__assembly_7__model_1

Assembly 7 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3u5o__assembly_7__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3u5o__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.95 Å
Rg（电子密度）	18.04 Å
总 Rg	18.95 Å
原子数	1671
残基数	204
排除体积	29884 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3u5o__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3u5o__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3u5o__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3u5o__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3u5o__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3u5o__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`3u5o__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`3u5o__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33
分子量 formula_weight	23830.3 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	13522

SDDDPNEDWCAVCQNGGDLLCCEKCPKVFHLTCHVPTLLSFPSGDWICTFCRDIGKPEVEYDCDNLQHSKKGKTAQGLSPVDQRKCERLLLYLYCHELSIEFQEPVPASIPNYYKIIKKPMDLSTVKKKLQKKHSQHYQIPDDFVADVRLIFKNCERFNEMMKVVQVYADTQEINLKADSEVAQAGKAVALYFEDKLTEIYSDRTFA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	2486.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,M,N,O,P

ARTKQTARKSTGGKAPRKQLAT

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3u5oA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	3u5oA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	3u5oB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	3u5oB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	3u5oC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	3u5oC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	3u5oD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	3u5oD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	3u5oE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	3u5oE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	3u5oF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	3u5oF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	3u5oG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	3u5oG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	3u5oH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	3u5oH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

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晶胞边长 a length_a	63.639 Å
晶胞边长 b length_b	63.650 Å
晶胞边长 c length_c	125.195 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.05 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.93 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	28.470 Å
R 因子 r_factor	0.2075
R_work r_work	0.2046
R_free r_free	0.2797

Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-22)K9me3K14acK18ac histone peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H3.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3u5o__assembly_7__model_1

3u5o__assembly_7__model_1 | I(q)

3u5o__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-22)K9me3K14acK18ac histone peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3u5o__assembly_7__model_1

3u5o__assembly_7__model_1 | I(q)

3u5o__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)