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3u73

Crystal structure of stabilized human uPAR mutant in complex with ATF

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Urokinase plasminogen activator surface receptor

Homo sapiens

UniProt Q03405

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 U； UniProt 23–305 未记录 Urokinase-type plasminogen activator × 1 （P00749） alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；0.2M NaCl, 100mM HEPES, pH7.4, 1.8 M ammonium sulfate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295.0K 分辨率 3.19 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3U73 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2FD6 Structure of Human Urokinase Plasminogen Activator in Complex with Urokinase Receptor and an anti-upar antibody at 1.9 A 提交 2005-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 U 23–297（275 aa） 片段：residues 23-297
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 ETX 2-ETHOXYETHANOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6.5；298 K；4% PEG4000, 5% ethylene glycol, 5% methanol, 0.05% sodium azide, 50 mM cacodylate, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.276
2FD6 Structure of Human Urokinase Plasminogen Activator in Complex with Urokinase Receptor and an anti-upar antibody at 1.9 A 提交 2005-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 U 23–297（275 aa） 片段：residues 23-297
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 ETX 2-ETHOXYETHANOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6.5；298 K；4% PEG4000, 5% ethylene glycol, 5% methanol, 0.05% sodium azide, 50 mM cacodylate, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.276
2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 23–299（277 aa） 片段：UPAR, residues 23-299
突变：N162Q, N172Q, N200Q, N233Q SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 23–299（277 aa） 片段：UPAR, residues 23-299
突变：N162Q, N172Q, N200Q, N233Q SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 23–299（277 aa） 片段：UPAR, residues 23-299
突变：N162Q, N172Q, N200Q, N233Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 23–299（277 aa） 片段：UPAR, residues 23-299
突变：N162Q, N172Q, N200Q, N233Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
3BT1 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 U 23–303（281 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；12% PEG 3350, 50mM HEPES pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K
分辨率 2.80 Å R-free 0.308
3BT2 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 U 23–303（281 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；8% PEG 4000, 2.5% ethanol, 0.05% sodium azide, 50mM cacodylate pH 6.5, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.272
3BT2 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 U 23–303（281 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；8% PEG 4000, 2.5% ethanol, 0.05% sodium azide, 50mM cacodylate pH 6.5, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.272
3U74 Crystal structure of stabilized human uPAR mutant 提交 2011-10-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 23–305（283 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 2% (w/v) PEG400, 2 M ammonium sulfate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295.0K
分辨率 2.39 Å R-free 0.252
4K24 Structure of anti-uPAR Fab ATN-658 in complex with uPAR 提交 2013-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 U 23–303（281 aa） 片段：UNP residues 23-303
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1M HEPES pH 7.5, 55%(v/v) Tacsimate, 2%(v/v) 2-methyl-1,3-propanediol, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
分辨率 4.50 Å R-free 0.275
4QTI Crystal structure of human uPAR in complex with anti-uPAR Fab 8B12 提交 2014-07-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 U 23–305（283 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；48% MPD, 100mM Tris, 100mM NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.296
7E17 Structure of dimeric uPAR 提交 2021-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–299（277 aa）
链 B 23–299（277 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；1.8-2.2 M ammonium sulphate in 50 mM sodium acetate at pH 4.5oC5.2
分辨率 2.96 Å R-free 0.299
7V63 Structure of dimeric uPAR at low pH 提交 2021-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–299（277 aa）
链 B 23–299（277 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；1.8-2.2 M ammonium sulphate in 50 mM sodium acetate at pH 4.5-5.2
分辨率 2.91 Å R-free 0.273
9YC5 Human uPAR bound to the Fab fragment of targeted cancer therapeutic antibody FL1 提交 2025-09-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–305（283 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20mM Tris, 150mM NaCl, 2.5% Glycerol, 1mM EDTA, pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
9YC6 Mutant human uPAR bound to the Fab fragment of the targeted cancer therapeutic antibody FL1 提交 2025-09-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 U 23–305（283 aa）
突变：H47C, N259C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20mM Tris, 150mM NaCl, 2.5% Glycerol, 1mM EDTA, pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å

共 11 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 UPAR_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 U； PDB构建体 1–283； UniProt 23–305

Urokinase-type plasminogen activator

Homo sapiens

UniProt P00749

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 21–152 未记录 Urokinase plasminogen activator surface receptor × 1 （Q03405） alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；0.2M NaCl, 100mM HEPES, pH7.4, 1.8 M ammonium sulfate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295.0K 分辨率 3.19 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3U73 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1C5W STRUCTURAL BASIS FOR SELECTIVITY OF A SMALL MOLECULE, S1-BINDING, SUB-MICROMOLAR INHIBITOR OF UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 1999-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 FLC CITRATE ANION × 3 ESI 4-IODOBENZO[B]THIOPHENE-2-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；LMW human uPA/A145 was concentrated to 10 mg/ml and incubated in 50 mM HEPES, 5.0 mM NaCl. pH 7.0, 1.4 mM 4-iodobenzo[b]thiophene-2-carboxamidine for 15 min on ice. The complex was crystallized by vapor diffusion in hanging drops containing equal volumes of protein-inhibitor solution (0.28 mM uPA/A145, 1.4 mM inhibitor) and well solution (20 % 2-propanol, 20 % PEG 4K, 100 mM sodium citrate, pH 6.5) sealed over the well.
分辨率 1.94 Å R-free 0.211
1C5X STRUCTURAL BASIS FOR SELECTIVITY OF A SMALL MOLECULE, S1-BINDING, SUB-MICROMOLAR INHIBITOR OF UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 1999-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 FLC CITRATE ANION × 3 ESI 4-IODOBENZO[B]THIOPHENE-2-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；LMW human uPA/A145 was concentrated to 10 mg/ml and incubated in 50 mM HEPES, 5.0 mM NaCl. pH 7.4, 1.4 mM 4-iodobenzo[b]thiophene-2-carboxamidine for 15 min on ice. The complex was crystallized by vapor diffusion in hanging drops containing equal volumes of protein-inhibitor solution (0.28 mM uPA/A145, 1.4 mM inhibitor) and well solution (20 % 2-propanol, 20 % PEG 4K, 100 mM sodium citrate, pH 6.5) sealed over the well.
分辨率 1.75 Å R-free 0.244
1C5Y STRUCTURAL BASIS FOR SELECTIVITY OF A SMALL MOLECULE, S1-BINDING, SUB-MICROMOLAR INHIBITOR OF UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 1999-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 FLC CITRATE ANION × 3 ESP THIENO[2,3-B]PYRIDINE-2-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；LMW human uPA/A145 was concentrated to 10 mg/ml and incubated in 50 mM HEPES, 5.0 mM NaCl. pH 7.0, 5.0 mM thieno[2,3-b]pyridine-2-carboxamidine for 15 min on ice. The complex was crystallized by vapor diffusion in hanging drops containing equal volumes of protein-inhibitor solution (0.28 mM uPA/A145, 1.4 mM inhibitor and well solution (20 % 2-propanol, 20 % PEG 4K, 100 mM sodium citrate, pH 6.5) sealed over the well.
分辨率 1.65 Å R-free 0.246
1C5Z STRUCTURAL BASIS FOR SELECTIVITY OF A SMALL MOLECULE, S1-BINDING, SUB-MICROMOLAR INHIBITOR OF UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 1999-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 FLC CITRATE ANION × 3 BEN BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；LMW human uPA/A145 was concentrated to 10 mg/ml and incubated in 50 mM HEPES, 5.0 mM NaCl. pH 7.0, 5.0 mM benzamidne for 15 min on ice. The complex was crystallized by vapor diffusion in hanging drops containing equal volumes of protein-inhibitor solution (0.28 mM uPA/A145, 1.4 mM inhibitor) and well solution (20 % 2-propanol, 20 % PEG 4K, 100 mM sodium citrate, pH 6.5) sealed over the well.
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
1EJN UROKINASE PLASMINOGEN ACTIVATOR B-CHAIN INHIBITOR COMPLEX 提交 2000-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 159–411（253 aa） 片段：B CHAIN
突变：C279S SO4 SULFATE ION × 1 AGB N-(1-ADAMANTYL)-N'-(4-GUANIDINOBENZYL)UREA × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；298 K；pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.240
1F5L UROKINASE PLASMINOGEN ACTIVATOR B-CHAIN-AMILORIDE COMPLEX 提交 2000-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 159–411（253 aa） 片段：B CHAIN
突变：C279S SO4 SULFATE ION × 2 AMR 3,5-DIAMINO-N-(AMINOIMINOMETHYL)-6-CHLOROPYRAZINECARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；298 K；pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.250
1F92 UROKINASE PLASMINOGEN ACTIVATOR B CHAIN-UKI-1D COMPLEX 提交 2000-07-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 159–411（253 aa） 片段：B CHAIN
突变：C279S SO4 SULFATE ION × 2 UKP [2,4,6-TRIISOPROPYL-PHENYLSULFONYL-L-[3-AMIDINO-PHENYLALANINYL]]-N'-BETA-ALANINYL-PIPERAZINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；298 K；pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.248
1FV9 Crystal structure of human microurokinase in complex with 2-amino-5-hydroxy-benzimidazole 提交 2000-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：B CHAIN (16-243)
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 1 172 2-AMINO-5-HYDROXY-BENZIMIDAZOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.15M LiSo4, 20% PEG 4000, succinate buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K
分辨率 3.00 Å
1GI7 A NOVEL SERINE PROTEASE INHIBITION MOTIF INVOLVING A MULTI-CENTERED SHORT HYDROGEN BONDING NETWORK AT THE ACTIVE SITE 提交 2001-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–423（245 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
突变：N145A 120 2-(2-OXO-1,2-DIHYDRO-PYRIDIN-3-YL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
分辨率 1.79 Å R-free 0.220
1GI8 A NOVEL SERINE PROTEASE INHIBITION MOTIF INVOLVING A MULTI-CENTERED SHORT HYDROGEN BONDING NETWORK AT THE ACTIVE SITE 提交 2001-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–423（245 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
突变：N145A CIT CITRIC ACID × 2 BMZ 2-(2-HYDROXY-PHENYL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
分辨率 1.75 Å R-free 0.254
1GI9 A NOVEL SERINE PROTEASE INHIBITION MOTIF INVOLVING A MULTI-CENTERED SHORT HYDROGEN BONDING NETWORK AT THE ACTIVE SITE 提交 2001-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–423（245 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
突变：N145A 123 2-(2-HYDROXY-5-METHOXY-PHENYL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
分辨率 1.80 Å R-free 0.238
1GJ7 ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS 提交 2001-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
突变：N145A CIT CITRIC ACID × 2 132 6-CHLORO-2-(2-HYDROXY-BIPHENYL-3-YL)-1H-INDOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
分辨率 1.50 Å R-free 0.230
1GJ8 ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS 提交 2001-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
突变：N145A CIT CITRIC ACID × 2 133 6-FLUORO-2-(2-HYDROXY-3-ISOBUTOXY-PHENYL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
分辨率 1.64 Å R-free 0.221
1GJ9 ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS 提交 2001-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
突变：N145A CIT CITRIC ACID × 2 134 6-FLUORO-2-[2-HYDROXY-3-(2-METHYL-CYCLOHEXYLOXY)-PHENYL]-1H-INDOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1GJA ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS 提交 2001-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
突变：N145A CIT CITRIC ACID × 2 135 N-(4-CARBAMIMIDOYL-PHENYL)-2-HYDROXY-BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
分辨率 1.56 Å R-free 0.209
1GJB ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS 提交 2001-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
突变：N145A CIT CITRIC ACID × 2 130 2-(2-HYDROXY-BIPHENYL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
分辨率 1.90 Å R-free 0.259
1GJC ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS 提交 2001-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
突变：N145A CIT CITRIC ACID × 2 130 2-(2-HYDROXY-BIPHENYL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
分辨率 1.73 Å R-free 0.242
1GJD ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS 提交 2001-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
突变：N145A CIT CITRIC ACID × 2 136 N-(4-CARBAMIMIDOYL-3-CHORO-PHENYL)-2-HYDROXY-3-IODO-5-METHYL-BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
分辨率 1.75 Å R-free 0.189
1KDU SEQUENTIAL 1H NMR ASSIGNMENTS AND SECONDARY STRUCTURE OF THE KRINGLE DOMAIN FROM UROKINASE 提交 1993-07-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 69–153（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1LMW LMW U-PA Structure complexed with EGRCMK (GLU-GLY-ARG Chloromethyl Ketone) 提交 1995-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa）
链 B 179–431（253 aa）
未记录 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1LMW LMW U-PA Structure complexed with EGRCMK (GLU-GLY-ARG Chloromethyl Ketone) 提交 1995-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 156–178（23 aa）
链 D 179–431（253 aa）
未记录 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1O3P Elaborate Manifold of Short Hydrogen Bond Arrays Mediating Binding of Active Site-Directed Serine Protease Inhibitors 提交 2003-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
突变：N145A CIT CITRIC ACID × 2 655 2-{5-[AMINO(IMINIO)METHYL]-1H-BENZIMIDAZOL-2-YL}-6-(CYCLOPENTYLOXY)BENZENOLATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
分辨率 1.81 Å R-free 0.249
1O5A Dissecting and Designing Inhibitor Selectivity Determinants at the S1 site Using an Artificial Ala190 Protease (Ala190 uPA) 提交 2003-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
突变：N145A/S190A 696 3-{5-[AMINO(IMINIO)METHYL]-1H-INDOL-2-YL}-1,1'-BIPHENYL-2-OLATE × 1 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.5, pH 6.50
分辨率 1.68 Å R-free 0.245
1O5B Dissecting and Designing Inhibitor Selectivity Determinants at the S1 site Using an Artificial Ala190 Protease (Ala190 uPA) 提交 2003-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
突变：N145A/S190A ESI 4-IODOBENZO[B]THIOPHENE-2-CARBOXAMIDINE × 1 CIT CITRIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.5, pH 6.50
分辨率 1.85 Å R-free 0.240
1O5C Dissecting and Designing Inhibitor Selectivity Determinants at the S1 site Using an Artificial Ala190 Protease (Ala190 uPA) 提交 2003-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–178（23 aa） 片段：SHORT CHAIN
链 B 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
突变：N145A/S190A CR9 2-{5-[AMINO(IMINIO)METHYL]-6-FLUORO-1H-BENZIMIDAZOL-2-YL}-6-[(2-METHYLCYCLOHEXYL)OXY]BENZENOLATE × 1 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.5, pH 6.50
分辨率 1.63 Å R-free 0.219
1OWD Substituted 2-Naphthamidine inhibitors of urokinase 提交 2003-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：residues 179-423
未记录 497 6-[AMINO(IMINO)METHYL]-N-[(4R)-4-ETHYL-1,2,3,4-TETRAHYDROISOQUINOLIN-6-YL]-2-NAPHTHAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.32 Å R-free 0.313
1OWE Substituted 2-Naphthamidine inhibitors of urokinase 提交 2003-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：residues 179-423
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 675 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-PHENYL-2-NAPHTHAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å R-free 0.236
1OWH Substituted 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase 提交 2003-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：residues 179-423
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 239 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-[4-(AMINOMETHYL)PHENYL]-2-NAPHTHAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.61 Å R-free 0.265
1OWI Substituted 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase 提交 2003-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：residues 179-423
未记录 426 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-[3-(CYCLOPENTYLOXY)PHENYL]-2-NAPHTHAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.93 Å R-free 0.349
1OWJ Substituted 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase 提交 2003-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：residues 179-423
未记录 155 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-(1-ISOPROPYL-3,4-DIHYDROISOQUINOLIN-7-YL)-2-NAPHTHAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.10 Å R-free 0.344
1OWK Substituted 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase 提交 2003-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：residues 179-423
未记录 303 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-(1-ISOPROPYL-1,2,3,4-TETRAHYDROISOQUINOLIN-7-YL)-2-NAPHTHAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.236
1SC8 Urokinase Plasminogen Activator B-Chain-J435 Complex 提交 2004-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 164–425（262 aa） 片段：B Chain
突变：C122S SO4 SULFATE ION × 2 2IN N-(BENZYLSULFONYL)SERYL-N~1~-{4-[AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}GLYCINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；277 K；sodium citrate, ammonium sulfate, litium sulfate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.240
1SQA Substituted 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase 提交 2004-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–423（245 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 UI1 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-[4-(AMINOMETHYL)PHENYL]-4-(PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-2-NAPHTHAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.266
1SQO Substituted 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase 提交 2004-03-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–423（245 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 UI2 8-(PYRIMIDIN-2-YLAMINO)NAPHTHALENE-2-CARBOXIMIDAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.84 Å R-free 0.284
1SQT Substituted 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase 提交 2004-03-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–423（245 aa）
未记录 UI3 7-METHOXY-8-[1-(METHYLSULFONYL)-1H-PYRAZOL-4-YL]NAPHTHALENE-2-CARBOXIMIDAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.236
1U6Q Substituted 2-Naphthamadine inhibitors of Urokinase 提交 2004-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：Residues 179-423
未记录 745 TRANS-6-(2-PHENYLCYCLOPROPYL)-NAPHTHALENE-2-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.02 Å R-free 0.290
1URK SOLUTION STRUCTURE OF THE AMINO TERMINAL FRAGMENT OF UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 1994-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–155（130 aa）
未记录 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1VJ9 Urokinase Plasminogen Activator B-Chain-JT464 Complex 提交 2004-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 164–425（262 aa） 片段：B Chain
突变：C122S SO4 SULFATE ION × 2 5IN N-(BENZYLSULFONYL)-L-SERYL-N~1~-{4-[AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}-O-BENZYL-L-SERINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；277 K；sodium citrate, ammonium sulfate, lithium sulfate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.247
1VJA Urokinase Plasminogen Activator B-Chain-JT463 Complex 提交 2004-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 164–425（262 aa） 片段：B Chain
突变：C122S SO4 SULFATE ION × 2 7IN N-(BENZYLSULFONYL)SERYL-N~1~-{4-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}SERINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；277 K；sodium citrate, ammonium sulfate, lithium sulfate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.232
1W0Z Urokinase type plasminogen activator 提交 2004-06-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：RESIDUES 179-425
未记录 SI1 N-(BUTYLSULFONYL)-D-SERYL-N-{4-[AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}-L-ALANINAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K
分辨率 1.90 Å R-free 0.221
1W10 Urokinase type plasminogen activator 提交 2004-06-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：RESIDUES 179-425
未记录 SJ1 N-(ISOBUTOXYCARBONYL)-D-SERYL-N-((1S)-4-{[AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}-1-FORMYLBUTYL)-L-ALANINAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K
分辨率 2.00 Å
1W11 UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 2004-06-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：RESIDUES 179-425
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 SK1 N-(BENZYLSULFONYL)-D-SERYL-N-{4-[AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}-L-ALANINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.249
1W12 UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 2004-06-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：RESIDUES 179-425
未记录 SL1 N-((1S)-4-{[AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}-1-FORMYLBUTYL)-2-{(3R)-3-[(BENZYLSULFONYL)AMINO]-2-OXO-5-PHENYL-2,3-DIHYDRO-1H-1,4-BENZODIAZEPIN-1-YL}ACETAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.261
1W13 UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 2004-06-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：RESIDUES 179-425
未记录 SM1 N-(BENZYLSULFONYL)-D-SERYL-N-(4-{[AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}BENZYL)-L-ALANINAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.230
1W14 UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 2004-06-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：RESIDUES 179-425
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 SH1 N-[(2-PHENYLETHYL)SULFONYL]-D-SERYL-N-[(1S)-4-[(DIAMINOMETHYLENE)AMINO]-1-(HYDROXYMETHYL)BUTYL]-L-ALANINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.253
2FD6 Structure of Human Urokinase Plasminogen Activator in Complex with Urokinase Receptor and an anti-upar antibody at 1.9 A 提交 2005-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–152（122 aa） 片段：Amino terminal residues 31-152
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 ETX 2-ETHOXYETHANOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6.5；298 K；4% PEG4000, 5% ethylene glycol, 5% methanol, 0.05% sodium azide, 50 mM cacodylate, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.276
2FD6 Structure of Human Urokinase Plasminogen Activator in Complex with Urokinase Receptor and an anti-upar antibody at 1.9 A 提交 2005-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–152（122 aa） 片段：Amino terminal residues 31-152
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 ETX 2-ETHOXYETHANOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6.5；298 K；4% PEG4000, 5% ethylene glycol, 5% methanol, 0.05% sodium azide, 50 mM cacodylate, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.276
2I9A Crystal structure of the free aminoterminal fragment of urokinase type plasminogen activator (ATF) 提交 2006-09-05 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–163（143 aa） 片段：N-terminal fragment of urokinase, residues 21-163
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；293 K；1.2 M sodium dihydrogen phosphate, 0.8 M potassium hydrogen phosphate, 200 mM lithium sulfate, 100 mM CHES, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.208
2I9A Crystal structure of the free aminoterminal fragment of urokinase type plasminogen activator (ATF) 提交 2006-09-05 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 21–163（143 aa） 片段：N-terminal fragment of urokinase, residues 21-163
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；293 K；1.2 M sodium dihydrogen phosphate, 0.8 M potassium hydrogen phosphate, 200 mM lithium sulfate, 100 mM CHES, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.208
2I9A Crystal structure of the free aminoterminal fragment of urokinase type plasminogen activator (ATF) 提交 2006-09-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 21–163（143 aa） 片段：N-terminal fragment of urokinase, residues 21-163
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；293 K；1.2 M sodium dihydrogen phosphate, 0.8 M potassium hydrogen phosphate, 200 mM lithium sulfate, 100 mM CHES, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.208
2I9A Crystal structure of the free aminoterminal fragment of urokinase type plasminogen activator (ATF) 提交 2006-09-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 21–163（143 aa） 片段：N-terminal fragment of urokinase, residues 21-163
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；293 K；1.2 M sodium dihydrogen phosphate, 0.8 M potassium hydrogen phosphate, 200 mM lithium sulfate, 100 mM CHES, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.208
2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 21–163（143 aa） 片段：ATF, residues 21-163
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 21–163（143 aa） 片段：ATF, residues 21-163
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 21–163（143 aa） 片段：ATF, residues 21-163
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 21–163（143 aa） 片段：ATF, residues 21-163
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2VIN Fragment-Based Discovery of Mexiletine Derivatives as Orally Bioavailable Inhibitors of Urokinase-Type Plasminogen Activator 提交 2007-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 179-431
突变：YES ACT ACETATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 505 (2R)-1-(2,6-dimethylphenoxy)propan-2-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 22-24% PEG4000, 0.17M (NH4)2SO4, 15% GLYCEROL, 0.1M NA(CH3COO) PH=4.0; THEN SOAKED IN 0.05M COMPOUND, 27.5% PEG4000, 0.2M HEPES PH=6.6, 0.1M (NH4)(CH3COO)
分辨率 1.90 Å R-free 0.235
2VIO Fragment-Based Discovery of Mexiletine Derivatives as Orally Bioavailable Inhibitors of Urokinase-Type Plasminogen Activator 提交 2007-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 179-431
突变：YES ACT ACETATE ION × 1 L1O 4-(2-aminoethoxy)-3,5-dichlorobenzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 22-24% PEG4000, 0.17M (NH4)2SO4, 15% GLYCEROL, 0.1M NA(CH3COO) PH=4.0; THEN SOAKED IN 0.05M COMPOUND, 28% PEG4000, 0.29M HEPES PH=6.6, 5% GLYCEROL
分辨率 1.80 Å R-free 0.250
2VIP Fragment-Based Discovery of Mexiletine Derivatives as Orally Bioavailable Inhibitors of Urokinase-Type Plasminogen Activator 提交 2007-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 179-431
突变：YES ACT ACETATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 L1R 4-(2-AMINOETHOXY)-3,5-DICHLORO-N-[3-(1-METHYLETHOXY)PHENYL]BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 22-24% PEG4000, 0.17M (NH4)2SO4, 15% GLYCEROL, 0.1M NA(CH3COO) PH=4.0; THEN SOAKED IN 0.01M COMPOUND, 28% PEG4000, 0.29M HEPES PH=6.6, 5% GLYCEROL, 0.001M NA(CH3COO), 0.001M (NH4)2SO4, 10% DMSO
分辨率 1.72 Å R-free 0.237
2VIQ Fragment-Based Discovery of Mexiletine Derivatives as Orally Bioavailable Inhibitors of Urokinase-Type Plasminogen Activator 提交 2007-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 179-431
突变：YES ACT ACETATE ION × 1 D55 4-(2-aminoethoxy)-N-(2,5-diethoxyphenyl)-3,5-dimethylbenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 22-24% PEG4000, 0.17M (NH4)2SO4, 15% GLYCEROL, 0.1M NA(CH3COO) PH=4.0; THEN SOAKED IN 0.04M COMPOUND, 28% PEG4000, 5% GLYCEROL, 0.29M BISTRIS PH=6.6, 0.001M NA(CH3COO), 0.001M (NH4)2SO4
分辨率 2.00 Å R-free 0.264
2VIV Fragment-Based Discovery of Mexiletine Derivatives as Orally Bioavailable Inhibitors of Urokinase-Type Plasminogen Activator 提交 2007-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 179-431
突变：YES ACT ACETATE ION × 1 VG2 4-(2-aminoethoxy)-N-(3-chloro-5-piperidin-1-ylphenyl)-3,5-dimethylbenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 22-24% PEG4000, 0.17M (NH4)2SO4, 15% GLYCEROL, 0.1M NA(CH3COO) PH=4.0; THEN SOAKED IN 0.04M COMPOUND, 28% PEG4000, 5% GLYCEROL, 0.29M BISTRIS PH=6.6, 0.001M NA(CH3COO), 0.001M (NH4)2SO4
分辨率 1.72 Å R-free 0.238
2VIW Fragment-Based Discovery of Mexiletine Derivatives as Orally Bioavailable Inhibitors of Urokinase-Type Plasminogen Activator 提交 2007-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–431（253 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 179-431
突变：YES ACT ACETATE ION × 1 D56 4-(2-aminoethoxy)-N-(3-chloro-2-ethoxy-5-piperidin-1-ylphenyl)-3,5-dimethylbenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 22-24% PEG4000, 0.17M (NH4)2SO4, 15% GLYCEROL, 0.1M NA(CH3COO) PH=4.0; THEN SOAKED IN 0.001M COMPOUND, 28% PEG4000, 5% GLYCEROL, 0.29M BISTRIS PH=6.6, 0.001M NA(CH3COO), 0.001M (NH4)2SO4
分辨率 2.05 Å R-free 0.260
2VNT Urokinase-Type Plasminogen Activator Inhibitor Complex with a 1-(7- SULPHOAMIDOISOQUINOLINYL)GUANIDINE 提交 2008-02-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 156–431（276 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431
未记录 QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.295
2VNT Urokinase-Type Plasminogen Activator Inhibitor Complex with a 1-(7- SULPHOAMIDOISOQUINOLINYL)GUANIDINE 提交 2008-02-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 156–431（276 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431
未记录 QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.295
2VNT Urokinase-Type Plasminogen Activator Inhibitor Complex with a 1-(7- SULPHOAMIDOISOQUINOLINYL)GUANIDINE 提交 2008-02-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 156–431（276 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431
未记录 QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.295
2VNT Urokinase-Type Plasminogen Activator Inhibitor Complex with a 1-(7- SULPHOAMIDOISOQUINOLINYL)GUANIDINE 提交 2008-02-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 156–431（276 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431
未记录 QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.295
2VNT Urokinase-Type Plasminogen Activator Inhibitor Complex with a 1-(7- SULPHOAMIDOISOQUINOLINYL)GUANIDINE 提交 2008-02-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 156–431（276 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431
未记录 QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.295
2VNT Urokinase-Type Plasminogen Activator Inhibitor Complex with a 1-(7- SULPHOAMIDOISOQUINOLINYL)GUANIDINE 提交 2008-02-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 156–431（276 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431
未记录 QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.295
3BT1 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 21–153（133 aa） 片段：urokinase amino terminal fragment, Urokinase-type plasminogen activator long chain A, UNP residues 21-153
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；12% PEG 3350, 50mM HEPES pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K
分辨率 2.80 Å R-free 0.308
3BT2 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 21–153（133 aa） 片段：urokinase amino terminal fragment, Urokinase-type plasminogen activator long chain A, UNP residues 21-153
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；8% PEG 4000, 2.5% ethanol, 0.05% sodium azide, 50mM cacodylate pH 6.5, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.272
3BT2 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 21–153（133 aa） 片段：urokinase amino terminal fragment, Urokinase-type plasminogen activator long chain A, UNP residues 21-153
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；8% PEG 4000, 2.5% ethanol, 0.05% sodium azide, 50mM cacodylate pH 6.5, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.272
3KGP Crystal Structures of Urokinase-type Plasminogen Activator in Complex with 4-(Aminomethyl) Benzoic Acid and 4-(Aminomethyl-phenyl)-methanol 提交 2009-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–431（253 aa） 片段：C-terminal domain, UNP residues 179-431
突变：C122A, N145Q 4AZ 4-(aminomethyl)benzoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.05M sodium citrate, 1.95M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, 5% PEG 400, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.274
3KHV Crystal Structures of Urokinase-type Plasminogen Activator in Complex with 4-(Aminomethyl) Benzoic Acid and 4-(Aminomethyl-phenyl)-methanol 提交 2009-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–431（253 aa） 片段：C-terminal domain, UNP residues 179-431
突变：C122A, N145Q 4AL [4-(aminomethyl)phenyl]methanol × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.05M sodium citrate, 1.95M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, 5% PEG 400, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.293
3KID The Crystal Structures of 2-Aminobenzothiazole-based Inhibitors in Complexes with Urokinase-type Plasminogen Activator 提交 2009-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–431（253 aa） 片段：C-terminal domain, UNP residues 179-431
突变：C122A, N145Q 2BS ethyl 2-amino-1,3-benzothiazole-6-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.05M sodium citrate, 1.95M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, 5% PEG 400, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.71 Å R-free 0.275
3M61 Crystal structure of complex of urokinase and a upain-1 variant(W3A) in pH4.6 condition 提交 2010-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–431（253 aa） 片段：C-terminal domain, UNP residues 179-431
突变：C122A, N145Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate pH 4.60, 5% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.68 Å R-free 0.243
3MHW The complex crystal Structure of Urokianse and 2-Aminobenzothiazole 提交 2010-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：C-terminal domain, UNP residues 179-425
突变：C122S SO4 SULFATE ION × 1 ABV 1,3-benzothiazol-2-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.05M sodium citrate, 1.95M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, 5% PEG 400, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.45 Å R-free 0.234
3MWI The complex crystal Structure of Urokianse and 5-nitro-1H-indole-2-amidine 提交 2010-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–424（246 aa） 片段：C-terminal domain, UNP residues 179-424
突变：C122A B25 5-nitro-1H-indole-2-carboximidamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.05M sodium citrate, 1.95M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, 5% PEG 400, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.03 Å R-free 0.297
3OX7 The crystal structure of uPA complex with peptide inhibitor MH027 at pH4.6 提交 2010-09-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–431（253 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 179-431
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.05M SODIUM CITRATE, 1.95M (NH4)2SO4, 0.05% NAN3, 5% PEG 400, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.58 Å R-free 0.230
3OY5 The crystal structure of uPA complex with peptide inhibitor MH027 at pH7.4 提交 2010-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–431（253 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 179-431
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；298 K；100mM Tris-Hcl, 2.0M (NH4)2SO4, 0.05% NAN3, 5% PEG 400, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.31 Å R-free 0.231
3OY6 The crystal structure of uPA complex with peptide inhibitor MH036 at pH4.6 提交 2010-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–431（253 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 179-431
突变：C122A, N145Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；298 K；0.05M SODIUM CITRATE, 1.95M (NH4)2SO4, 0.05% NAN3, 5% PEG 400, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.31 Å R-free 0.263
3QN7 Potent and selective bicyclic peptide inhibitor (UK18) of human urokinase-type plasminogen activator(uPA) 提交 2011-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 179–431（253 aa） 片段：Catalytic domain, Urokinase-type plasminogen activator chain B
突变：C122A, N145Q ZBR 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.3；293 K；2M ammonium sulfate, 0.05M sodium citrate, 5%(v/v) PEG 400, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.252
4DVA The crystal structure of human urokinase-type plasminogen activator catalytic domain 提交 2012-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–424（246 aa） 片段：catalytic domain
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 2 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, 5% PEG400, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.94 Å R-free 0.244
4DW2 The crystal structure of uPA in complex with the Fab fragment of mAb-112 提交 2012-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 U 179–424（246 aa） 片段：catalytic domain, UNP RESIDUES 179-424
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；25% (w/v) PEG 2000 MME, 100mM Tris-HCl (pH 8.0), 0.21M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.97 Å R-free 0.300
4FU7 Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–424（246 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 1UP 2-[(7-carbamimidoyl-2-methoxynaphthalen-1-yl)oxy]acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.223
4FU8 Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–424（246 aa）
未记录 2UP naphthalene-2-carboximidamide × 1 ACT ACETATE ION × 2 SIN SUCCINIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.20 Å R-free 0.239
4FU9 Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–424（246 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 SIN SUCCINIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 6 ACT ACETATE ION × 2 675 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-PHENYL-2-NAPHTHAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291 - 298.0K
分辨率 1.60 Å R-free 0.182
4FUB Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–424（246 aa）
未记录 4UP 6-[(2S,3S)-3-phenyloxiran-2-yl]naphthalene-2-carboximidamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 6 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 1 ACT ACETATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.187
4FUC Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–424（246 aa）
未记录 239 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-[4-(AMINOMETHYL)PHENYL]-2-NAPHTHAMIDE × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.72 Å R-free 0.187
4FUD Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–424（246 aa）
未记录 6UP 8-aminonaphthalene-2-carboximidamide × 1 SIN SUCCINIC ACID × 3 SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.220
4FUE Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–424（246 aa）
未记录 7UP 6-(1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-6-ylethynyl)naphthalene-2-carboximidamide × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.190
4FUF Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–424（246 aa）
未记录 8UP 8-(3-bromopropoxy)-7-methoxynaphthalene-2-carboximidamide × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 4 ACT ACETATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.202
4FUG Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–424（246 aa）
未记录 9UP methyl (7-carbamimidoylnaphthalen-1-yl)carbamate × 1 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.80 Å R-free 0.203
4FUH Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–424（246 aa）
未记录 1U2 6-[(phenylcarbamoyl)amino]naphthalene-2-carboximidamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.60 Å R-free 0.183
4FUI Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–424（246 aa）
未记录 UI3 7-METHOXY-8-[1-(METHYLSULFONYL)-1H-PYRAZOL-4-YL]NAPHTHALENE-2-CARBOXIMIDAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 4 NA SODIUM ION × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.209
4FUJ Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–424（246 aa）
未记录 1U9 6-{(E)-2-[3-(2-hydroxyethyl)phenyl]ethenyl}naphthalene-2-carboximidamide × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291 - 298.0K
分辨率 2.05 Å R-free 0.205
4GLY Human urokinase-type plasminogen activator uPA in complex with the two-disulfide bridge peptide UK504 提交 2012-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1.8M Ammonium sulfate, 5% PEG400, 0.05% Sodium azide, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.52 Å R-free 0.204
4H42 Synthesis of a Weak Basic uPA Inhibitor and Crystal Structure of Complex with uPA 提交 2012-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–426（248 aa） 片段：human urokinase-type plasminogen activator catalytic domain
突变：C122A, N145Q 11E N-[(2-amino-1,3-benzothiazol-6-yl)carbonyl]glycine × 1 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 50 mM sodium citrate pH 4.6 and 5% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.01 Å R-free 0.285
4JK5 Human urokinase-type Plasminogen Activator (uPA) in complex with a bicyclic peptide inhibitor (UK18-D-Ser) 提交 2013-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：Catalytic domain
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 ZBR 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；293 K；50mM Na3(cit) pH 4.9, 5% v/v PEG400, 1.8M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.55 Å R-free 0.213
4JK6 Human urokinase-type Plasminogen Activator (uPA) in complex with a bicyclic peptide inhibitor (UK18-D-Aba) 提交 2013-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：Catalytic domain
突变：C299A, N322Q SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 ZBR 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；293 K；50mM Na3(cit) pH 4.9, 5% v/v PEG400, 1.8M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.205
4K24 Structure of anti-uPAR Fab ATN-658 in complex with uPAR 提交 2013-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 21–153（133 aa） 片段：UNP residues 21-153
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1M HEPES pH 7.5, 55%(v/v) Tacsimate, 2%(v/v) 2-methyl-1,3-propanediol, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
分辨率 4.50 Å R-free 0.275
4MNV Crystal structure of bicyclic peptide UK729 bound as an acyl-enzyme intermediate to urokinase-type plasminogen activator (uPA) 提交 2013-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 ZBR 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.25；291 K；21% PEG4000, 16% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.80 Å R-free 0.216
4MNW Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK749 提交 2013-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ACT ACETATE ION × 1 ZBR 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；22% PEG4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.49 Å R-free 0.171
4MNX Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK811 提交 2013-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 29N 1,1',1''-(1,3,5-triazinane-1,3,5-triyl)tripropan-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；22% PEG4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.85 Å R-free 0.227
4MNY Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK903 提交 2013-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 29O N,N',N''-benzene-1,3,5-triyltris(2-bromoacetamide) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.25；291 K；20% PEG4000, 16% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.70 Å R-free 0.215
4MNY Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK903 提交 2013-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 179–423（245 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 29O N,N',N''-benzene-1,3,5-triyltris(2-bromoacetamide) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.25；291 K；20% PEG4000, 16% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.70 Å R-free 0.215
4OS1 Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK601 (bicyclic 1) 提交 2014-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；21% PEG4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.227
4OS2 Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK602 (bicyclic 1) 提交 2014-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；21% PEG4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.79 Å R-free 0.207
4OS4 Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK603 (bicyclic 1) 提交 2014-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；21% PEG4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.214
4OS5 Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK603 (bicyclic 2) 提交 2014-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；21% PEG4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.26 Å R-free 0.200
4OS6 Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK604 (bicyclic 2) 提交 2014-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；21% PEG4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.75 Å R-free 0.186
4OS7 Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK607 (bicyclic) 提交 2014-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 179–423（245 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；21% PEG4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.198
4X0W The crystal structure of mupain-1-17 in complex with murinised human uPA 提交 2014-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：UNP RESIDUES 179-425
突变：H99Y, C122A, N145Q MRZ piperidine-1-carboximidamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 50 mM sodium citrate pH 4.6, 5% PEG 400
分辨率 2.10 Å R-free 0.272
4X1N The crystal structure of mupain-1-16 in complex with murinised human uPA at pH7.4 提交 2014-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：UNP RESIDUES 179-425
突变：C299A, H272Y, N322Q MRZ piperidine-1-carboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate pH 4.6, 5% PEG 400
分辨率 1.80 Å R-free 0.276
4X1P The crystal structure of mupain-1-17 in complex with murinised human uPA at pH4.6 提交 2014-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：catalytic domain (UNP RESIDUES 179-425)
突变：H99Y, C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 MRZ piperidine-1-carboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate pH 4.6, 5% PEG400
分辨率 1.60 Å R-free 0.211
4X1Q The crystal structure of mupain-1 in complex with murinised human uPA at pH7.4 提交 2014-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：catalytic domain (UNP RESIDUES 179-425)
突变：H99Y, C122A, N145Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate pH 4.6, 5% PEG 400
分辨率 2.28 Å R-free 0.287
4X1R The crystal structure of mupain-1-12 in complex with murinised human uPA at pH7.4 提交 2014-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：catalytic domain (UNP RESIDUES 179-425)
突变：H99Y, C122A, N145Q PL0 1-phenylguanidine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate pH 4.6, 5% PEG 400
分辨率 2.10 Å R-free 0.273
4X1S The crystal structure of mupain-1-16-D9A in complex with murinised human uPA at pH7.4 提交 2014-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：catalytic domain (UNP RESIDUES 179-425)
突变：H99Y, C122A, N145Q MRZ piperidine-1-carboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate pH 4.6, 5% PEG 400
分辨率 1.90 Å R-free 0.249
4XSK Structure of PAItrap, an uPA mutant 提交 2015-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–424（246 aa） 片段：UNP RESIDUES 162-407
突变：G37R, C122A, N145Q, S195A, R217L SO4 SULFATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.2 M ammonium sulfate, 5% PEG 400, 50 mM sodium citrate (pH 4.6)
分辨率 1.50 Å R-free 0.209
4ZHL The crystal structure of mupain-1-IG in complex with murinised human uPA at pH7.4 提交 2015-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：UNP RESIDUES 179-425
突变：H99Y, C122A, N145Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 4.6, 5% polyethylene glycol (PEG) 400
分辨率 2.06 Å R-free 0.262
4ZHM The crystal structure of mupain-1--16-IG in complex with murinised human uPA at pH7.4 提交 2015-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：UNP RESIDUES 179-425
突变：H99Y, C122A, N145Q MRZ piperidine-1-carboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 4.6, 5% polyethylene glycol (PEG) 400
分辨率 1.90 Å R-free 0.264
4ZKN The crystal structure of upain-1-W3A in complex with uPA at pH5.5 提交 2015-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：UNP residues 179-425
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；50 mM sodium citrate pH 4.6, 2.0 M ammonium sulfate supplemented with 5% PEG 400
分辨率 1.36 Å R-free 0.265
4ZKO The crystal structure of upain-1-W3A in complex with uPA at pH7.4 提交 2015-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：UNP residues 179-425
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；50 mM sodium citrate pH 4.6, 2.0 M ammonium sulfate supplemented with 5% PEG 400
分辨率 1.29 Å R-free 0.225
4ZKR The crystal structure of upain-1-W3A in complex with uPA at pH9.0 提交 2015-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：UNP residues 179-425
突变：C122A, N145Q SO4 SULFATE ION × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50 mM sodium citrate pH 4.6, 2.0 M ammonium sulfate supplemented with 5% PEG400
分辨率 1.36 Å R-free 0.234
4ZKS The crystal structure of upain-1-W3A in complex with inactive uPA (uPA-S195A) at pH7.4 提交 2015-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–425（247 aa） 片段：UNP residues 179-425
突变：C122A, N145Q, S195A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；50 mM sodium citrate pH 4.6, 2.0 M ammonium sulfate supplemented with 5% PEG400
分辨率 1.85 Å R-free 0.245
5HGG Crystal structure of uPA in complex with a camelid-derived antibody fragment 提交 2016-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 179–424（246 aa） 片段：UNP residues 179-424
链 B 179–424（246 aa） 片段：UNP residues 179-424
突变：C122A, N145Q 突变：C122A, N145Q GOL GLYCEROL × 5 SO4 SULFATE ION × 2 TWN (3S)-3-[(2S,3S,4R)-3,4-DIMETHYLTETRAHYDROFURAN-2-YL]BUTYL LAURATE × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；289 K；Sodium Phosphate dibasic, Ammonium Sulfate, MES, Tween 20
分辨率 1.97 Å R-free 0.196
5WXF Crystal structure of uPA in complex with upain-2-2 提交 2017-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C299A/N322Q SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50 mM sodium citrate, pH 4.6, and 2.0 M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
分辨率 1.46 Å R-free 0.245
5WXO Crystal structure of uPA in complex with upain-2-2-W3A 提交 2017-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C299A/N322Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate, pH 4.6, 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
分辨率 1.64 Å R-free 0.221
5WXP Crystal structure of uPA in complex with upain-2-3-W3A 提交 2017-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C299A/N322Q ALA ALANINE × 1 CYS CYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate, pH 4.6, 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
分辨率 1.75 Å R-free 0.249
5WXQ Crystal structure of uPA in complex with upain-2-4 提交 2017-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C299A/N322Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate, pH 4.6, 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
分辨率 1.79 Å R-free 0.212
5WXR Crystal structure of uPA in complex with upain-2-4-W3A 提交 2017-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C299A/N322Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate, pH 4.6, 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
分辨率 1.75 Å R-free 0.234
5WXS Crystal structure of uPA in complex with S2444 提交 2017-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C299A/N322Q 7YF (2R)-N-[2-[[(2S)-5-carbamimidamido-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-5-oxidanylidene-1,2-dihydropyrrole-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate, pH 4.6, 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
分辨率 2.30 Å R-free 0.266
5WXT Crystal structure of uPA-S195A in complex with S2444 提交 2017-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C299A/N322Q/S376A 7YR 5-oxo-D-prolylglycyl-N-(4-nitrophenyl)-L-argininamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50 mM sodium citrate, pH 4.6, and 2.0 M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
分辨率 2.10 Å R-free 0.266
5XG4 Crystal structure of uPA in complex with quercetin 提交 2017-04-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–424（246 aa） 片段：UNP residues 179-424
未记录 QUE 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE × 1 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate at pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
5YC6 The crystal structure of uPA in complex with 4-Bromobenzylamirne at pH4.6 提交 2017-09-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–424（246 aa） 片段：Urokinase-type plasminogen activator chain B, UNP residues 179-324
未记录 PZH 1-(4-BROMOPHENYL)METHANAMINE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate (pH 4.6), 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% PEG 400
分辨率 1.18 Å R-free 0.228
5YC7 The crystal structure of uPA in complex with 4-Bromobenzylamirne at pH7.4 提交 2017-09-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–424（246 aa） 片段：Urokinase-type plasminogen activator chain B, UNP residues 179-324
未记录 PZH 1-(4-BROMOPHENYL)METHANAMINE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate (pH 4.6), 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% PEG 400
分辨率 2.00 Å R-free 0.262
5Z1C The crystal structure of uPA in complex with 4-Iodobenzylamine at pH7.4 提交 2017-12-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–423（245 aa）
突变：C299U,N322U ZXI 1-(4-iodophenyl)methanamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate (pH 4.6), 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% PEG 400
分辨率 1.45 Å R-free 0.143
5ZA7 uPA-HMA 提交 2018-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C122A, N145Q HMX 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-[bis(azanyl)methylidene]-6-chloranyl-pyrazine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
分辨率 1.70 Å R-free 0.227
5ZA8 uPA-BB2-27F 提交 2018-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C122A, N145Q 27I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(1-methylpyrazol-4-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
分辨率 1.90 Å R-free 0.233
5ZA9 uPA-BB2-50F 提交 2018-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C122A, N145Q 50I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-6-(1-benzofuran-2-yl)-Ncarbamimidoyl-pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
分辨率 1.62 Å R-free 0.236
5ZAE uPA-6F-HMA 提交 2018-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C122A, N145Q EAU 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(furan-2-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
分辨率 1.73 Å R-free 0.276
5ZAF uPA-BB2-28F 提交 2018-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 162–414（253 aa）
突变：C122A, N145Q 28I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(furan-3-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
分辨率 1.65 Å R-free 0.236
5ZAG uPA-BB2-94F 提交 2018-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C122A, N145Q 94I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-pyrimidin-5-yl-pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
分辨率 1.95 Å R-free 0.225
5ZAH uPA-BB2-30F 提交 2018-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C122A, N145Q 30I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(2-methoxypyrimidin-5-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
分辨率 2.98 Å R-free 0.268
5ZAJ uPA-31F 提交 2018-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C122A, N145Q 32I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(2,4-dimethoxypyrimidin-5-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
分辨率 1.65 Å R-free 0.239
5ZC5 uPA-NU-09F 提交 2018-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C122A, N145Q 09I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(4-fluoranyl-1-benzofuran-2-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
分辨率 1.90 Å R-free 0.235
6AG2 uPA-HMA 提交 2018-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C122A, N145Q 9X9 3,5-bis(azanyl)-N-carbamimidoyl-6-(2-methoxypyrimidin-5-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate (pH 4.6), 5% PEG 400
分辨率 1.77 Å R-free 0.252
6AG3 Crystal structure of uPA in complex with 3,5-bis(azanyl)-N-carbamimidoyl-6-(2,4-dimethoxypyrimidin-5-yl)pyrazine-2-carboxamide 提交 2018-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C122A, N145Q 9XC 3,5-bis(azanyl)-N-carbamimidoyl-6-(2,4-dimethoxypyrimidin-5-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate, pH 4.6, 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
分辨率 2.48 Å R-free 0.267
6AG7 The crystal structure of uPA in complex with HMA-55F 提交 2018-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–423（245 aa）
未记录 H55 3,5-diamino-N-carbamimidoyl-6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50 mM sodium citrate, pH 4.6, and 2.0 M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
分辨率 1.90 Å R-free 0.228
6AG9 Crystal structure of uPA in complex with 3,5-bis(azanyl)-6-(1-benzofuran-2-yl)-N-carbamimidoyl-pyrazine-2- carboxamide 提交 2018-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–431（253 aa）
突变：C122A, N145Q 9XF 3,5-bis(azanyl)-6-(1-benzofuran-2-yl)-N-carbamimidoyl-pyrazine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate, pH 4.6, 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
分辨率 1.63 Å R-free 0.206
6JYP Crystal structure of uPA_H99Y in complex with 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-[bis(azanyl)methylidene]-6-chloranyl-pyrazine-2-carboxamide 提交 2019-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–424（246 aa）
突变：H99Y,C122A,N145Q HMX 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-[bis(azanyl)methylidene]-6-chloranyl-pyrazine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.05M sodium citrate at pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
分辨率 2.25 Å R-free 0.254
6JYQ Crystal structure of uPA_H99Y in complex with 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(furan-2-yl)pyrazine-2-carboxamide 提交 2019-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–424（246 aa）
突变：H99Y,C122A,N145Q EAU 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(furan-2-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.05M sodium citrate at pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
分辨率 1.75 Å R-free 0.263
6L04 Crystal structure of uPA_H99Y in complex with 31F 提交 2019-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–423（245 aa）
突变：H99Y,C122A,N145Q 32I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(2,4-dimethoxypyrimidin-5-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate at pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
分辨率 2.21 Å R-free 0.217
6L05 Crystal structure of uPA_H99Y in complex with 50F 提交 2019-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–423（245 aa）
突变：H99Y,C122A,N145Q 50I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-6-(1-benzofuran-2-yl)-Ncarbamimidoyl-pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate at pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
分辨率 2.49 Å R-free 0.261
6NMB Tranexamic Acid is an Active Site Inhibitor of Urokinase Plasminogen Activator 提交 2019-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 164–431（268 aa） 片段：UNP residues 164-431
未记录 NO3 NITRATE ION × 1 AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris bicine, 25% v/v PEG500, 10% v/v PEG20000
分辨率 2.30 Å R-free 0.271
6NMB Tranexamic Acid is an Active Site Inhibitor of Urokinase Plasminogen Activator 提交 2019-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 164–431（268 aa） 片段：UNP residues 164-431
未记录 NO3 NITRATE ION × 1 AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris bicine, 25% v/v PEG500, 10% v/v PEG20000
分辨率 2.30 Å R-free 0.271
6NMB Tranexamic Acid is an Active Site Inhibitor of Urokinase Plasminogen Activator 提交 2019-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 164–431（268 aa） 片段：UNP residues 164-431
未记录 NO3 NITRATE ION × 1 AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris bicine, 25% v/v PEG500, 10% v/v PEG20000
分辨率 2.30 Å R-free 0.271
6NMB Tranexamic Acid is an Active Site Inhibitor of Urokinase Plasminogen Activator 提交 2019-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 164–431（268 aa） 片段：UNP residues 164-431
未记录 NO3 NITRATE ION × 1 AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris bicine, 25% v/v PEG500, 10% v/v PEG20000
分辨率 2.30 Å R-free 0.271
6XVD Crystal structure of complex of urokinase and a upain-1 variant(W3F) in pH7.4 condition 提交 2020-01-21 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 162–414（253 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.05 M sodium citrate at pH 4.5, 1.95 M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, and 5% PEG400
分辨率 1.40 Å R-free 0.203
7DZD Crystal structure of uPA in complex with cleaved camostat 提交 2021-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–423（245 aa）
突变：C122A,N145Q GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate pH 4.6, 5% PEG 400
分辨率 2.00 Å R-free 0.231
7VM4 Crystal structure of uPA in complex with nafamostat 提交 2021-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–423（245 aa）
未记录 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 5% PEG400, 20 mM sodium citrate, pH 4.6
分辨率 2.01 Å R-free 0.224
7VM5 Crystal structure of uPA in complex with 4-guanidinobenzoic acid 提交 2021-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–424（246 aa）
未记录 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 5% PEG 400, 20 mM sodium citrate, pH 4.6
分辨率 1.97 Å R-free 0.247
7VM6 Crystal structure of uPA in complex with 6-amidino-2-naphthol 提交 2021-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–426（248 aa）
未记录 7R8 6-oxidanylnaphthalene-2-carboximidamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 5% PEG 400, 20 mM sodium citrate, pH 4.6
分辨率 1.79 Å R-free 0.243
7VM7 Crystal structure of inactive uPA in complex with nafamostat 提交 2021-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 179–423（245 aa）
未记录 7RF (6-carbamimidoylnaphthalen-2-yl) 4-carbamimidamidobenzoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 5% PEG 400, 20 mM sodium citrate, pH 4.6
分辨率 1.87 Å R-free 0.242
7ZRR Crystal structure of human Urokinase-type plasminogen activator in complex with bicycle peptide inhibitor UK965 提交 2022-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 154–431（278 aa）
未记录 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NH2 AMINO GROUP × 1 ZBR 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.3；293 K；5% PEG400, 50mM Citrato pH 4.3, 1.8 M (NH4)2SO4, 20% Ethylene glycol
分辨率 1.64 Å R-free 0.239
7ZRT Crystal structure of human Urokinase-type plasminogen activator in complex with bicycle peptide inhibitor UK970 提交 2022-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 162–414（253 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 ZBR 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.3；293 K；7% PEG400, 50mM Citrato, 1.8 M (NH4)2SO4; 20% Ethylene glycol
分辨率 1.80 Å R-free 0.229
9PYF uPA Inhibitory Fab AB2 Complex 提交 2025-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 156–425（270 aa）
突变：C122A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298.15 K；For crystallization purposes, uPA was co-incubated with AB2 in a 1:1 stoichiometric ratio for 1h and co-purified using size-exclusion chromatography. The complex co-eluted was concentrated to 15 mg/mL.Crystallization drops were produced by mixing 0.1 uL of uPA-AB2 solution with 0.1 uL of the respective crystallization solution. A single crystal was produced using a solution containing 0.2 M diammonium hydrogen citrate (Salt) and 20 percent PEG 3350 and incubating the experiment for 14 days at room temperature.
分辨率 2.90 Å R-free 0.300

共 147 个其他 PDB 条目、165 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UROK_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–132； UniProt 21–152

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3u73

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3u73
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3u73
沉积日期 deposition_date2011-10-13
结构标题 titleCrystal structure of stabilized human uPAR mutant in complex with ATF
关键词 keywordsglycosylation, HYDROLASE-HYDROLASE RECEPTOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE RECEPTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.29 Å
零角强度 I(0) i042419400.00
分子量 molecular_weight45245.0 kDa
排除体积 excluded_volume54480 ų
包络体积 envelope_volume68602 ų
水化壳体积 shell_volume24685 ų
包络直径 envelope_diameter85.5 Å
壳层 Rg shell_rg30.28 Å
包络 Rg envelope_rg24.18 Å
形状 Rg shape_rg24.28 Å
总 Rg total_rg24.99 Å
总原子数 total_atoms3133
残基数 n_residues392
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.4 Å
Rg (实空间) rg_real24.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real4.2420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.0380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal42420000.0000
解质量估计 total_estimate0.8860
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.8 Å
偏度 Skewness skewness0.421
峰度 Kurtosis kurtosis-0.220
角度范围 angular_range— – 0.3200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4621000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.948
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd3u73a1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.1 — EGF-type module
结构域编号 domain_idd3u73a2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamilyg.14.1 — Kringle-like
家族 Family familyg.14.1.1 — Kringle modules
结构域编号 domain_idd3u73u1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family familyg.7.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3u73u2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family familyg.7.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3u73u3
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family familyg.7.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id3u73A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Laminin
结构域编号 domain_id3u73A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Plasminogen Kringle 4
结构域编号 domain_id3u73U01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — CD59
结构域编号 domain_id3u73U02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — CD59
结构域编号 domain_id3u73U03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — CD59
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)