3v3k

Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 173.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-9

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 141–416	片段：UNP Residues 141-416	Putative uncharacterized protein ECs1815 × 1 （Q8XAL7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 141–416	片段：UNP Residues 141-416	Putative uncharacterized protein ECs1815 × 1 （Q8XAL7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 141–416	片段：UNP Residues 141-416	Putative uncharacterized protein ECs1815 × 1 （Q8XAL7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 141–416	片段：UNP Residues 141-416	Putative uncharacterized protein ECs1815 × 1 （Q8XAL7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 141–416	片段：UNP Residues 141-416	Putative uncharacterized protein ECs1815 × 1 （Q8XAL7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 141–416	片段：UNP Residues 141-416	Putative uncharacterized protein ECs1815 × 1 （Q8XAL7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
7	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 141–416	片段：UNP Residues 141-416	Putative uncharacterized protein ECs1815 × 1 （Q8XAL7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
8	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 O； UniProt 141–416	片段：UNP Residues 141-416	Putative uncharacterized protein ECs1815 × 1 （Q8XAL7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3V3K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NW9 STRUCTURE OF CASPASE-9 IN AN INHIBITORY COMPLEX WITH XIAP-BIR3 提交 2003-02-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 140–416（277 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Tris, potassium phosphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
2AR9 Crystal structure of a dimeric caspase-9 提交 2005-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 140–416（277 aa）片段：residues 140-416 链 B 140–416（277 aa）片段：residues 140-416	突变：C287S, G402C, C403I, F404V, N405S, F406M 突变：C287S, G402C, C403I, F404V, N405S, F406M	MLT D-MALATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；290 K；PEG5000 monomethylether, MES, tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
2AR9 Crystal structure of a dimeric caspase-9 提交 2005-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 140–416（277 aa）片段：residues 140-416 链 D 140–416（277 aa）片段：residues 140-416	突变：C287S, G402C, C403I, F404V, N405S, F406M 突变：C287S, G402C, C403I, F404V, N405S, F406M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；290 K；PEG5000 monomethylether, MES, tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
3D9T CIAP1-BIR3 in complex with N-terminal peptide from Caspase-9 (ATPFQE) 提交 2008-05-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 316–321（6 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；3.1M NA FORMATE,10% GLYCEROL,1.5MM PEPTIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
3D9T CIAP1-BIR3 in complex with N-terminal peptide from Caspase-9 (ATPFQE) 提交 2008-05-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 316–321（6 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；3.1M NA FORMATE,10% GLYCEROL,1.5MM PEPTIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
3YGS APAF-1 CARD IN COMPLEX WITH PRODOMAIN OF PROCASPASE-9 提交 1999-05-08	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–96（96 aa）片段：PRODOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.299
4RHW Crystal structure of Apaf-1 CARD and caspase-9 CARD complex 提交 2014-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–100（100 aa）片段：card domain 链 F 1–100（100 aa）片段：card domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；13% PEG 3000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES (pH5.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.226
5JUY Active human apoptosome with procaspase-9 提交 2016-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 O 1–95（95 aa）片段：N-terminal caspase recognition domain 链 P 1–95（95 aa）片段：N-terminal caspase recognition domain 链 Q 1–95（95 aa）片段：N-terminal caspase recognition domain 链 R 1–95（95 aa）片段：N-terminal caspase recognition domain	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 7 HEC HEME C × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer A cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
9R44 Crystal structure of human caspase-9 CARD 提交 2025-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–99（99 aa）链 E 1–99（99 aa）链 H 1–99（99 aa）链 L 1–99（99 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.5 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium HEPES, and pH 7.5 Protein concentration: 15 mg/ml Buffer in: 20 mM Hepes, 50 mM NaCl, 2 mM TCEP, and pH 7.5	分辨率 2.46 Å R-free 0.265

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CASP9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–276； UniProt 141–416 作者链 C； PDB构建体 1–276； UniProt 141–416 作者链 E； PDB构建体 1–276； UniProt 141–416 作者链 G； PDB构建体 1–276； UniProt 141–416 作者链 I； PDB构建体 1–276； UniProt 141–416 作者链 K； PDB构建体 1–276； UniProt 141–416 作者链 M； PDB构建体 1–276； UniProt 141–416 作者链 O； PDB构建体 1–276； UniProt 141–416

Putative uncharacterized protein ECs1815

Escherichia coli O157:H7

UniProt Q8XAL7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 25–189	片段：UNP Residues 25-189	Caspase-9 × 1 （P55211）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 25–189	片段：UNP Residues 25-189	Caspase-9 × 1 （P55211）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 25–189	片段：UNP Residues 25-189	Caspase-9 × 1 （P55211）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 25–189	片段：UNP Residues 25-189	Caspase-9 × 1 （P55211）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 25–189	片段：UNP Residues 25-189	Caspase-9 × 1 （P55211）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 25–189	片段：UNP Residues 25-189	Caspase-9 × 1 （P55211）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
7	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 25–189	片段：UNP Residues 25-189	Caspase-9 × 1 （P55211）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
8	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 25–189	片段：UNP Residues 25-189	Caspase-9 × 1 （P55211）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8XAL7_ECO57
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–165； UniProt 25–189 作者链 D； PDB构建体 1–165； UniProt 25–189 作者链 F； PDB构建体 1–165； UniProt 25–189 作者链 H； PDB构建体 1–165； UniProt 25–189 作者链 J； PDB构建体 1–165； UniProt 25–189 作者链 L； PDB构建体 1–165； UniProt 25–189 作者链 N； PDB构建体 1–165； UniProt 25–189 作者链 P； PDB构建体 1–165； UniProt 25–189

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3v3k
沉积日期 deposition_date	2011-12-13
结构标题 title	Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein
关键词 keywords	HYDROLASE, Caspase 9; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.86 Å
零角强度 I(0) i0	1932730000.00
分子量 molecular_weight	362580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	451380 Å³
包络体积 envelope_volume	667250 Å³
水化壳体积 shell_volume	101750 Å³
包络直径 envelope_diameter	180.0 Å
壳层 Rg shell_rg	57.50 Å
包络 Rg envelope_rg	53.17 Å
形状 Rg shape_rg	54.86 Å
总 Rg total_rg	54.93 Å
总原子数 total_atoms	25428
残基数 n_residues	3142
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	173.7 Å
Rg (实空间) rg_real	55.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9330e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9090e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1933000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8705
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	65.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.154
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.581
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	114900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.441

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Caspase-9
分子量 formula_weight	30416.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.62
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	25428

ALESLRGNADLAYILSMEPCGHCLIINNVNFCRESGLRTRTGSNIDCEKLRRRFSSLHFMVEVKGDLTAKKMVLALLELARQDHGALDCCVVVILSHGCQASHLQFPGAVYGTDGCPVSVEKIVNIFNGTSCPSLGGKPKLFFIQACGGEQKDHGFEVASTSPEDESPGSNPEPDATPFQEGLRTFDQLDAISSLPTPSDIFVSYSTFPGFVSWRDPKSGSWYVETLDDIFEQWAHSEDLQSLLLRVANAVSVKGIYKQMPGCFNFLRKKLFFKTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Putative uncharacterized protein ECs1815
分子量 formula_weight	18866.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

TPESVSELNHNHFLSPELQDKLDVMVSIYSCARNNNELEEIFQELSAFVSGLMDKRNSVFEVRNENTDEVVGALRAGMTIEDRDSYIRDLFFLHSLKVKIEESRQGKEDSKCKVYNLLCPHHSSELYGDLRAMKCLVEGCSDDFNPFDIIRVPDLTYNKGSLQCG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli O157:H7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83334
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3v3kA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	3v3kB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	3v3kC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	3v3kD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	3v3kE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	3v3kF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	3v3kG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	3v3kH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	3v3kI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	3v3kJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	3v3kK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	3v3kL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	3v3kM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	3v3kN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	3v3kO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	3v3kP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	100.703 Å
晶胞边长 b length_b	209.906 Å
晶胞边长 c length_c	317.231 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.494 Å
最低分辨率 resolution_low	174.080 Å
R 因子 r_factor	0.2396
R_work r_work	0.2392
R_free r_free	0.2595

fit	/app/data/saxs_computation/v3/3v3k/3v3k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v3/3v3k/3v3k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v3/3v3k/3v3k.dat

Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Putative uncharacterized protein ECs1815

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)