SAXSdb — 3v7d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Suppressor of kinetochore protein 1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cell division control protein 4 × 1 （P07834） Protein SIC1 × 1 （P38634） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cell division control protein 4 × 1 （P07834） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–169； UniProt 1–194 作者链 C； PDB构建体 4–169； UniProt 1–194

Cell division control protein 4

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P07834

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Suppressor of kinetochore protein 1 × 1 （P52286） Protein SIC1 × 1 （P38634） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Suppressor of kinetochore protein 1 × 1 （P52286） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDC4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–464； UniProt 263–744 作者链 D； PDB构建体 3–464； UniProt 263–744

Protein SIC1

物种未注明

UniProt P38634

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Suppressor of kinetochore protein 1 × 1 （P52286） Cell division control protein 4 × 1 （P07834） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SIC1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–19； UniProt 67–85

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3v7d
沉积日期 deposition_date	2011-12-20
结构标题 title	Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-pSic1 peptide complex
关键词 keywords	WD 40 domain, phospho-peptide complex, E3 ubiquitin ligase, ligase, cell cycle, phospho binding protein, Sic1, phosphorylation; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3v7d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3v7d__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3v7d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.03 Å
Rg（电子密度）	30.48 Å
总 Rg	31.12 Å
原子数	4837
残基数	597
排除体积	86163 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3v7d__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3v7d__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Suppressor of kinetochore protein 1
分子量 formula_weight	19504.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	9899

GAHMVTSNVVLVSGEGERFTVDKKIAERSLLLKNYLNDMGDDDDEDDDEIVMPVPNVRSSVLQKVIEWAEHHRDSNFPDEDDDDSRKSAPVDSWDREFLKVDQEMLYEIILAANYLNIKPLLDAGCKVVAEMIRGRSPEEIRRTFNIVNDFTPEEEAAIRRENEWAEDR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cell division control protein 4
分子量 formula_weight	52862.1 kDa
突变 mutation	C608L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GAGTLIKDNLKRDLITSLPFEISLKIFNYLQFEDIINSLGVSQNWNKIIRKSTSLWKKLLISENFVSPKGFNSLNLKLSQKYPKLSQQDRLRLSFLENIFILKNWYNPKFVPQRTTLRGHMTSVITCLQFEDNYVITGADDKMIRVYDSINKKFLLQLSGHDGGVWALKYAHGGILVSGSTDRTVRVWDIKKGCCTHVFEGHNSTVRCLDIVEYKNIKYIVTGSRDNTLHVWKLPKESSVPDHGEEHDYPLVFHTPEENPYFVGVLRGHMASVRTVSGHGNIVVSGSYDNTLIVWDVAQMKCLYILSGHTDRIYSTIYDHERKRCISASMDTTIRIWDLENGELMYTLQGHTALVGLLRLSDKFLVSAAADGSIRGWDANDYSRKFSYHHTNLSAITTFYVSDNILVSGSENQFNIYNLRSGKLVHANILKDADQIWSVNFKGKTLVAAVEKDGQSFLEILDFS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein SIC1
分子量 formula_weight	2321.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MTSPFNGLTSPQRSPFPKS

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	320

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3v7dA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3v7dB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3v7dB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3v7dC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3v7dD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3v7dD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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晶胞边长 a length_a	107.292 Å
晶胞边长 b length_b	107.292 Å
晶胞边长 c length_c	166.679 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.306 Å
最低分辨率 resolution_low	38.021 Å
R 因子 r_factor	0.1969
R_work r_work	0.1956
R_free r_free	0.2214

Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-pSic1 peptide complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Suppressor of kinetochore protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cell division control protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein SIC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3v7d__assembly_1__model_1

3v7d__assembly_1__model_1 | I(q)

3v7d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-pSic1 peptide complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Suppressor of kinetochore protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cell division control protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein SIC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3v7d__assembly_1__model_1

3v7d__assembly_1__model_1 | I(q)

3v7d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)