3vnn

Crystal Structure of a sub-domain of the nucleotidyltransferase (adenylation) domain of human DNA ligase IV

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 50.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA ligase 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 268–406	片段：A sub-domain of the nucleotidyltransferase (adenylation) domain, UNP residues 268-405	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；7.5% PEG 6000, 100mM MES, 0.01mg/ml papain, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.305

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3VNN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1IK9 CRYSTAL STRUCTURE OF A XRCC4-DNA LIGASE IV COMPLEX 提交 2001-05-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 748–784（37 aa）片段：LINKER CONNECTING BRCT DOMAINS, RESIDUES 748-784	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；PEG6000, MES, xylitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.266
2E2W Solution structure of the first BRCT domain of human DNA ligase IV 提交 2006-11-17	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 654–759（106 aa）片段：BRCT domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.23mM uniformly 13C and 15N labelled protein; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3, 10% D2O, 90% H2O \| 10% D2O, 90% H2O	分辨率未提供
3II6 Structure of human Xrcc4 in complex with the tandem BRCT domains of DNA LigaseIV. 提交 2009-07-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 654–911（258 aa）片段：C-Terminal tandem BRCT domains, residues 654-911	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；100mM Sodium/Potassium phosphate, 15% PEG 8000 MME, 200mM Sodium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.280
3II6 Structure of human Xrcc4 in complex with the tandem BRCT domains of DNA LigaseIV. 提交 2009-07-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Y 654–911（258 aa）片段：C-Terminal tandem BRCT domains, residues 654-911	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；100mM Sodium/Potassium phosphate, 15% PEG 8000 MME, 200mM Sodium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.280
3W1B Crystal Structure of Human DNA ligase IV-Artemis Complex (Mercury Derivative) 提交 2012-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–609（609 aa）片段：Catalytic region, UNP residues 1-609	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 10 HG MERCURY (II) ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；2M ammonium sulfate, 10mM YCl, 100mM MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.225
3W1G Crystal Structure of Human DNA ligase IV-Artemis Complex (Native) 提交 2012-11-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–609（609 aa）片段：Catalytic region, UNP residues 1-609	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；2M ammonium sulfate, 10mM YCl, 100mM MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.55 Å R-free 0.234
3W5O Crystal Structure of Human DNA ligase IV 提交 2013-02-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–609（609 aa）片段：catalytic region, UNP residues 1-609	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；291 K；2M ammonium sulfate, 10mM YCl, 100mM MES, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.84 Å R-free 0.245
3W5O Crystal Structure of Human DNA ligase IV 提交 2013-02-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–609（609 aa）片段：catalytic region, UNP residues 1-609	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；291 K；2M ammonium sulfate, 10mM YCl, 100mM MES, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.84 Å R-free 0.245
4HTO Crystal structure of the DBD domain of human DNA ligase IV Apo form 提交 2012-11-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–240（240 aa）片段：DNA binding domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；16 % PEG 3350, 200 mM (NH4)3PO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；16 % PEG 3350, 200 mM (NH4)3SO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.81 Å R-free 0.259
4HTP Crystal structure of the DBD domain of human DNA ligase IV bound to Artemis peptide 提交 2012-11-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–240（240 aa）片段：DNA binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；18% PEG 1000, 200 mM Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.25 Å R-free 0.249
4HTP Crystal structure of the DBD domain of human DNA ligase IV bound to Artemis peptide 提交 2012-11-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–240（240 aa）片段：DNA binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；18% PEG 1000, 200 mM Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.25 Å R-free 0.249
6BKF Lysyl-adenylate form of human LigIV catalytic domain with bound DNA substrate in open conformation 提交 2017-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–620（620 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；76.5mM HEPES pH 7.5, 15.3% PEG 4K, 7.65% isopropanol, 13.5% glycerol, 10mM MgCl2	分辨率 3.25 Å R-free 0.316
6BKG Human LigIV catalytic domain with bound DNA-adenylate intermediate in closed conformation 提交 2017-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–620（620 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；78.2mM HEPES pH 7.5, 15.64% PEG4000, 7.82% isopropanol, 13.8% glycerol	分辨率 2.40 Å R-free 0.245
7D9K DNA binding domain of human DNA Ligase IV - Wild type 提交 2020-10-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–240（240 aa）片段：DNA binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M Tris pH 8.0, 20 % SOKALAN CP 42, 5% Methanol	分辨率 2.90 Å R-free 0.299
7D9Y DNA binding domain of human DNA Ligase IV mutant - A3V 提交 2020-10-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–240（240 aa）	突变：A3V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.125 M Tris pH 8.0, 20 % SOKALAN CP 42, 7.5% Methanol	分辨率 2.76 Å R-free 0.276
7LSY NHEJ Short-range synaptic complex 提交 2021-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：heptadecameric	链 X 1–911（911 aa）链 Y 1–911（911 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.40 Å
7LT3 NHEJ Long-range synaptic complex 提交 2021-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 X 1–911（911 aa）链 Y 1–911（911 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7NFC Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (dimer) 提交 2021-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 M 1–911（911 aa）链 P 1–911（911 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.14 Å
7NFE Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (monomer) 提交 2021-02-06	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 J 1–911（911 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.29 Å
8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 I 1–911（911 aa）链 R 1–911（911 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.55 Å
8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 M 1–911（911 aa）链 P 1–911（911 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.51 Å
8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 I 1–911（911 aa）链 R 1–911（911 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.33 Å
8BOT Cryo-EM structure of NHEJ supercomplex(trimer) 提交 2022-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：25-meric	链 M 1–911（911 aa）链 P 1–911（911 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.76 Å
8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric	链 X 1–911（911 aa）链 Y 1–911（911 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.39 Å
8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 X 1–911（911 aa）链 Y 1–911（911 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.90 Å
9CQ3 The gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 F 1–911（911 aa）链 f 1–911（911 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9CQ6 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 F 1–911（911 aa）链 f 1–911（911 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9CQC The ligation complex like in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 F 1–911（911 aa）链 f 1–911（911 aa）	未记录	DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9GD7 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA ligase 4/XRCC4 提交 2024-08-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 E 1–911（911 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.25 Å
9IAX DNA-PK, LX4, XLF - Catalytic domain of L4 提交 2025-02-11	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 K 1–911（911 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.97 Å
9N81 A gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ Pathway 提交 2025-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 F 1–911（911 aa）链 f 1–911（911 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9N82 The ligation (AMP-Lys) complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 F 1–911（911 aa）链 f 1–911（911 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9N83 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 F 1–911（911 aa）链 f 1–911（911 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 30 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNLI4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–139； UniProt 268–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3vnn
沉积日期 deposition_date	2012-01-17
结构标题 title	Crystal Structure of a sub-domain of the nucleotidyltransferase (adenylation) domain of human DNA ligase IV
关键词 keywords	DNA ligase, non-homologous end joining, DNA repair, XRCC4, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.33 Å
零角强度 I(0) i0	3846410.00
分子量 molecular_weight	13476.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16684 Å³
包络体积 envelope_volume	20255 Å³
水化壳体积 shell_volume	12171 Å³
包络直径 envelope_diameter	49.1 Å
壳层 Rg shell_rg	19.85 Å
包络 Rg envelope_rg	14.80 Å
形状 Rg shape_rg	14.36 Å
总 Rg total_rg	15.42 Å
总原子数 total_atoms	949
残基数 n_residues	124
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.2 Å
Rg (实空间) rg_real	15.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8460e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3130e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3846000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8855
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.181
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.301
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	696600.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.959

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3vnnA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA ligase/mRNA capping enzyme

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	39.086 Å
晶胞边长 b length_b	39.086 Å
晶胞边长 c length_c	197.393 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	91
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.903 Å
最低分辨率 resolution_low	30.640 Å
R 因子 r_factor	0.2767
R_work r_work	0.2733
R_free r_free	0.3049

描述 description	DNA ligase 4
分子量 formula_weight	16196.5 kDa
EC 编号 ec_number	6.5.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	952

Crystal Structure of a sub-domain of the nucleotidyltransferase (adenylation) domain of human DNA ligase IV

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA ligase 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

fit	/app/data/saxs_computation/vn/3vnn/3vnn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vn/3vnn/3vnn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vn/3vnn/3vnn.dat