9n83

The ligation complex in the NHEJ pathway

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 282.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n83
沉积日期 deposition_date	2025-02-07
结构标题 title	The ligation complex in the NHEJ pathway
关键词 keywords	NHEJ, ligation, XLF, PAXX, DNA repair, Ligase IV, LIGASE-TRANSFERASE-DNA complex; LIGASE/TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	78.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	78.69 Å
零角强度 I(0) i0	4703750000.00
分子量 molecular_weight	558940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	690470 Å³
包络体积 envelope_volume	1265400 Å³
水化壳体积 shell_volume	137920 Å³
包络直径 envelope_diameter	260.8 Å
壳层 Rg shell_rg	71.03 Å
包络 Rg envelope_rg	76.34 Å
形状 Rg shape_rg	78.73 Å
总 Rg total_rg	78.46 Å
总原子数 total_atoms	39113
残基数 n_residues	4637
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	282.3 Å
Rg (实空间) rg_real	82.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7380e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.5740e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	78.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4701000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8999
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	98.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.432
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.157
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0700
最高正则化参数 α highest_alpha	178000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 0.838; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.548

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	X-ray repair cross-complementing protein 6
分子量 formula_weight	70198.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-,4.2.99.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a
原子数 atom_count	39124

GPVMSGWESYYKTEGDEEAEEEQEENLEASGDYKYSGRDSLIFLVDASKAMFESQSEDELTPFDMSIQCIQSVYISKIISSDRDLLAVVFYGTEKDKNSVNFKNIYVLQELDNPGAKRILELDQFKGQQGQKRFQDMMGHGSDYSLSEVLWVCANLFSDVQFKMSHKRIMLFTNEDNPHGNDSAKASRARTKAGDLRDTGIFLDLMHLKKPGGFDISLFYRDIISIAEDEDLRVHFEESSKLEDLLRKVRAKETRKRALSRLKLKLNKDIVISVGIYNLVQKALKPPPIKLYRETNEPVKTKTRTFNTSTGGLLLPSDTKRSQIYGSRQIILEKEETEELKRFDDPGLMLMGFKPLVLLKKHHYLRPSLFVYPEESLVIGSSTLFSALLIKCLEKEVAALCRYTPRRNIPPYFVALVPQEEELDDQKIQVTPPGFQLVFLPFADDKRKMPFTEKIMATPEQVGKMKAIVEKLRFTYRSDSFENPVLQQHFRNLEALALDLMEPEQAVDLTLPKVEAMNKRLGSLVDEFKELVYPPDYNPEGKVTKRKHDNEGSGSKRPKVEYSEEELKTHISKGTLGKFTVPMLKEACRAYGLKSGLKKQELLEALTKHFQD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	X-ray repair cross-complementing protein 5
分子量 formula_weight	82812.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b

MVRSGNKAAVVLCMDVGFTMSNSIPGIESPFEQAKKVITMFVQRQVFAENKDEIALVLFGTDGTDNPLSGGDQYQNITVHRHLMLPDFDLLEDIESKIQPGSQQADFLDALIVSMDVIQHETIGKKFEKRHIEIFTDLSSRFSKSQLDIIIHSLKKCDISLQFFLPFSLGKEDGSGDRGDGPFRLGGHGPSFPLKGITEQQKEGLEIVKMVMISLEGEDGLDEIYSFSESLRKLCVFKKIERHSIHWPCRLTIGSNLSIRIAAYKSILQERVKKTWTVVDAKTLKKEDIQKETVYCLNDDDETEVLKEDIIQGFRYGSDIVPFSKVDEEQMKYKSEGKCFSVLGFCKSSQVQRRFFMGNQVLKVFAARDDEAAAVALSSLIHALDDLDMVAIVRYAYDKRANPQVGVAFPHIKHNYECLVYVQLPFMEDLRQYMFSSLKNSKKYAPTEAQLNAVDALIDSMSLAKKDEKTDTLEDLFPTTKIPNPRFQRLFQCLLHRALHPREPLPPIQQHIWNMLNPPAEVTTKSQIPLSKIKTLFPLIEAKKKDQVTAQEIFQDNHEDGPTAKKLKTEQGGAHFSVSSLAEGSVTSVGSVNPAENFRVLVKQKKASFEEASNQLINHIEQFLDTNETPYFMKSIDCIRAFREEAIKFSEEQRFNNFLKALQEKVEIKQLNHFWEIVVQDGITLITKEEASGSSVTAEEAKKFLAPKDKPSGDTAAVFEEGGDVDDLLDMI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Non-homologous end-joining factor 1
分子量 formula_weight	33625.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

GPVMEELEQGLLMQPWAWLQLAENSLLAKVFITKQGYALLVSDLQQVWHEQVDTSVVSQRAKELNKRLTAPPAAFLCHLDNLLRPLLKDAAHPSEATFSCDCVADALILRVRSELSGLPFYWNFHCMLASPSLVSQHLIRPLMGMSLALQCQVRELATLLHMKDLEIQDYQESGATLIRDRLKTEPFEENSFLEQFMIEKLPEACSIGDGKPFVMNLQDLYMAVTTQEVQVGQKHQGAGDPHTSNSASLQGIDSQCVNQPEQLVSSAPTLSAPEKESTGTSGPLQRPQLSKVKRKKPRGLFS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	DNA repair protein XRCC4
分子量 formula_weight	38337.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,d,e

MERKISRIHLVSEPSITHFLQVSWEKTLESGFVITLTDGHSAWTGTVSESEISQEADDMAMEKGKYVGELRKALLSGAGPADVYTFNFSKESCYFFFEKNLKDVSFRLGSFNLEKVENPAEVIRELICYCLDTIAENQAKNEHLQKENERLLRDWNDVQGRFEKCVSAKEALETDLYKRFILVLNEKKTKIRSLHNKLLNAAQEREKDIKQEGETAICSEMTADRDPVYDESTDEESENQTDLSGLASAAVSKDDSIISSLDVTDIAPSRKRRQRMQRNLGTEPKMAPQENQLQEKENSRPDSSLPETSKKEHISAENMSLETLRNSSPEDLFDEI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	DNA ligase 4
分子量 formula_weight	104378.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.5.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,f

GPVMAASQTSQTVASHVPFADLCSTLERIQKSKGRAEKIRHFREFLDSWRKFHDALHKNHKDVTDSFYPAMRLILPQLERERMAYGIKETMLAKLYIELLNLPRDGKDALKLLNYRTPTGTHGDAGDFAMIAYFVLKPRCLQKGSLTIQQVNDLLDSIASNNSAKRKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAAELHNVTTDLEKVCRQLHDPSVGLSDISITLFSAFKPMLAAIADIEHIEKDMKHQSFYIETKLDGERMQMHKDGDVYKYFSRNGYNYTDQFGASPTEGSLTPFIHNAFKADIQICILDGEMMAYNPNTQTFMQKGTKFDIKRMVEDSDLQTCYCVFDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSSIFTPIPGRIEIVQKTQAHTKNEVIDALNEAIDKREEGIMVKQPLSIYKPDKRGEGWLKIKPEYVSGLMDELDILIVGGYWGKGSRGGMMSHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSGCTMKELYDLGLKLAKYWKPFHRKAPPSSILCGTEKPEVYIEPCNSVIVQIKAAEIVPSDMYKTGCTLRFPRIEKIRDDKEWHECMTLDDLEQLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQEKKRKAAPKMKKVIGIIEHLKAPNLTNVNKISNIFEDVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAEFGGYIVQNPGPDTYCVIAGSENIRVKNIILSNKHDVVKPAWLLECFKTKSFVPWQPRFMIHMCPSTKEHFAREYDCYGDSYFIDTDLNQLKEVFSGIKNSNEQTPEEMASLIADLEYRYSWDCSPLSMFRRHTVYLDSYAVINDLSTKNEGTRLAIKALELRFHGAKVVSCLAEGVSHVIIGEDHSRVADFKAFRRTFKRKFKILKESWVTDSIDKCELQEENQYLI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	Protein PAXX
分子量 formula_weight	23282.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MGSSHHHHHHSQDPMDPLSPPLCTLPPGPEPPRFVCYCEGEESGEGDRGGFNLYVTDAAELWSTCFTPDSLAALKARFGLSAAEDITPRFRAACEQQAVALTLQEDRASLTLSGGPSALAFDLSKVPGPEAAPRLRALTLGLAKRVWSLERRLAAAEETAVSPRKSPRPAGPQLFLPDPDPQRGGPGPGVRRRCPGESLINPGFKSKKPAGGVDFDET

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	DNA (39-MER)
分子量 formula_weight	20722.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CGCGCCCAGCTTTCCCAGCTAATAAACTAAAAACTATGCATGCTCTACTGCTTCTGATCTAGTCGACC

Entity 8 polymer

描述 description	DNA (38-MER)
分子量 formula_weight	20811.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

CGCGCCCAGCTTTCCCAGCTAATAAACTAAAAACATTCGTTCACGTGAGTTCCAGTACAAGTCTGGTC

Entity 9 polymer

描述 description	DNA (35-MER)
分子量 formula_weight	15865.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K

GACTAGATCAGAAGCAGTAGAGCATGCATAGTTTTTAGTTTATTGGGCGCG

Entity 10 polymer

描述 description	DNA (34-MER)
分子量 formula_weight	15807.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

AGACTTGTACTGGAACTCACGTGAACGAATGTTTTTAGTTTATTGGGCGCG

Entity 11 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	109389

fit	/app/data/saxs_computation/n8/9n83/9n83.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n8/9n83/9n83.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n8/9n83/9n83.dat

The ligation complex in the NHEJ pathway

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)