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3vvv

Skich domain of NDP52

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 50.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2

Homo sapiens

UniProt Q13137

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 21–141 片段：UNP residues 21-141 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；24% PEG4000, 0.1M Tris , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K 分辨率 1.35 Å R-free 0.189
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 21–141 片段：UNP residues 21-141 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；24% PEG4000, 0.1M Tris , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K 分辨率 1.35 Å R-free 0.189

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3VVV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2MXP Solution structure of NDP52 ubiquitin-binding zinc finger 提交 2015-01-12 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 414–446（33 aa） 片段：C-terminal, UNP residues 414-446
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 1 mM [U-100% 15N] entity_1-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-3, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1.2 mM entity_1-4, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
3VVW NDP52 in complex with LC3C 提交 2012-07-28 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 21–141（121 aa） 片段：UNP residues 21-141
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；16% PEG6000, 0.01M sodium citrate , pH 7.0, Vapor Diffusion, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.252
4GXL The crystal structure of Galectin-8 C-CRD in complex with NDP52 提交 2012-09-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 368–381（14 aa） 片段：UNP residues 368-381
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；2% PEG 400, 0.1M HEPES sodium pH 7.5, 2.0M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 2.02 Å R-free 0.216
4HAN Crystal structure of Galectin 8 with NDP52 peptide 提交 2012-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 372–385（14 aa） 片段：UNP residues 372-385
链 D 372–385（14 aa） 片段：UNP residues 372-385
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M Tris-Hcl pH8.5, 30~34% (v/w) PEG400, 200mM LiSO4, and 10mM Nicotinamide adenine dinucleotide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.55 Å R-free 0.214
4XKL Crystal structure of NDP52 ZF2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2015-01-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 414–446（33 aa） 片段：Zinc finger, UNP residues 414-446
未记录 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.243
4XKL Crystal structure of NDP52 ZF2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2015-01-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 414–446（33 aa） 片段：Zinc finger, UNP residues 414-446
未记录 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.243
5AAQ TBK1 recruitment to cytosol-invading Salmonella induces anti- bacterial autophagy 提交 2015-07-28 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 388–446（59 aa） 片段：UNP RESIDUES 388-446
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1.0
NMR样品组成 95% WATER/5% D2O
分辨率未提供
5Z7A Crystal structure of NDP52 SKICH region 提交 2018-01-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–126（126 aa） 片段：UNP residues 1-126
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；289 K；PEG 3350, 0.2 M potassium sulfate
分辨率 2.38 Å R-free 0.263
5Z7A Crystal structure of NDP52 SKICH region 提交 2018-01-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–126（126 aa） 片段：UNP residues 1-126
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；289 K；PEG 3350, 0.2 M potassium sulfate
分辨率 2.38 Å R-free 0.263
5Z7L Crystal structure of NDP52 SKICH region in complex with NAP1 提交 2018-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–126（117 aa） 片段：UNP residues 10-126
链 B 10–126（117 aa） 片段：UNP residues 10-126
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG3350,sodium malonate
分辨率 2.02 Å R-free 0.222
7EAA crystal structure of NDP52 SKICH domain in complex with RB1CC1 coiled-coil domain 提交 2021-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–141（132 aa）
链 B 10–141（132 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M MgCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 8% PEG6000
分辨率 2.60 Å R-free 0.253

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CACO2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–123； UniProt 21–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3vvv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3vvv
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3vvv
沉积日期 deposition_date2012-07-28
结构标题 titleSkich domain of NDP52
关键词 keywordsautophagy adaptor protein, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.87 Å
零角强度 I(0) i03080830.00
分子量 molecular_weight12716.0 kDa
排除体积 excluded_volume16049 ų
包络体积 envelope_volume18457 ų
水化壳体积 shell_volume11441 ų
包络直径 envelope_diameter50.8 Å
壳层 Rg shell_rg19.43 Å
包络 Rg envelope_rg14.46 Å
形状 Rg shape_rg13.84 Å
总 Rg total_rg15.21 Å
总原子数 total_atoms905
残基数 n_residues108
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.7 Å
Rg (实空间) rg_real15.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real3.0810e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4210e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3081000.0000
解质量估计 total_estimate0.8762
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.0 Å
偏度 Skewness skewness0.304
峰度 Kurtosis kurtosis-0.224
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha821100.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.980
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3vvvA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2840 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)