SAXSdb — 3w8i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Programmed cell death protein 10

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 8–212	片段：UNP RESIDUES 8-212	Serine/threonine-protein kinase MST4 × 1 （Q9P289）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, 0.3M ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3W8I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3AJM Crystal structure of programmed cell death 10 in complex with inositol 1,3,4,5-tetrakisphosphate 提交 2010-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 8–212（205 aa）片段：UNP residues 8-212 链 B 8–212（205 aa）片段：UNP residues 8-212	未记录	4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；30% PEG, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.264
3L8I Crystal structure of CCM3, a cerebral cavernous malformation protein critical for vascular integrity 提交 2009-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M potassium fluoride, 13% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
3L8I Crystal structure of CCM3, a cerebral cavernous malformation protein critical for vascular integrity 提交 2009-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M potassium fluoride, 13% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
3L8I Crystal structure of CCM3, a cerebral cavernous malformation protein critical for vascular integrity 提交 2009-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M potassium fluoride, 13% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
3L8I Crystal structure of CCM3, a cerebral cavernous malformation protein critical for vascular integrity 提交 2009-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M potassium fluoride, 13% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
3L8J Crystal structure of CCM3, a cerebral cavernous malformation protein critical for vascular integrity 提交 2009-12-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 14–212（199 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.16 M calcium acetate, 0.08 M sodium cacodylate pH 6.5, 20% glycerol, 13.5% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.05 Å R-free 0.293
3RQE Cerebral cavernous malformation 3 (CCM3) in complex with paxillin LD1 提交 2011-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1-0.2 M potassium fluoride, 15-20% PEG3350., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.295
3RQE Cerebral cavernous malformation 3 (CCM3) in complex with paxillin LD1 提交 2011-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1-0.2 M potassium fluoride, 15-20% PEG3350., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.295
3RQE Cerebral cavernous malformation 3 (CCM3) in complex with paxillin LD1 提交 2011-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1-0.2 M potassium fluoride, 15-20% PEG3350., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.295
3RQF Cerebral cavernous malformation 3 (CCM3) in complex with paxillin LD2 提交 2011-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1-0.2 M potassium fluoride,15-20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.291
3RQF Cerebral cavernous malformation 3 (CCM3) in complex with paxillin LD2 提交 2011-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1-0.2 M potassium fluoride,15-20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.291
3RQF Cerebral cavernous malformation 3 (CCM3) in complex with paxillin LD2 提交 2011-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1-0.2 M potassium fluoride,15-20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.291
3RQF Cerebral cavernous malformation 3 (CCM3) in complex with paxillin LD2 提交 2011-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1-0.2 M potassium fluoride,15-20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.291
3RQG Cerebral cavernous malformation 3 (CCM3) in complex with paxillin LD4 提交 2011-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1-0.2 M potassium fluoride, 15-20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.291
3RQG Cerebral cavernous malformation 3 (CCM3) in complex with paxillin LD4 提交 2011-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1-0.2 M potassium fluoride, 15-20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.291
3RQG Cerebral cavernous malformation 3 (CCM3) in complex with paxillin LD4 提交 2011-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1-0.2 M potassium fluoride, 15-20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.291
3RQG Cerebral cavernous malformation 3 (CCM3) in complex with paxillin LD4 提交 2011-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1-0.2 M potassium fluoride, 15-20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.291
3W8H Crystal structure of CCM3 in complex with the C-terminal regulatory domain of STK25 提交 2013-03-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 8–212（205 aa）片段：UNP RESIDUES 8-212	未记录	SO4 SULFATE ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.43 Å R-free 0.264
4GEH Crystal structure of MST4 dimerization domain complex with PDCD10 提交 2012-08-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–212（204 aa）片段：UNP residues 9-212	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2% v/v Tacsimate pH 6.0, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 18% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.95 Å R-free 0.253
4GEH Crystal structure of MST4 dimerization domain complex with PDCD10 提交 2012-08-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 9–212（204 aa）片段：UNP residues 9-212	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2% v/v Tacsimate pH 6.0, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 18% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.95 Å R-free 0.253
4TVQ CCM3 in complex with CCM2 LD-like motif 提交 2014-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；15-20% PEG3350, 0.1-0.2M POTASSIUM FLUORIDE, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.277
4TVQ CCM3 in complex with CCM2 LD-like motif 提交 2014-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；15-20% PEG3350, 0.1-0.2M POTASSIUM FLUORIDE, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.277

共 9 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDC10_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–205； UniProt 8–212

Serine/threonine-protein kinase MST4

Homo sapiens

UniProt Q9P289

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 346–416	片段：UNP RESIDUES 346-416	Programmed cell death protein 10 × 1 （Q9BUL8）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, 0.3M ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3W8I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3GGF Crystal structure of human Serine/threonine-protein kinase MST4 in complex with an quinazolin 提交 2009-02-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–300（300 aa）片段：protein kinase	未记录	CD CADMIUM ION × 4 GVD [4-({4-[(5-CYCLOPROPYL-1H-PYRAZOL-3-YL)AMINO]QUINAZOLIN-2-YL}IMINO)CYCLOHEXA-2,5-DIEN-1-YL]ACETONITRILE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；12%w/v PEG 3350; 0.005M CdCl2; 0.1M HEPES, pH7.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3GGF Crystal structure of human Serine/threonine-protein kinase MST4 in complex with an quinazolin 提交 2009-02-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–300（300 aa）片段：protein kinase	未记录	CD CADMIUM ION × 3 GVD [4-({4-[(5-CYCLOPROPYL-1H-PYRAZOL-3-YL)AMINO]QUINAZOLIN-2-YL}IMINO)CYCLOHEXA-2,5-DIEN-1-YL]ACETONITRILE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；12%w/v PEG 3350; 0.005M CdCl2; 0.1M HEPES, pH7.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3GGF Crystal structure of human Serine/threonine-protein kinase MST4 in complex with an quinazolin 提交 2009-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–300（300 aa）片段：protein kinase 链 B 1–300（300 aa）片段：protein kinase	未记录	CD CADMIUM ION × 7 GVD [4-({4-[(5-CYCLOPROPYL-1H-PYRAZOL-3-YL)AMINO]QUINAZOLIN-2-YL}IMINO)CYCLOHEXA-2,5-DIEN-1-YL]ACETONITRILE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；12%w/v PEG 3350; 0.005M CdCl2; 0.1M HEPES, pH7.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.35 Å R-free 0.277
4FZA Crystal structure of MST4-MO25 complex 提交 2012-07-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 18–297（280 aa）片段：Kinase domain, UNP residues 18-297	突变：D162A	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；0.1M Tris pH 8.0, 20% PEG 350 mme, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.15 Å R-free 0.252
4FZD Crystal structure of MST4-MO25 complex with WSF motif 提交 2012-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 18–297（280 aa）片段：Kinase domain, UNP residues 18-297 链 C 323–327（5 aa）片段：WSF motif, UNP residues 323-327	突变：D162A	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；0.1M Tris pH 8.0, 18% PEG 350 mme, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.25 Å R-free 0.260
4FZF Crystal structure of MST4-MO25 complex with DKI 提交 2012-07-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 18–297（280 aa）片段：Kinase domain, UNP residues 18-297	突变：D162A	DKI 5-AMINO-3-{[4-(AMINOSULFONYL)PHENYL]AMINO}-N-(2,6-DIFLUOROPHENYL)-1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-CARBOTHIOAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；0.1M Tris pH 8.0, 20% PEG 350 mme, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.64 Å R-free 0.309
4GEH Crystal structure of MST4 dimerization domain complex with PDCD10 提交 2012-08-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 325–413（89 aa）片段：Dimerization domain, UNP residues 325-413	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2% v/v Tacsimate pH 6.0, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 18% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.95 Å R-free 0.253
4GEH Crystal structure of MST4 dimerization domain complex with PDCD10 提交 2012-08-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 325–413（89 aa）片段：Dimerization domain, UNP residues 325-413	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2% v/v Tacsimate pH 6.0, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 18% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.95 Å R-free 0.253
5XY9 Structure of the MST4 and 14-3-3 complex 提交 2017-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 314–325（12 aa）片段：UNP residues 314-325 链 D 314–325（12 aa）片段：UNP residues 314-325	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
5YF4 A kinase complex MST4-MOB4 提交 2017-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 320–335（16 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M HEPES, pH 7.5, 30% PEG 1000	分辨率 1.90 Å R-free 0.198
7B36 MST4 in complex with compound G-5555 提交 2020-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–300（300 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 59T 8-[(trans-5-amino-1,3-dioxan-2-yl)methyl]-6-[2-chloro-4-(6-methylpyridin-2-yl)phenyl]-2-(methylamino)pyrido[2,3-d]pyrimidin-7(8H)-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；solution: protein 12 mg/ml in buffer 25mM HEPES pH 7.5, 200 mM NaCl, 0.5mM TCEP, 5% glycerol reservoir: 28% PEG6000, 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 2.11 Å R-free 0.244
7B36 MST4 in complex with compound G-5555 提交 2020-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–300（300 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 59T 8-[(trans-5-amino-1,3-dioxan-2-yl)methyl]-6-[2-chloro-4-(6-methylpyridin-2-yl)phenyl]-2-(methylamino)pyrido[2,3-d]pyrimidin-7(8H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；solution: protein 12 mg/ml in buffer 25mM HEPES pH 7.5, 200 mM NaCl, 0.5mM TCEP, 5% glycerol reservoir: 28% PEG6000, 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 2.11 Å R-free 0.244

共 8 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MST4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–76； UniProt 346–416

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3w8i
沉积日期 deposition_date	2013-03-13
结构标题 title	Crystal structure of CCM3 in complex with the C-terminal regulatory domain of MST4
关键词 keywords	PROTEIN BINDING-TRANSFERASE complex; PROTEIN BINDING/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.10 Å
零角强度 I(0) i0	13634100.00
分子量 molecular_weight	28607.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36283 Å³
包络体积 envelope_volume	42788 Å³
水化壳体积 shell_volume	18310 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.3 Å
壳层 Rg shell_rg	25.85 Å
包络 Rg envelope_rg	20.47 Å
形状 Rg shape_rg	20.07 Å
总 Rg total_rg	21.04 Å
总原子数 total_atoms	2007
残基数 n_residues	251
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.4 Å
Rg (实空间) rg_real	21.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13630000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8807
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.304
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.350
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2394000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.990

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Programmed cell death protein 10
分子量 formula_weight	24896.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2119

MKNEAETTSMVSMPLYAVMYPVFNELERVNLSAAQTLRAAFIKAEKENPGLTQDIIMKILEKKSVEVNFTESLLRMAADDVEEYMIERPEPEFQDLNEKARALKQILSKIPDEINDRVRFLQTIKDIASAIKELLDTVNNVFKKYQYQNRRALEHQKKEFVKYSKSFSDTLKTYFKDGKAINVFVSANRLIHQTNLILQTFKTVALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase MST4
分子量 formula_weight	8205.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPGSMLVQTLSCLSMIITPAFAELKQQDENNASRNQAIEELEKSIAVAEAACPGITDKMVKKLIEKFQKCSADESP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	112

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3w8iA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1950 —

结构域编号 domain_id	3w8iB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	12 — Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.100 Å
晶胞边长 b length_b	69.100 Å
晶胞边长 c length_c	117.570 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	45.120 Å
R 因子 r_factor	0.2247
R_work r_work	0.2223
R_free r_free	0.2668

fit	/app/data/saxs_computation/w8/3w8i/3w8i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w8/3w8i/3w8i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w8/3w8i/3w8i.dat

Crystal structure of CCM3 in complex with the C-terminal regulatory domain of MST4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Programmed cell death protein 10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Serine/threonine-protein kinase MST4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)