SAXSdb — 3w8i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Programmed cell death protein 10

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Serine/threonine-protein kinase MST4 × 1 （Q9P289） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDC10_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–205； UniProt 8–212

Serine/threonine-protein kinase MST4

Homo sapiens

UniProt Q9P289

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Programmed cell death protein 10 × 1 （Q9BUL8） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MST4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–76； UniProt 346–416

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3w8i
沉积日期 deposition_date	2013-03-13
结构标题 title	Crystal structure of CCM3 in complex with the C-terminal regulatory domain of MST4
关键词 keywords	PROTEIN BINDING-TRANSFERASE complex; PROTEIN BINDING/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3w8i__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3w8i__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3w8i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.02 Å
Rg（电子密度）	20.10 Å
总 Rg	21.04 Å
原子数	2007
残基数	251
排除体积	36283 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3w8i__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Programmed cell death protein 10
分子量 formula_weight	24896.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2119

MKNEAETTSMVSMPLYAVMYPVFNELERVNLSAAQTLRAAFIKAEKENPGLTQDIIMKILEKKSVEVNFTESLLRMAADDVEEYMIERPEPEFQDLNEKARALKQILSKIPDEINDRVRFLQTIKDIASAIKELLDTVNNVFKKYQYQNRRALEHQKKEFVKYSKSFSDTLKTYFKDGKAINVFVSANRLIHQTNLILQTFKTVALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase MST4
分子量 formula_weight	8205.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPGSMLVQTLSCLSMIITPAFAELKQQDENNASRNQAIEELEKSIAVAEAACPGITDKMVKKLIEKFQKCSADESP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	112

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3w8iA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1950 —

结构域编号 domain_id	3w8iB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	12 — Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

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晶胞边长 a length_a	69.100 Å
晶胞边长 b length_b	69.100 Å
晶胞边长 c length_c	117.570 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	45.120 Å
R 因子 r_factor	0.2247
R_work r_work	0.2223
R_free r_free	0.2668

Crystal structure of CCM3 in complex with the C-terminal regulatory domain of MST4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Programmed cell death protein 10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Serine/threonine-protein kinase MST4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3w8i__assembly_1__model_1

3w8i__assembly_1__model_1 | I(q)

3w8i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of CCM3 in complex with the C-terminal regulatory domain of MST4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Programmed cell death protein 10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Serine/threonine-protein kinase MST4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3w8i__assembly_1__model_1

3w8i__assembly_1__model_1 | I(q)

3w8i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)