3wao

Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Autophagy-related protein 13, Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

Homo sapiens

UniProt O75143

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 436–447 片段:RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.60 Å R-free 0.294
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 436–447 片段:RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.60 Å R-free 0.294
3 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 436–447 片段:RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.60 Å R-free 0.294
4 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 436–447 片段:RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.60 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATG13_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–14; UniProt 436–447 作者链 B; PDB构建体 3–14; UniProt 436–447 作者链 C; PDB构建体 3–14; UniProt 436–447 作者链 D; PDB构建体 3–14; UniProt 436–447

Autophagy-related protein 13, Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

Homo sapiens

UniProt Q9GZQ8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–119 片段:RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.60 Å R-free 0.294
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–119 片段:RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.60 Å R-free 0.294
3 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–119 片段:RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.60 Å R-free 0.294
4 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–119 片段:RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.60 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MLP3B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 17–134; UniProt 2–119 作者链 B; PDB构建体 17–134; UniProt 2–119 作者链 C; PDB构建体 17–134; UniProt 2–119 作者链 D; PDB构建体 17–134; UniProt 2–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3wao

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3wao
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3wao
沉积日期 deposition_date2013-05-06
结构标题 titleCrystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119
关键词 keywordsUBIQUITIN-LIKE FOLD, AUTOPHAGY, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.08
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.22
零角强度 I(0) i054127200.00
分子量 molecular_weight58394.0 kDa
排除体积 excluded_volume73667 ų
包络体积 envelope_volume98065 ų
水化壳体积 shell_volume29714 ų
包络直径 envelope_diameter107.9
壳层 Rg shell_rg34.50
包络 Rg envelope_rg28.71
形状 Rg shape_rg28.22
总 Rg total_rg28.88
总原子数 total_atoms4113
残基数 n_residues498
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.9
Rg (实空间) rg_real29.11
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.95
I(0) (实空间) i0_real5.4130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.1150e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.10
I(0) (倒空间) i0_reciprocal54130000.0000
解质量估计 total_estimate0.8574
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.0
偏度 Skewness skewness0.369
峰度 Kurtosis kurtosis-0.195
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13420000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.763; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.874; Smooth: 0.981

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3waoa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.3 — GABARAP-like
结构域编号 domain_idd3waob_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.3 — GABARAP-like
结构域编号 domain_idd3waoc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.3 — GABARAP-like
结构域编号 domain_idd3waod_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.3 — GABARAP-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3waoA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3waoB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3waoC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3waoD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)